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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1h8p | ||||||
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タイトル | Bull seminal plasma PDC-109 fibronectin type II module | ||||||
![]() | SEMINAL PLASMA PROTEIN PDC-109 | ||||||
![]() | PHOSPHORYLCHOLINE-BINDING PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() positive regulation of sperm capacitation / phospholipid efflux / sperm capacitation / single fertilization / heparin binding / cell surface / extracellular space 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wah, D.A. / Fernandez-Tornero, C. / Calvete, J.J. / Romero, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Sperm Coating Mechanism from the 1.8 A Crystal Structure of Pdc-109-Phosphorylcholine Complex 著者: Wah, D.A. / Fernandez-Tornero, C. / Sanz, L. / Romero, A. / Calvete, J.J. #1: ジャーナル: Proteins: Struct.,Funct., Genet. / 年: 1997 タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Diffraction Analysis of Bovine Seminal Plasma Pdc-109, a Protein Composed of Two Fibronectin Type II Domains 著者: Romero, A. / Varela, P.F. / Topfer-Petersen, E. / Calvete, J.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 51.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 40.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.93464, -0.35469, -0.02529), ベクター: 詳細 | THE PROTEIN IS ACTIVE AS HOMODIMER. | |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12811.352 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 26-134 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-PC / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | THE SWS ENTRY INCLUDES A PEPTIDE SIGNAL OF 25 AA. | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.1 % 解説: MAD EXPERIMENT WAS UNDERTAKEN AT DESY-HAMBURG (X31). A NATIVE DATA SET WAS COLLECTED AT ELETTRA (BEAMLINE 5.2 R). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.2 詳細: CRYSTALS WERE OBTAINED IN 30% ISOPROPANOL, 5% PEG 4000, 0.1 M HEPES, PH 7.2. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 22 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年5月15日 / 詳細: TOROIDAL MIRROR | |||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.82→30 Å / Num. obs: 275885 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 10.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 11.7 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.82→1.92 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.126 / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / % possible all: 96.3 | |||||||||||||||
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / Num. obs: 22445 / % possible obs: 99 % / Num. measured all: 275885 / Rmerge(I) obs: 0.032 | |||||||||||||||
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 96.3 % / Rmerge(I) obs: 0.119 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: THE FIRST 21 RESIDUES (ASP 1-ASP 21) WERE NOT VISIBLE IN THE ELECTRON DENSITY MAPS AT 1.82 A RESOLUTION.
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 60.4559 Å2 / ksol: 0.503596 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.3 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.82→16.32 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 30 Å / Rfactor Rfree: 0.23 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.202 |