[日本語] English
万見
- PDB-1h1l: NITROGENASE MO-FE PROTEIN FROM KLEBSIELLA PNEUMONIAE, NIFV MUTANT -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1h1l
タイトルNITROGENASE MO-FE PROTEIN FROM KLEBSIELLA PNEUMONIAE, NIFV MUTANT
要素(NITROGENASE MOLYBDENUM IRON PROTEIN ...) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / BIOLOGICAL NITROGEN FIXATION / NITROGEN METABOLISM / MOLYBDOENZYMES / ELECTRON TRANSFER
機能・相同性
機能・相同性情報


molybdenum-iron nitrogenase complex / nitrogenase / : / nitrogenase activity / nitrogen fixation / iron-sulfur cluster binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Nitrogenase Molybdenum-iron Protein, subunit B, domain 4 / Nitrogenase Molybdenum-iron Protein, subunit B; domain 4 / Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain, N-terminal / Domain of unknown function (DUF3364) / Nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain / Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain / Nitrogenase component 1, alpha chain / Nitrogenase component 1, conserved site / Nitrogenases component 1 alpha and beta subunits signature 2. / Nitrogenases component 1 alpha and beta subunits signature 1. ...Nitrogenase Molybdenum-iron Protein, subunit B, domain 4 / Nitrogenase Molybdenum-iron Protein, subunit B; domain 4 / Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain, N-terminal / Domain of unknown function (DUF3364) / Nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain / Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain / Nitrogenase component 1, alpha chain / Nitrogenase component 1, conserved site / Nitrogenases component 1 alpha and beta subunits signature 2. / Nitrogenases component 1 alpha and beta subunits signature 1. / Nitrogenase/oxidoreductase, component 1 / : / Nitrogenase component 1 type Oxidoreductase / Nitrogenase molybdenum iron protein domain / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FE-MO-S CLUSTER / CITRIC ACID / FE(8)-S(7) CLUSTER / Nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain / Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain
類似検索 - 構成要素
生物種KLEBSIELLA PNEUMONIAE (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Mayer, S.M. / Gormal, C.A. / Smith, B.E. / Lawson, D.M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: Crystallographic Analysis of the Mofe Protein of Nitrogenase from a Nifv Mutant of Klebsiella Pneumoniae Identifies Citrate as a Ligand to the Molybdenum of Iron Molybdenum Cofactor (Femoco).
著者: Mayer, S.M. / Gormal, C.A. / Smith, B.E. / Lawson, D.M.
履歴
登録2002年7月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年4月24日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_biol
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: NITROGENASE MOLYBDENUM IRON PROTEIN ALPHA CHAIN
B: NITROGENASE MOLYBDENUM IRON PROTEIN BETA CHAIN
C: NITROGENASE MOLYBDENUM IRON PROTEIN ALPHA CHAIN
D: NITROGENASE MOLYBDENUM IRON PROTEIN BETA CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)227,96116
ポリマ－224,5154
非ポリマー3,44612
水27,6891537
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)204.060, 75.060, 164.260
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 123.95, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.99088, 0.02807, 0.1318), (0.02433, -0.92474, 0.37983), (0.13254, 0.37957, 0.91562)129.31363, -29.14841, -3.24961
2given(-0.99028, 0.02731, 0.13636), (0.02684, -0.92456, 0.38008), (0.13645, 0.38005, 0.91485)129.09775, -29.25258, -3.35041

-
要素

-
NITROGENASE MOLYBDENUM IRON PROTEIN ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 NITROGENASE MOLYBDENUM IRON PROTEIN ALPHA CHAIN / NITROGENASE COMPONENT I / DINITROGENASE


分子量: 53919.387 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: CHAINS A AND C ARE ALPHA-SUBUNITS / 由来: (天然) KLEBSIELLA PNEUMONIAE (肺炎桿菌) / Variant: NIFV MUTANT / 株: UNF1613 / 参照: UniProt: P00466, nitrogenase
#2: タンパク質 NITROGENASE MOLYBDENUM IRON PROTEIN BETA CHAIN / NITROGENASE COMPONENT I / DINITROGENASE


