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- PDB-1h4f: E. COLI BETA-KETOACYL [ACYL CARRIER PROTEIN] SYNTHASE I K328R -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1h4f
タイトルE. COLI BETA-KETOACYL [ACYL CARRIER PROTEIN] SYNTHASE I K328R
要素3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE I
キーワードTRANSFERASE / FATTY ACID SYNTHASE / THIOLASE FOLD / CLAISEN CONDENSATION
機能・相同性
機能・相同性情報


monounsaturated fatty acid biosynthetic process / beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Beta-ketoacyl synthase / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Beta-ketoacyl synthase / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain ...Beta-ketoacyl synthase / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Beta-ketoacyl synthase / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Thiolase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
AMMONIUM ION / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 1 / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 1
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Olsen, J.G. / von Wettstein-Knowles, P. / Mcguire, K.A. / Henriksen, A.
引用
ジャーナル: FEBS J. / 年: 2006
タイトル: Fatty acid synthesis. Role of active site histidines and lysine in Cys-His-His-type beta-ketoacyl-acyl carrier protein synthases.
著者: von Wettstein-Knowles, P. / Olsen, J.G. / McGuire, K.A. / Henriksen, A.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 2001
タイトル: Structures of Beta-Ketoacyl-Acyl Carrier Protein Synthase I Complexed with Fatty Acids Elucidate its Catalytic Machinery
著者: Olsen, J.G. / Kadziola, A. / von Wettstein-Knowles, P. / Siggaard-Andersen, M. / Larsen, S.
履歴
登録2003年2月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年3月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月17日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation ...audit_author / citation / citation_author / diffrn_source
Item: _audit_author.name / _citation.page_last ..._audit_author.name / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE I
B: 3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE I
C: 3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE I
D: 3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)170,8098
ポリマ－170,7374
非ポリマー724
水16,718928
1
A: 3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE I
B: 3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,4054
ポリマ－85,3682
非ポリマー362
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
C: 3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE I
D: 3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,4054
ポリマ－85,3682
非ポリマー362
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)58.928, 139.040, 211.656
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE I / BETA-KETOACYL ACYL CARRIER PROTEIN SYNTHASE I


分子量: 42684.219 Da / 分子数: 4 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
参照: UniProt: P14926, UniProt: P0A953*PLUS, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I
#2: 化合物
ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION


分子量: 18.038 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4N
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 928 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED MUTATION LYS 328 TO ARG CHAINS A-D

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化pH: 7.4
詳細: 2% PEG 400, 1.9 M AMMONIUM SULPHATE, 0.1 M BIS-TRIS PROPANE PH 6.5
結晶化
*PLUS
温度: 294 K / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
114.0 mg/mlprotein1drop
225 mMTrizma1drop
32 mMEDTA1drop
41 mMdithiothreitol1droppH8.0
52 %(w/v)PEG4001reservoir
6100 %bis-tris propane1reservoirpH6.5
71.9 Mammonium sulfate1reservoirpH7.4

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 1.03
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年9月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→29.9 Å / Num. obs: 67310 / % possible obs: 90.8 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 7.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 2→2.2 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.146 / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / % possible all: 90.1
反射
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 29.9 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.061
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 90.1 % / Rmerge(I) obs: 0.143

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1EK4

1ek4


解像度: 2→29.94 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 3608355.48 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MLF
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.227 5318 5 %RANDOM
Rwork0.178 ---
obs0.178 106579 90.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 46.8278 Å2 / ksol: 0.378499 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 19.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.29 Å20 Å20 Å2
2--5.55 Å20 Å2
3----3.25 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.26 Å0.2 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.23 Å0.16 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→29.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11916 0 4 928 12848
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.03
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.921.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.642
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it4.392
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it5.362.5
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.267 893 5.1 %
Rwork0.213 16538 -
obs--89.4 %
精密化
*PLUS
最低解像度: 29.9 Å / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.03

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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