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- PDB-1h5b: T cell receptor Valpha11 (AV11S5) domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1h5b
タイトルT cell receptor Valpha11 (AV11S5) domain
要素(MURINE T CELL RECEPTOR (TCR) VALPHA ...) x 3
キーワードT CELL RECEPTOR / IMMUNE RESPONSE / IMMUNOGLOBULIN FOLD
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Machius, M. / Cianga, P. / Deisenhofer, J. / Sally Ward, E.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: Crystal Structure of a T Cell Receptor Valpha11 (Av11S5) Domain: New Canonical Forms for the First and Second Complementarity Determining Regions
著者: Machius, M. / Cianga, P. / Deisenhofer, J. / Ward, E.S.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: Canonical Structures for the Hypervariable Regions of T Cell Ab Receptors
著者: Al-Lazikani, B. / Lesk, A.M.
履歴
登録2001年5月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02001年6月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月21日Group: Derived calculations / Non-polymer description ...Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22019年3月6日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MURINE T CELL RECEPTOR (TCR) VALPHA DOMAIN
B: MURINE T CELL RECEPTOR (TCR) VALPHA DOMAIN
C: MURINE T CELL RECEPTOR (TCR) VALPHA DOMAIN
D: MURINE T CELL RECEPTOR (TCR) VALPHA DOMAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,0728
ポリマ－49,8734
非ポリマー1984
水3,873215
1
A: MURINE T CELL RECEPTOR (TCR) VALPHA DOMAIN
B: MURINE T CELL RECEPTOR (TCR) VALPHA DOMAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9784
ポリマ－24,9072
非ポリマー712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
C: MURINE T CELL RECEPTOR (TCR) VALPHA DOMAIN
D: MURINE T CELL RECEPTOR (TCR) VALPHA DOMAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,0934
ポリマ－24,9662
非ポリマー1282
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)83.531, 83.531, 132.463
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

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MURINE T CELL RECEPTOR (TCR) VALPHA ... , 3種, 4分子 ABDC

#1: タンパク質 MURINE T CELL RECEPTOR (TCR) VALPHA DOMAIN


分子量: 12432.696 Da / 分子数: 1 / 断片: V-ALPHA DOMAIN VA85.33 (AV11S5-AJ17) / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C-TERMINAL HEXA-HISTIDINE TAG / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / プラスミド: QCII85.33 VALPHAPELBHIS / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BMH71-18
#2: タンパク質 MURINE T CELL RECEPTOR (TCR) VALPHA DOMAIN


分子量: 12474.799 Da / 分子数: 2 / 断片: V-ALPHA DOMAIN VA85.33 (AV11S5-AJ17) / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C-TERMINAL HEXA-HISTIDINE TAG / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / プラスミド: QCII85.33 VALPHAPELBHIS / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BMH71-18
#3: タンパク質 MURINE T CELL RECEPTOR (TCR) VALPHA DOMAIN


分子量: 12490.799 Da / 分子数: 1 / 断片: V-ALPHA DOMAIN VA85.33 (AV11S5-AJ17) / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C-TERMINAL HEXA-HISTIDINE TAG / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / プラスミド: QCII85.33 VALPHAPELBHIS / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BMH71-18

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非ポリマー , 3種, 219分子

#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.1 % / 解説: SPOTS HAD SMEARY APPEARANCE AT HIGH RESOLUTION
結晶化手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5
詳細: 20C, VAPOR DIFFUSION, 3 UL PROTEIN (5 MG/ML IN 50 MM TRIS/CL, 100 MM NACL, PH 8.0) + 3 UL RESERVOIR SOLUTION (100 MM SODIUM CITRATE/HCL, 1.4-1.7 M LITHIUM CHLORIDE, PH 5.0-6.0) EQUILIBRATED ...詳細: 20C, VAPOR DIFFUSION, 3 UL PROTEIN (5 MG/ML IN 50 MM TRIS/CL, 100 MM NACL, PH 8.0) + 3 UL RESERVOIR SOLUTION (100 MM SODIUM CITRATE/HCL, 1.4-1.7 M LITHIUM CHLORIDE, PH 5.0-6.0) EQUILIBRATED AGAINST 1 ML OF RESERVOIR SOLUTION.
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
15 mg/mlprotein1drop
250 mMTris-HCl1drop
3100 mM1dropNaCl
4100 mMsodium citrate-HCl1reservoir
51.4-1.7 M1reservoirLiCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9793
検出器タイプ: APS1 / 検出器: CCD / 日付: 1999年2月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→72.34 Å / Num. obs: 45847 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 22.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 30.8
反射 シェル解像度: 1.85→1.92 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.541 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 97.9
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97.9 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.85→39.83 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 1253020.99 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: DISORDERED REGIONS WERE MODELED STEREOCHEMICALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.245 2189 5 %RANDOM
Rwork0.224 ---
obs0.224 43980 94.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 67.5957 Å2 / ksol: 0.385249 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 39.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.94 Å20.2 Å20 Å2
2--1.94 Å20 Å2
3----3.87 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.28 Å0.24 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.15 Å0.16 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→39.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3474 0 9 215 3698
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.62
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.761.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.982
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.132
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.242.5
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.305 317 4.8 %
Rwork0.273 6317 -
obs--87.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER_REP.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4MY_GLYCEROL.PARAMMY_GLYCEROL.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg26.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.62

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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