+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1h4r | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal Structure of the FERM domain of Merlin, the Neurofibromatosis 2 Tumor Suppressor Protein. | ||||||
![]() | MERLIN | ||||||
![]() | STRUCTURAL PROTEIN / FERM / NEUROFIBROMATOSIS / NF2 / CYTOSKELETON / ANTI-ONCOGENE | ||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of hippo signaling / regulation of organelle assembly / regulation of gliogenesis / positive regulation of early endosome to late endosome transport / Schwann cell proliferation / osteoblast proliferation / negative regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / negative regulation of Schwann cell proliferation / negative regulation of osteoblast proliferation / ectoderm development ...regulation of hippo signaling / regulation of organelle assembly / regulation of gliogenesis / positive regulation of early endosome to late endosome transport / Schwann cell proliferation / osteoblast proliferation / negative regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / negative regulation of Schwann cell proliferation / negative regulation of osteoblast proliferation / ectoderm development / positive regulation of protein localization to early endosome / lens fiber cell differentiation / regulation of neural precursor cell proliferation / regulation of stem cell proliferation / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / cell-cell junction organization / regulation of protein localization to nucleus / filopodium membrane / negative regulation of MAPK cascade / negative regulation of cell-matrix adhesion / cortical actin cytoskeleton / negative regulation of cell-cell adhesion / odontogenesis of dentin-containing tooth / RHO GTPases activate PAKs / cleavage furrow / mesoderm formation / positive regulation of stress fiber assembly / negative regulation of cell migration / filopodium / hippocampus development / positive regulation of cell differentiation / adherens junction / regulation of protein stability / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / ruffle membrane / MAPK cascade / integrin binding / apical part of cell / lamellipodium / actin binding / regulation of cell shape / cell body / actin cytoskeleton organization / regulation of apoptotic process / early endosome / cytoskeleton / regulation of cell cycle / neuron projection / negative regulation of cell population proliferation / nucleolus / perinuclear region of cytoplasm / membrane / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Cooper, D.R. / Kang, B.S. / Sheffield, P. / Devedjiev, Y. / Derewenda, Z.S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The Structure of the Ferm Domain of Merlin, the Neurofibromatosis Type 2 Gene Product. 著者: Kang, B.S. / Cooper, D.R. / Devedjiev, Y. / Derewenda, U. / Derewenda, Z.S. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 151.4 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 120.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1gc6S S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36987.848 Da / 分子数: 2 / 断片: FERM DOMAIN RESIDUES 1-313 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 解説: RECOMBINANTLY EXPRESSED IN BL21-RIL CELLS AS A HEXA-HISTIDINE AND GST TAGGED PROTEIN. THE TAG WAS REMOVED BY RTEV CLEAVAGE. プラスミド: PHGM313 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | ACTS AS A MEMBRANE STABILIZIN | 配列の詳細 | N-TERMINAL GLYCINE IS FROM RTEV CLEAVAGE. | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.4 % | |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: THE PROTEIN WAS CRYSTALLIZED USING HANGING-DROP VAPOR DIFFUSION WIHTH 56% AMMONIUM SULFATE, 2% DIOXANE, 100 MM CACODYLATE, PH 6.5. A 1:1 RATIO OF PROTEIN TO WELL SOLUTION WAS USED. | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2001年3月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.92 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→25 Å / Num. obs: 68182 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 16.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.662 / Mean I/σ(I) obs: 2.33 / % possible all: 97.2 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 30 Å / Num. obs: 68222 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 3.6 % |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 97.2 % / Num. unique obs: 6875 / Rmerge(I) obs: 0.622 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1GC6.PDB 解像度: 1.8→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 3.675 / SU ML: 0.116 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.13 / ESU R Free: 0.123 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→25 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|