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- PDB-1h70: DDAH FROM PSEUDOMONAS AERUGINOSA. C249S MUTANT COMPLEXED WITH CIT... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1h70
タイトルDDAH FROM PSEUDOMONAS AERUGINOSA. C249S MUTANT COMPLEXED WITH CITRULLINE
要素NG, NG-DIMETHYLARGININE DIMETHYLAMINOHYDROLASE
キーワードHYDROLASE / DDAH / NITRIC OXIDE SYNTHASE INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


dimethylargininase / dimethylargininase activity / citrulline metabolic process / arginine metabolic process / amino acid binding / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Dimethylarginine dimethylaminohydrolase / N,N dimethylarginine dimethylhydrolase, eukaryotic / L-arginine/glycine Amidinotransferase; Chain A / 5-stranded Propeller / L-arginine/glycine Amidinotransferase; Chain A / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRULLINE / N(G),N(G)-dimethylarginine dimethylaminohydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Murray-Rust, J. / Leiper, J. / McAlister, M. / Phelan, J. / Tilley, S. / Santamaria, J. / Vallance, P. / McDonald, N.
引用ジャーナル: Nat. Struct. Biol. / 年: 2001
タイトル: Structural insights into the hydrolysis of cellular nitric oxide synthase inhibitors by dimethylarginine dimethylaminohydrolase.
著者: Murray-Rust, J. / Leiper, J. / McAlister, M. / Phelan, J. / Tilley, S. / Santa Maria, J. / Vallance, P. / McDonald, N.
履歴
登録2001年6月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02001年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年2月28日Group: Advisory / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_last ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.42019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 2.02023年11月15日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_site
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.12024年5月1日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NG, NG-DIMETHYLARGININE DIMETHYLAMINOHYDROLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8132
ポリマ－28,6381
非ポリマー1751
水2,594144
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)69.814, 61.798, 54.618
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.15, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2040-

HOH

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要素

#1: タンパク質 NG, NG-DIMETHYLARGININE DIMETHYLAMINOHYDROLASE


分子量: 28637.631 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I4E3, dimethylargininase
#2: 化合物 ChemComp-CIR / CITRULLINE / シトルリン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 175.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13N3O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細CHAIN A ENGINEERED MUTATION CYS249SER
配列の詳細PHE A 0 CLONING ARTIFACT

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: SITTING DROPS; EQUAL QUANTITIES OF PROTEIN SOLUTION AND WELL SOLUTION. PROTEIN SOLUTION 14 MG/ML IN 50MM TRIS PH8, 5MMDTT, 10:1 MOLAR RATIO OF CITRULLINE. WEEL SOLUTION ).1M TRIS PH 8.5, 0.2M ...詳細: SITTING DROPS; EQUAL QUANTITIES OF PROTEIN SOLUTION AND WELL SOLUTION. PROTEIN SOLUTION 14 MG/ML IN 50MM TRIS PH8, 5MMDTT, 10:1 MOLAR RATIO OF CITRULLINE. WEEL SOLUTION ).1M TRIS PH 8.5, 0.2M NA ACETATE, 25%W/V PEG4000.
結晶化
*PLUS
pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
10.1 MTris1reservoir
20.15-0.3 Msodium acetate1reservoir
325-35 %(w/v)PEG40001reservoir
412-14 mg/mlprotein1drop
550 mMTris1drop
65 mMdithiothreitol1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.1 / 波長: 1.244
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2000年5月15日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.244 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→54.2 Å / Num. obs: 20847 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Mean I/σ(I) obs: 8 / % possible all: 99
反射
*PLUS
% possible obs: 99.3 %
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.8 % / Mean I/σ(I) obs: 8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: NATIVE DDAH

解像度: 1.8→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 3.07 / SU ML: 0.098 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.149 / ESU R Free: 0.13 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.218 1056 4.9 %RANDOM
Rwork0.19 ---
obs0.191 20307 99.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2011 0 12 144 2167
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0212046
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.9251.9642768
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1390.2309
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021562
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2230.3895
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1380.5203
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2330.334
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2040.510
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8261.51270
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.41722050
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1423776
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3614.5718
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.287 93
Rwork0.227 1474
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / バージョン: 5 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealWeight
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0110.021
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg1.9251.964
X-RAY DIFFRACTIONp_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_dihedral_angle_deg18.45415
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr3.1013
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 1.847 Å / Num. reflection obs: 1474 / Rfactor all: 0.227

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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