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- PDB-1h4l: Structure and regulation of the CDK5-p25(nck5a) complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1h4l
タイトルStructure and regulation of the CDK5-p25(nck5a) complex
要素
  • CELL DIVISION PROTEIN KINASE 5
  • CYCLIN-DEPENDENT KINASE 5 ACTIVATOR
キーワードKINASE/KINASE ACTIVATOR / KINASE-KINASE ACTIVATOR COMPLEX / COMPLEX(CYCLINS-CDK) / CYCLINS / CYCLIN-DEPENDENT KINASES / CDK5 / P35 / P25 / TRANSFERASE / ATP-BINDING / CELL CYCLE / CELL DIVISION / PHOSPHORYLATION
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of presynaptic cytosolic calcium concentration / negative regulation of calcium ion-dependent exocytosis of neurotransmitter / superior olivary nucleus maturation / acetylcholine receptor activator activity / protein kinase 5 complex / G1 to G0 transition involved in cell differentiation / ErbB-2 class receptor binding / negative regulation of synaptic plasticity / contractile muscle fiber / regulation of cell cycle phase transition ...positive regulation of presynaptic cytosolic calcium concentration / negative regulation of calcium ion-dependent exocytosis of neurotransmitter / superior olivary nucleus maturation / acetylcholine receptor activator activity / protein kinase 5 complex / G1 to G0 transition involved in cell differentiation / ErbB-2 class receptor binding / negative regulation of synaptic plasticity / contractile muscle fiber / regulation of cell cycle phase transition / Activated NTRK2 signals through CDK5 / negative regulation of axon extension / layer formation in cerebral cortex / neuron cell-cell adhesion / positive regulation of calcium ion-dependent exocytosis / corpus callosum development / receptor catabolic process / cerebellar cortex formation / protein localization to synapse / CRMPs in Sema3A signaling / regulation of dendritic spine morphogenesis / NGF-stimulated transcription / ErbB-3 class receptor binding / synaptic transmission, dopaminergic / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / negative regulation of protein export from nucleus / motor neuron axon guidance / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity / axonal fasciculation / axon extension / calcium ion import / regulation of neuron differentiation / regulation of synaptic vesicle recycling / tau-protein kinase activity / dendrite morphogenesis / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / synaptic vesicle transport / receptor clustering / central nervous system neuron development / negative regulation of cell cycle / oligodendrocyte differentiation / peptidyl-threonine phosphorylation / synaptic vesicle exocytosis / DARPP-32 events / protein kinase activator activity / positive regulation of protein targeting to membrane / synaptic vesicle endocytosis / regulation of macroautophagy / ephrin receptor signaling pathway / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / alpha-tubulin binding / Schwann cell development / beta-tubulin binding / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / regulation of protein localization to plasma membrane / skeletal muscle tissue development / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / synapse assembly / behavioral response to cocaine / NPAS4 regulates expression of target genes / negative regulation of proteolysis / positive regulation of microtubule polymerization / negative regulation of protein ubiquitination / ionotropic glutamate receptor binding / sensory perception of pain / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / axonogenesis / axon guidance / regulation of cell migration / cerebellum development / cell-matrix adhesion / protein serine/threonine kinase activator activity / regulation of actin cytoskeleton organization / excitatory postsynaptic potential / synaptic transmission, glutamatergic / hippocampus development / filopodium / neuromuscular junction / intracellular protein transport / Hsp90 protein binding / brain development / peptidyl-serine phosphorylation / regulation of synaptic plasticity / visual learning / microtubule cytoskeleton organization / tau protein binding / neuron migration / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / cellular response to amyloid-beta / neuron differentiation / neuron projection development / actin filament binding / p53 binding / kinase activity / cell junction / rhythmic process / positive regulation of neuron apoptotic process / presynapse / lamellipodium / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production
類似検索 - 分子機能
Cyclin-dependent kinase 5 activator protein / Cyclin-dependent kinase 5 activator / Cyclin-like / Cyclin A; domain 1 / Cyclin-like superfamily / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 ...Cyclin-dependent kinase 5 activator protein / Cyclin-dependent kinase 5 activator / Cyclin-like / Cyclin A; domain 1 / Cyclin-like superfamily / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cyclin-dependent kinase 5 / Cyclin-dependent kinase 5 activator 1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Tarricone, C. / Dhavan, R. / Peng, J. / Areces, L.B. / Tsai, L.-H. / Musacchio, A.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2001
タイトル: Structure and Regulation of the Cdk5-P25(Nck5A) Complex
著者: Tarricone, C. / Dhavan, R. / Peng, J. / Areces, L.B. / Tsai, L.-H. / Musacchio, A.
履歴
登録2001年5月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02019年5月8日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: atom_site / diffrn_source ...atom_site / diffrn_source / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_biol
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _exptl_crystal_grow.method ..._diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 2.12019年7月10日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 2.22019年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 2.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CELL DIVISION PROTEIN KINASE 5
B: CELL DIVISION PROTEIN KINASE 5
D: CYCLIN-DEPENDENT KINASE 5 ACTIVATOR
E: CYCLIN-DEPENDENT KINASE 5 ACTIVATOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,7644
ポリマ－100,7644
非ポリマー00
水1,24369
1
A: CELL DIVISION PROTEIN KINASE 5
D: CYCLIN-DEPENDENT KINASE 5 ACTIVATOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,3822
ポリマ－50,3822
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: CELL DIVISION PROTEIN KINASE 5
E: CYCLIN-DEPENDENT KINASE 5 ACTIVATOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,3822
ポリマ－50,3822
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)149.090, 89.760, 82.570
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.08, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.99376, 0.01698, 0.11021), (0.01563, -0.99979, 0.01308), (0.11041, -0.01128, -0.99382)
ベクター: -1.77662, -28.69763, 36.80953)

