PDB-1h8o: Three-dimensional structure of anti-ampicillin single chain Fv fr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1h8o

タイトル

Three-dimensional structure of anti-ampicillin single chain Fv fragment.

要素

MUTANT AL2 6E7P9G

キーワード

ANTIBODY / FV FRAGMENT / ANTI-AMPICILLIN

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.75 Å

データ登録者

Burmester, J. / Spinelli, S. / Pugliese, L. / Krebber, A. / Honegger, A. / Jung, S. / Schimmele, B. / Cambillau, C. / Pluckthun, A.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: Selection, Characterization and X-Ray Structure of Anti-Ampicillin Single-Chain Fv Fragments from Phage-Displayed Murine Antibody Libraries
著者: Burmester, J. / Spinelli, S. / Pugliese, L. / Krebber, A. / Honegger, A. / Jung, S. / Schimmele, B. / Cambillau, C. / Pluckthun, A.

履歴

登録	2001年2月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2001年8月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月23日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1h8o.cif.gz	99.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1h8o.ent.gz	77 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1h8o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1h8o_validation.pdf.gz	450.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1h8o_full_validation.pdf.gz	461 KB	表示
XML形式データ	1h8o_validation.xml.gz	22.6 KB	表示
CIF形式データ	1h8o_validation.cif.gz	29.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h8/1h8o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h8/1h8o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1h8sC 1i3gC 1h8n C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1h8s-1 5j75-2 1h8s-2 6uup-3 1a7n-d 3auv-3 6k94-1 7acs-d 1a7r-d 1fgv-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: MUTANT AL2 6E7P9G

B: MUTANT AL2 6E7P9G

ヘテロ分子

54.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: MUTANT AL2 6E7P9G

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: MUTANT AL2 6E7P9G

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.690, 89.850, 97.260
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: 抗体	MUTANT AL2 6E7P9G 分子量: 27006.734 Da / 分子数: 2 / 断片: FV FRAGMENT / 由来タイプ: 組換発現詳細: SINGLE CHAIN FV ANTIBODY IN WHICH THE VL AND VH FRAGMENTS ARE JOINED BY A GGGGSGGGGSGGGGSGGGGS LINKER 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / プラスミド: PAK3000 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌) / Variant (発現宿主): RV308
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.05 %

結晶化

pH: 5 / 詳細: pH 5.00

結晶化

*PLUS

温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細
1	3 mg/ml	protein	1	drop
2	26 %(w/v)	PEG2000 MME	1	reservoir
3	200 mM	ammonium sulfate	1	reservoir
4	100 mM	sodium acetate	1	reservoir	pH5.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54178
検出器	検出器: IMAGE PLATE
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.75→12 Å / Num. obs: 14189 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.5 % / R_sym value: 0.11 / Net I/σ(I): 8
反射シェル	解像度: 2.75→2.8 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / R_sym value: 0.4 / % possible all: 90.7
反射	PLUS Num. measured all: 81293 / R_merge(I) obs*: 0.11
反射シェル	PLUS % possible obs: 90.7 % / R_merge(I) obs*: 0.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CNS	1	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.75→11.94 Å / R_factor R_free error: 0.008 / Data cutoff high absF: 1342809.82 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.258	1070	7.9 %	RANDOM
R_work	0.178	-	-	-
obs	0.178	13604	97.5 %	-

溶媒の処理

溶媒モデル: FLAT MODEL / B_sol: 31.0488 Å² / k_sol: 0.31283 e/Å³

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.27 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.75→11.94 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3400	0	10	110	3520

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.011
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.6
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	26.7
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	0.96
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it

LS精密化シェル

解像度: 2.75→2.92 Å / R_factor R_free error: 0.031 / Total num. of bins used: 6

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.404	175	8 %
R_work	0.314	2014	-
obs	-	-	95.6 %

Xplor file

Serial no: 1 / Param file: PROTEIN_REP.PARAM / Topol file: PROTEIN.TOP

ソフトウェア

*PLUS

名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_deg	26.7
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_deg	0.96

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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