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万見
- PDB-1h5o: Solution structure of Crotamine, a neurotoxin from Crotalus duris... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1h5o
タイトルSolution structure of Crotamine, a neurotoxin from Crotalus durissus terrificus
要素Crotamine
キーワードTOXIN / SODIUM CHANNEL AFFECTING TOXIN / VENOM
機能・相同性
機能・相同性情報


: / defense response to fungus / potassium channel regulator activity / toxin activity / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Myotoxin / Myotoxin, crotamine / Myotoxins signature. / Myotoxins family profile. / Anthopleurin-A / Myotoxin/Anemone neurotoxin domain superfamily / Anthopleurin-A / Single Sheet / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Crotalus durissus terrificus (ヘビ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Nicastro, G. / Franzoni, L. / De Chiara, C. / Mancin, C.A. / Giglio, J.R. / Spisni, A.
引用
ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 2003
タイトル: Solution Structure of Crotamine, a Na+ Channel Affecting Toxin from Crotalus Durissus Terrificus Venom
著者: Nicastro, G. / Franzoni, L. / De Chiara, C. / Mancin, A.C.A. / Giglio, J.R. / Spisni, A.
#1: ジャーナル: Toxicon / 年: 1998
タイトル: The Analgesic Activity of Crotamine,A Neurotoxin from Crotalus Durissus Terrificus Venom:A Biochemical and Pharmacological Study
著者: Mancin, A.C. / Soares, A.M. / Andriao-Escarso, S.H. / Faca, V.M. / Greene, L.J. / Zuccolotto, S. / Pela, I.R. / Giglio, J.R.
履歴
登録2001年5月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年5月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月24日Group: Derived calculations / Other ...Derived calculations / Other / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nmr_software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_nmr_software.name
改定 2.02024年12月4日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / entity ...atom_site / entity / entity_name_com / entity_src_nat / pdbx_modification_feature / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_torsion / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _entity.pdbx_description / _entity_name_com.name / _entity_src_nat.common_name / _entity_src_nat.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_nat.pdbx_end_seq_num / _entity_src_nat.pdbx_organism_scientific / _pdbx_validate_close_contact.PDB_model_num / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.dist / _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_model_num / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_deviation / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_standard_deviation / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_target_value / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_value / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_3 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_3 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_3 / _pdbx_validate_torsion.PDB_model_num / _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id / _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id / _pdbx_validate_torsion.phi / _pdbx_validate_torsion.psi / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Crotamine


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,9031
ポリマ－4,9031
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)26 / 50LEAST RESTRAINT VIOLATION, LEAST RESIDUAL DEVIATIONS FROM IDEALIZED GEOMETRY
代表モデル

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Crotamine / Crt / Myotoxin


分子量: 4902.878 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: VENOM OF THE RATTLESNAKE CROTALUS DURISSUS TERRIFICUS
由来: (天然) Crotalus durissus terrificus (ヘビ) / 参照: UniProt: Q9PWF3
構成要素の詳細EXTREMELY RAPID ACTING TOXIN THAT CAUSES MUSCLE NECROSIS. DISABLES PREY BY CAUSING INSTANTANEOUS ...EXTREMELY RAPID ACTING TOXIN THAT CAUSES MUSCLE NECROSIS. DISABLES PREY BY CAUSING INSTANTANEOUS PARALYSIS OF HIND LIMBS AND DEATH BY PARALYSIS OF THE DIAPHRAGM.
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111TOCSY
121NOESY
131DQF-COSY
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING HOMONUCLEAR 1H-1H 2D NMR ON THE NATURAL TOXIN EXTRACTED FROM THE SNAKE VENOM.

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試料調製

詳細内容: 1MM CROTAMINE, H2O/TFE (70/30)
試料状態pH: 4 / 温度: 308 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DMXBrukerDMX6001
Bruker DMXBrukerDMX8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
DiscoverBIOSYM精密化
MSI DISCOVERDISCOVER構造決定
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: SEE JRNL CITATION
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATION, LEAST RESIDUAL DEVIATIONS FROM IDEALIZED GEOMETRY
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 26

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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