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要素

#1: タンパク質 CELL DIVISION PROTEIN KINASE 5 / TAU PROTEIN KINASE II CATALYTIC SUBUNIT / CDK5


分子量: 33364.492 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PBAC4X-1 / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q00535
#2: タンパク質 CYCLIN-DEPENDENT KINASE 5 ACTIVATOR / CDK5 ACTIVATOR 1 / CYCLIN-DEPENDENT KINASE 5 REGULATORY SUBUNIT 1 / TAU PROTEIN KINASE II 23 KDA ...CDK5 ACTIVATOR 1 / CYCLIN-DEPENDENT KINASE 5 REGULATORY SUBUNIT 1 / TAU PROTEIN KINASE II 23 KDA SUBUNIT / TPKII REGULATORY SUBUNIT / P23 / P25 / P35


分子量: 17017.645 Da / 分子数: 2 / Fragment: RESIDUES 147-293 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PBAC4X-1 / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q15078
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.07 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: MICROSEEDING - PEG3350, 100 MM TRIS PH 7.6, 200 MM KI, 10 MM DTT, PROTEIN CONC.:7 MG/ML HANGING DROP 2+2 UL. TEMPERATURE 293K.
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: used microseeding
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
120 %PEG33501reservoir
2200 mM1reservoirNaI
37 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7A / 波長: 1.0079
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年5月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0079 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→20 Å / Num. obs: 32449 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 2.26 % / Biso Wilson estimate: 63.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 2.65→2.74 Å / Rmerge(I) obs: 0.233 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 78.5
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å / % possible obs: 93.9 % / Num. measured all: 67318
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 78.5 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1FIN

1fin


解像度: 2.65→19.22 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 1578110.04 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.287 1506 5 %RANDOM
Rwork0.236 ---
obs0.236 30224 95.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 42.2707 Å2 / ksol: 0.324771 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 59.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.83 Å20 Å22.8 Å2
2---7.23 Å20 Å2
3---4.4 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.49 Å0.37 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.51 Å0.37 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→19.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6868 0 0 69 6937
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.84
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.65→2.82 Å / Rfactor Rfree error: 0.027 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.41 233 4.6 %
Rwork0.351 4814 -
obs--96.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAM
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.284 / Rfactor Rwork: 0.242
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.021
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg21
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.84

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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