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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1h6l | ||||||
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タイトル | beta-propeller phytase in complex with phosphate and calcium ions | ||||||
![]() | 3-PHYTASE | ||||||
![]() | HYDROLASE / PHOSPHATASE / PHYTASE / PROPELLER / PHOSPHATE | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Shin, S. / Ha, N.C. / Oh, B.H. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Enzyme Mechanism and Catalytic Property of Beta Propeller Phytase 著者: Shin, S. / Ha, N.C. / Oh, B.H. / Oh, T. / Oh, B.H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 87.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 63.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 371.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 372.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 12.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2pooS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38821.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: DS11 / 参照: UniProt: O66037, 3-phytase | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-CA / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.87 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.5 / 詳細: pH 6.50 | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Ha, N.C., (1999) Acta Crystallogr, D55, 691. | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 297 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→20 Å / Num. obs: 32362 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7.73 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 12 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.271 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 80.2 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / Num. measured all: 250463 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2POO 解像度: 1.8→20 Å / σ(F): 1
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |