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万見
- PDB-1h4u: Domain G2 of mouse nidogen-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1h4u
タイトルDomain G2 of mouse nidogen-1
要素NIDOGEN-1
キーワードEXTRACELLULAR MATRIX PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Laminin interactions / regulation of basement membrane organization / glomerular basement membrane development / laminin-1 binding / positive regulation of integrin-mediated signaling pathway / Degradation of the extracellular matrix / protein complex involved in cell-matrix adhesion / extracellular matrix binding / positive regulation of cell-substrate adhesion / proteoglycan binding ...Laminin interactions / regulation of basement membrane organization / glomerular basement membrane development / laminin-1 binding / positive regulation of integrin-mediated signaling pathway / Degradation of the extracellular matrix / protein complex involved in cell-matrix adhesion / extracellular matrix binding / positive regulation of cell-substrate adhesion / proteoglycan binding / positive regulation of muscle cell differentiation / basement membrane / collagen binding / extracellular matrix organization / extracellular matrix / positive regulation of cell adhesion / cell-matrix adhesion / cell periphery / : / calcium ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
NIDO domain / G2 nidogen/fibulin G2F / Nidogen-like / G2F domain / Nidogen G2 beta-barrel domain profile. / NIDO domain profile. / Extracellular domain of unknown function in nidogen (entactin) and hypothetical proteins. / G2 nidogen domain and fibulin / EGF domain / EGF domain ...NIDO domain / G2 nidogen/fibulin G2F / Nidogen-like / G2F domain / Nidogen G2 beta-barrel domain profile. / NIDO domain profile. / Extracellular domain of unknown function in nidogen (entactin) and hypothetical proteins. / G2 nidogen domain and fibulin / EGF domain / EGF domain / : / Thyroglobulin type-1 repeat signature. / Thyroglobulin type-1 / Thyroglobulin type-1 superfamily / Thyroglobulin type-1 repeat / Thyroglobulin type-1 domain profile. / Thyroglobulin type I repeats. / Complement Clr-like EGF domain / Complement Clr-like EGF-like / Low-density lipoprotein receptor repeat class B / LDL-receptor class B (LDLRB) repeat profile. / LDLR class B repeat / Low-density lipoprotein-receptor YWTD domain / : / Calcium-binding EGF domain / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / Coagulation Factor Xa inhibitory site / Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Epidermal growth factor-like domain. / Green fluorescent protein / EGF-like domain profile. / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Hopf, M. / Gohring, W. / Ries, A. / Timpl, R. / Hohenester, E.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2001
タイトル: Crystal Structure and Mutational Analysis of a Perlecan-Binding Fragment of Nidogen-1
著者: Hopf, M. / Gohring, W. / Ries, A. / Timpl, R. / Hohenester, E.
#1: ジャーナル: Embo J. / 年: 1991
タイトル: Recombinant Nidogen Consists of Three Globular Domains and Mediates Binding of Laminin to Collagen Type Iv
著者: Fox, J.W. / Mayer, U. / Nischt, R. / Aumailley, M. / Reinhardt, D. / Wiedemann, H. / Mann, K. / Timpl, R. / Krieg, T. / Engel, J. / Chu, M.-L.
履歴
登録2001年5月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02001年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NIDOGEN-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2731
ポリマ－29,2731
非ポリマー00
水1,35175
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)95.180, 95.180, 65.390
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number172
Space group name H-MP64

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要素

#1: タンパク質 NIDOGEN-1


分子量: 29272.756 Da / 分子数: 1 / 断片: G2 FRAGMENT, RESIDUES 395-659 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): 293-EBNA / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: P10493
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.89 %
結晶化pH: 5.5
詳細: 10 MG/ML PROTEIN, 5-8% PEG4000, 0.1 M ACETATE PH 5.5
結晶化
*PLUS
pH: 6.8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlprotein1drop
20.01 Mammonium carbonate1drop
35-8 %(w/v)PEG40001reservoir
40.1 Msodium acetate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87
検出器タイプ: QUANTUM4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年8月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→15 Å / Num. obs: 17203 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.391 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 100
反射
*PLUS
最低解像度: 15 Å
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4データスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.2→15 Å / Data cutoff high absF: 100000 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28 1713 10 %RANDOM
Rwork0.241 ---
obs0.241 17188 99.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 52 Å2 / ksol: 0.33 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1909 0 0 75 1984
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.21.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.32
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.22
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.62.5
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.28
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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