分子量: 58338.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: CHAINS B AND D ARE BETA-SUBUNITS / 由来: (天然) KLEBSIELLA PNEUMONIAE (肺炎桿菌) / Variant: NIFV MUTANT / 株: UNF1613 / 参照: UniProt: P09772, nitrogenase

-
非ポリマー , 6種, 1549分子

#3: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#4: 化合物 ChemComp-CFM / FE-MO-S CLUSTER


分子量: 775.440 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe7MoS9
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-CLF / FE(8)-S(7) CLUSTER


分子量: 671.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe8S7
#7: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1537 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

構成要素の詳細NITROGEN FIXATION, CATALYZED BY THE NITROGENASE COMPLEX, THE IRON PROTEIN AND THE MOLYBDENUM-IRON ...NITROGEN FIXATION, CATALYZED BY THE NITROGENASE COMPLEX, THE IRON PROTEIN AND THE MOLYBDENUM-IRON PROTEIN COMPRISE TWO CATALYTIC COMPONENTS OF THE COMPLEX.
配列の詳細N-TERMINAL SEQUENCING INDICATES THAT THE FIRST TWO AMINO ACIDS OF THE ALPHA SUBUNITS (CHAINS A AND ...N-TERMINAL SEQUENCING INDICATES THAT THE FIRST TWO AMINO ACIDS OF THE ALPHA SUBUNITS (CHAINS A AND C) ARE CLEAVED FROM THE PROTEIN. THUS RESIDUE 1 IN THE COORDINATE FILE CORRESPONDS TO RESIDUE 3 IN THE SWS ACCESSION NO. P00466. N-TERMINAL SEQUENCING INDICATES THAT THE FIRST AMINO ACID IN EACH OF THE BETA SUBUNITS (CHAINS B AND D) IS CLEAVED FROM THE PROTEIN. THUS RESIDUE 1 IN THE COORDINATE FILE CORRESPONDS TO RESIDUE 2 IN THE SWS ACCESSION NO. P09772.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 %
解説: PRIOR TO DATA COLLECTION THE CRYSTAL WAS SOAKED FOR 5 MINS IN CRYOPROTECTANT (MOTHER LIQUOR WITH 25% ETHYLENE GLYCOL CONTAINING 20 MM SODIUM DITHIONITE (A REDUCTANT).
結晶化手法: liquid diffusion / pH: 7.4
詳細: CRYSTALLIZED ANAEROBICALLY USING LIQUID-LIQUID DIFFUSION TECHNIQUE. FINAL CONCENTRATIONS AFTER EQUILIBRATION WERE: 7% (W/V) PEG6000, 0.4 - 0.6 M MGCL2, 50 MM TRIS-HCL PH 7.4, 1.3 MG/ML PROTEIN.
結晶化
*PLUS
手法: liquid-liquid diffusion
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
110 mM11NaCl
225 mMTris-HCl11pH7.4
310.1 mg/mlprotein11

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.936
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 1999年2月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.936 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→40 Å / Num. obs: 154203 / % possible obs: 94.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 20.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 15.5
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / Rmerge(I) obs: 0.214 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 85.2
反射
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 40 Å
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 85.2 % / Mean I/σ(I) obs: 3.6

-
解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1QGU

1qgu


解像度: 1.9→40 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: TOWARDS THE END OF REFINEMENT ALL RESTRAIN WITHIN THE HETEROGENS CIT, CFM, AND CLF WERE EXPLICITL TURNED OFF. IN ADDITION, THE BONDS BETWEEN THESE HETEROGENS AND THE PROTEIN NOT RESTRAINED. ...詳細: TOWARDS THE END OF REFINEMENT ALL RESTRAIN WITHIN THE HETEROGENS CIT, CFM, AND CLF WERE EXPLICITL TURNED OFF. IN ADDITION, THE BONDS BETWEEN THESE HETEROGENS AND THE PROTEIN NOT RESTRAINED. BOTH CITRATE MOLECULES WERE REFINED WITH AN OCCUPANCY OF 0.5. A NETWORK OF WATER MOLECULES WAS THOU TO BE PRESENT IN ITS ABSENCE. THREE WATERS WERE MODELLED IN PLA EACH CITRATE AND GIVEN OCCUPANCIES OF 0.5.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.236 7646 5 %RANDOM
Rwork0.176 ---
obs-154203 94.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15392 0 96 1537 17025
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d0.034

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る