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万見
- PDB-1h7c: human tubulin chaperone cofactor a -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1h7c
タイトルhuman tubulin chaperone cofactor a
要素TUBULIN-SPECIFIC CHAPERONE A
キーワードCHAPERONE / TUBULIN / PROTEIN FOLDING / COFACTOR A / P14
機能・相同性
機能・相同性情報


post-chaperonin tubulin folding pathway / Post-chaperonin tubulin folding pathway / tubulin complex assembly / beta-tubulin binding / tubulin binding / microtubule cytoskeleton / protein folding / protein-folding chaperone binding / microtubule / nucleolus ...post-chaperonin tubulin folding pathway / Post-chaperonin tubulin folding pathway / tubulin complex assembly / beta-tubulin binding / tubulin binding / microtubule cytoskeleton / protein folding / protein-folding chaperone binding / microtubule / nucleolus / RNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tubulin binding cofactor A / Tubulin binding cofactor A superfamily / Tubulin binding cofactor A / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #90 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / Tubulin-specific chaperone A
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Guasch, A. / Aloria, K. / Perez, R. / Campo, R. / Avila, J. / Zabala, J.C. / Coll, M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: Three-Dimensional Structure of Human Tubulin Chaperone Cofactor A
著者: Guasch, A. / Aloria, K. / Perez, R. / Avila, J. / Zabala, J.C. / Coll, M.
履歴
登録2001年7月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02017年8月23日Group: Advisory / Atomic model / Data collection
カテゴリ: atom_site / diffrn_detector / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _diffrn_detector.detector / _diffrn_detector.type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TUBULIN-SPECIFIC CHAPERONE A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,3243
ポリマ－13,1681
非ポリマー1562
水2,342130
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)99.875, 22.793, 46.845
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.10, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 TUBULIN-SPECIFIC CHAPERONE A / TBCA_HUMAN / TUBULIN-FOLDING COFACTOR A / CFA / TCP1-CHAPERONIN COFACTOR A


分子量: 13168.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 器官: BRAIN / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: O75347
#2: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.09 %
結晶化pH: 6 / 詳細: pH 6.00
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 6.6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
110 mg/mlprotein1drop
220 mMMES1droppH6.6
32 Mammonium sulfate1reservoirpH4.9
40.1 M1reservoirLiCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.978808
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2000年2月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978808 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→20 Å / Num. obs: 34789 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.5 % / Rsym value: 0.046
反射 シェル解像度: 1.8→2 Å / Rsym value: 0.046
反射
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 37.3 Å / Num. obs: 7295 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.4 % / Num. measured all: 25086 / Rmerge(I) obs: 0.04
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 2.06 Å / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Mean I/σ(I) obs: 8.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALAデータスケーリング
SOLVE位相決定
SHARP位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.8→100 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2617 -10 %RANDOM
Rwork0.2101 ---
obs0.2101 34789 99.6 %-
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.622 Å2-1.356 Å20.259 Å2
2--0 Å20 Å2
3---2.364 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→100 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数866 0 9 130 1005
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.017683
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6859
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
精密化
*PLUS
最低解像度: 37.3 Å / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.21 / Rfactor Rfree: 0.262 / Rfactor Rwork: 0.21 / 最高解像度: 2 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0055
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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