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万見
- PDB-1h2i: Human Rad52 protein, N-terminal domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1h2i
タイトルHuman Rad52 protein, N-terminal domain
要素DNA REPAIR PROTEIN RAD52 HOMOLOG
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA-BINDING PROTEIN / DNA REPAIR / DNA RECOMBINATION
機能・相同性
機能・相同性情報


double-strand break repair via single-strand annealing / DNA double-strand break processing involved in repair via single-strand annealing / DNA recombinase assembly / mitotic recombination / regulation of nucleotide-excision repair / HDR through MMEJ (alt-NHEJ) / HDR through Single Strand Annealing (SSA) / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / double-strand break repair via homologous recombination / protein-DNA complex ...double-strand break repair via single-strand annealing / DNA double-strand break processing involved in repair via single-strand annealing / DNA recombinase assembly / mitotic recombination / regulation of nucleotide-excision repair / HDR through MMEJ (alt-NHEJ) / HDR through Single Strand Annealing (SSA) / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / double-strand break repair via homologous recombination / protein-DNA complex / double-strand break repair / single-stranded DNA binding / cellular response to oxidative stress / DNA recombination / protein-containing complex / DNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
DNA repair protein Rad52/59/22 / DNA recombination/repair protein Rad52 / DNA repair protein Rad52/59/22 / Rad52 family / DNA repair protein Rad52/59/22 superfamily / Rad52/22 family double-strand break repair protein / Enolase-like; domain 1 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA repair protein RAD52 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Singleton, M.R. / Wentzell, L.M. / Liu, Y. / West, S.C. / Wigley, D.B.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2002
タイトル: Structure of the Single-Strand Annealing Domain of Human Rad52 Protein
著者: Singleton, M.R. / Wentzell, L.M. / Liu, Y. / West, S.C. / Wigley, D.B.
履歴
登録2002年8月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年7月5日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA REPAIR PROTEIN RAD52 HOMOLOG
B: DNA REPAIR PROTEIN RAD52 HOMOLOG
C: DNA REPAIR PROTEIN RAD52 HOMOLOG
D: DNA REPAIR PROTEIN RAD52 HOMOLOG
E: DNA REPAIR PROTEIN RAD52 HOMOLOG
F: DNA REPAIR PROTEIN RAD52 HOMOLOG
G: DNA REPAIR PROTEIN RAD52 HOMOLOG
H: DNA REPAIR PROTEIN RAD52 HOMOLOG
I: DNA REPAIR PROTEIN RAD52 HOMOLOG
J: DNA REPAIR PROTEIN RAD52 HOMOLOG
K: DNA REPAIR PROTEIN RAD52 HOMOLOG
L: DNA REPAIR PROTEIN RAD52 HOMOLOG
M: DNA REPAIR PROTEIN RAD52 HOMOLOG
N: DNA REPAIR PROTEIN RAD52 HOMOLOG
O: DNA REPAIR PROTEIN RAD52 HOMOLOG
P: DNA REPAIR PROTEIN RAD52 HOMOLOG
Q: DNA REPAIR PROTEIN RAD52 HOMOLOG
R: DNA REPAIR PROTEIN RAD52 HOMOLOG
S: DNA REPAIR PROTEIN RAD52 HOMOLOG
T: DNA REPAIR PROTEIN RAD52 HOMOLOG
U: DNA REPAIR PROTEIN RAD52 HOMOLOG
V: DNA REPAIR PROTEIN RAD52 HOMOLOG


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)507,96022
ポリマ－507,96022
非ポリマー00
水8,719484
1
A: DNA REPAIR PROTEIN RAD52 HOMOLOG
B: DNA REPAIR PROTEIN RAD52 HOMOLOG
C: DNA REPAIR PROTEIN RAD52 HOMOLOG
D: DNA REPAIR PROTEIN RAD52 HOMOLOG
E: DNA REPAIR PROTEIN RAD52 HOMOLOG
F: DNA REPAIR PROTEIN RAD52 HOMOLOG
G: DNA REPAIR PROTEIN RAD52 HOMOLOG
H: DNA REPAIR PROTEIN RAD52 HOMOLOG
I: DNA REPAIR PROTEIN RAD52 HOMOLOG
J: DNA REPAIR PROTEIN RAD52 HOMOLOG
K: DNA REPAIR PROTEIN RAD52 HOMOLOG


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)253,98011
ポリマ－253,98011
非ポリマー00
水19811
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
L: DNA REPAIR PROTEIN RAD52 HOMOLOG
M: DNA REPAIR PROTEIN RAD52 HOMOLOG
N: DNA REPAIR PROTEIN RAD52 HOMOLOG
O: DNA REPAIR PROTEIN RAD52 HOMOLOG
P: DNA REPAIR PROTEIN RAD52 HOMOLOG
Q: DNA REPAIR PROTEIN RAD52 HOMOLOG
R: DNA REPAIR PROTEIN RAD52 HOMOLOG
S: DNA REPAIR PROTEIN RAD52 HOMOLOG
T: DNA REPAIR PROTEIN RAD52 HOMOLOG
U: DNA REPAIR PROTEIN RAD52 HOMOLOG
V: DNA REPAIR PROTEIN RAD52 HOMOLOG


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)253,98011
ポリマ－253,98011
非ポリマー00
水19811
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)117.259, 127.319, 191.227
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.29, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細CHAINS A-K FORM ONE UNDECAMERIC UNITCHAINS L-V FORM ONE UNDECAMERIC UNIT

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要素

#1: タンパク質 ...
DNA REPAIR PROTEIN RAD52 HOMOLOG / RAD52


分子量: 23089.096 Da / 分子数: 22 / 断片: DNA-BINDING DOMAIN, RESIDUES 1-209 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P43351
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 484 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細INVOLVED IN DOUBLE-STRANDED BREAK REPAIR
配列の詳細STRUCTURE IS OF N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 1-209

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.23 %
結晶化pH: 8 / 詳細: pH 8.00
結晶化
*PLUS
pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
110 mg/mlprotein1drop
210 mMTris-HCl1droppH7.5
3300 mM1dropNaCl
41 mMdithiothreitol1drop
5100 mMTris-HCl1reservoirpH8.0
64-14 %(v/v)ethanol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→30 Å / Num. obs: 149457 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.279 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 96.7
反射
*PLUS
最低解像度: 30 Å
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 96.7 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.7→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.262 -5 %RANDOM
Rwork0.225 ---
obs0.225 149457 96.9 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数32318 0 0 484 32802
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.78
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: RESTRAINTS
精密化
*PLUS
最低解像度: 30 Å / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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