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万見
- PDB-1h80: 1,3-ALPHA-1,4-BETA-D-GALACTOSE-4-SULFATE- 3,6-ANHYDRO-D-GALACTOSE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1h80
タイトル1,3-ALPHA-1,4-BETA-D-GALACTOSE-4-SULFATE- 3,6-ANHYDRO-D-GALACTOSE-2-SULFATE 4 GALACTOHYDROLASE
要素IOTA-CARRAGEENASE
キーワードHYDROLASE / IOTA-CARRAGEENAN DOUBLE HELIX DEGRADATION
機能・相同性
機能・相同性情報


iota-carrageenase / iota-carrageenase activity / polysaccharide catabolic process / cell wall organization / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Single-stranded right-handed beta-helix, Pectin lyase-like / Pectate Lyase C-like / Pectate lyase superfamily protein / Rhamnogalacturonase A/epimerase, pectate lyase-like / 3 Solenoid / Pectin lyase fold / Pectin lyase fold/virulence factor / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種ALTEROMONAS SP. ATCC43554 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Michel, G. / Chantalat, L. / Dideberg, O.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001
タイトル: The Iota-Carrageenase of Alteromonas Fortis. A Beta-Helix Fold-Containing Enzyme for the Degradation of a Highly Polyanionic Polysaccharide
著者: Michel, G. / Chantalat, L. / Fanchon, E. / Henrissat, B. / Kloareg, B. / Dideberg, O.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2000
タイトル: Expression, Purification, Cristallization and Preliminary X-Ray Analysis of the Iota-Carrageenase from Alteromonas Fortis
著者: Michel, G. / Flament, D. / Barbeyron, T. / Vernet, T. / Kloareg, B. / Dideberg, O.
履歴
登録2001年1月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02001年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年10月24日Group: Advisory / Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id ..._entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.42024年11月20日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: IOTA-CARRAGEENASE
B: IOTA-CARRAGEENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,87422
ポリマ－103,8722
非ポリマー1,00220
水19,9971110
1
A: IOTA-CARRAGEENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,43711
ポリマ－51,9361
非ポリマー50110
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: IOTA-CARRAGEENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,43711
ポリマ－51,9361
非ポリマー50110
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)55.870, 90.070, 124.120
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.53, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.9928, 0.08692, 0.08239), (0.08627, -0.99621, 0.01139), (0.08307, -0.0042, -0.99653)
ベクター: -6.86677, -14.89559, 181.71701)

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 IOTA-CARRAGEENASE


分子量: 51936.082 Da / 分子数: 2 / 断片: CATALYTIC DOMAIN RESIDUES 28-491 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: COMPLEXED WITH CALCIUM, SODIUM AND CHLORIDE
由来: (組換発現) ALTEROMONAS SP. ATCC43554 (バクテリア)
解説: HIS-TAG, SELEMETHIONYL PROTEIN. / 遺伝子: CGIA / プラスミド: PET20B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI B (大腸菌) / Variant (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: Q9F5I8, iota-carrageenase

-
非ポリマー , 5種, 1130分子

#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 % / 解説: MAD DATA COLLECTION ON BM30
結晶化pH: 6.5
詳細: 0.1 M SODIUM CACODYLATE PH 6.5, 10% GLYCEROL, 15-17% PEG6000, 200MM CALCIUM ACETATE
結晶化
*PLUS
温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Michel, G., (2000) Acta Crystallogr.,Sect.D, 56, 766.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
16 mg/mlprotein1drop
210 mMTris-HCl1droppH7.2
3200 mM1dropNaCl
41 mMdithiothreitol1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1998年7月15日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→20 Å / Num. obs: 762046 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 18.4 Å2 / Rsym value: 0.123
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / Rsym value: 0.203 / % possible all: 96.1
反射
*PLUS
最高解像度: 1.6 Å / 冗長度: 4.8 % / Num. measured all: 157467 / Rmerge(I) obs: 0.123
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.6 Å / % possible obs: 96.1 % / Rmerge(I) obs: 0.203

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS0.9精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.6→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 1960016.64 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: DOMAIN A HAS A HIGHER B FACTOR, REGIONS 314 - 334 AND 341 - 350 ARE NOT VISIBLE IN THE ELECTRON DENSITY MAP
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.223 7885 5 %RANDOM
Rwork0.207 ---
obs0.207 156297 97.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 50.2073 Å2 / ksol: 0.415064 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 22.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.71 Å20 Å2-0.35 Å2
2---2.34 Å20 Å2
3---0.64 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.2 Å0.18 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.08 Å0.07 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6782 0 50 1110 7942
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.68
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.811.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.282
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.422
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.172.5
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.7 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.24 1300 5.1 %
Rwork0.215 24418 -
obs--96 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4GLYCEROLGLYCEROL
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.6 Å / 最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg26.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.68
LS精密化 シェル
*PLUS
最低解像度: 1.66 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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