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- PDB-1qh8: NITROGENASE MOFE PROTEIN FROM KLEBSIELLA PNEUMONIAE, AS-CRYSTALLI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qh8
タイトルNITROGENASE MOFE PROTEIN FROM KLEBSIELLA PNEUMONIAE, AS-CRYSTALLIZED (MIXED OXIDATION) STATE
要素(PROTEIN (NITROGENASE MOLYBDENUM IRON ...) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / BIOLOGICAL NITROGEN FIXATION / NITROGEN METABOLISM / MOLYBDOENZYMES / ELECTRON TRANSFER
機能・相同性
機能・相同性情報


molybdenum-iron nitrogenase complex / nitrogenase / nitrogenase activity / nitrogen fixation / iron-sulfur cluster binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Nitrogenase Molybdenum-iron Protein, subunit B, domain 4 / Nitrogenase Molybdenum-iron Protein, subunit B; domain 4 / Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain, N-terminal / Domain of unknown function (DUF3364) / Nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain / Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain / Nitrogenase component 1, alpha chain / Nitrogenase component 1, conserved site / Nitrogenases component 1 alpha and beta subunits signature 2. / Nitrogenases component 1 alpha and beta subunits signature 1. ...Nitrogenase Molybdenum-iron Protein, subunit B, domain 4 / Nitrogenase Molybdenum-iron Protein, subunit B; domain 4 / Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain, N-terminal / Domain of unknown function (DUF3364) / Nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain / Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain / Nitrogenase component 1, alpha chain / Nitrogenase component 1, conserved site / Nitrogenases component 1 alpha and beta subunits signature 2. / Nitrogenases component 1 alpha and beta subunits signature 1. / Nitrogenase/oxidoreductase, component 1 / : / Nitrogenase component 1 type Oxidoreductase / Nitrogenase molybdenum iron protein domain / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FE-MO-S CLUSTER / FE(8)-S(7) CLUSTER / 3-HYDROXY-3-CARBOXY-ADIPIC ACID / Nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain / Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Mayer, S.M. / Lawson, D.M. / Gormal, C.A. / Roe, S.M. / Smith, B.E.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: New insights into structure-function relationships in nitrogenase: A 1.6 A resolution X-ray crystallographic study of Klebsiella pneumoniae MoFe-protein.
著者: Mayer, S.M. / Lawson, D.M. / Gormal, C.A. / Roe, S.M. / Smith, B.E.
履歴
登録1999年5月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年11月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (NITROGENASE MOLYBDENUM IRON PROTEIN)
B: PROTEIN (NITROGENASE MOLYBDENUM IRON PROTEIN)
C: PROTEIN (NITROGENASE MOLYBDENUM IRON PROTEIN)
D: PROTEIN (NITROGENASE MOLYBDENUM IRON PROTEIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)228,54236
ポリマ－223,9404
非ポリマー4,60232
水51,1632840
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area36270 Å2
ΔGint-316 kcal/mol
Surface area56890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)203.030, 74.900, 162.120
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 122.80, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.99168, 0.03017, 0.12514), (0.01921, -0.92659, 0.37558), (0.12728, 0.37486, 0.9183)129.01341, -28.72609, -2.96975
2given(-0.99108, 0.02775, 0.13032), (0.02377, -0.92555, 0.37787), (0.1311, 0.3776, 0.91664)128.83018, -28.97864, -3.08638

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要素

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PROTEIN (NITROGENASE MOLYBDENUM IRON ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 PROTEIN (NITROGENASE MOLYBDENUM IRON PROTEIN) / NITROGENASE COMPONENT 1


分子量: 53632.051 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ALSO KNOWN AS KLEBSIELLA PNEUMONIAE OXYTOCA. / 由来: (天然) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 細胞内の位置: CYTOPLASM / Variant: WILD-TYPE / 株: M5A1 / 参照: UniProt: P00466, nitrogenase
#2: タンパク質 PROTEIN (NITROGENASE MOLYBDENUM IRON PROTEIN) / NITROGENASE COMPONENT 1


分子量: 58338.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ALSO KNOWN AS KLEBSIELLA PNEUMONIAE OXYTOCA. / 由来: (天然) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 細胞内の位置: CYTOPLASM / Variant: WILD-TYPE / 株: M5A1 / 参照: UniProt: P09772, nitrogenase

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非ポリマー , 7種, 2872分子

#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-HCA / 3-HYDROXY-3-CARBOXY-ADIPIC ACID / (2R)-2-ヒドロキシ-1,2,4-ブタントリカルボン酸


分子量: 206.150 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H10O7
#5: 化合物 ChemComp-CFM / FE-MO-S CLUSTER


分子量: 775.440 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe7MoS9
#6: 化合物 ChemComp-CLF / FE(8)-S(7) CLUSTER


分子量: 671.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe8S7
#7: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2840 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 %
結晶化pH: 8
詳細: CRYSTALLIZED ANAEROBICALLY USING LIQUID-LIQUID DIFFUSION TECHNIQUE. FINAL CONCENTRATIONS AFTER EQUILIBRATION WERE: 7% (W/V) PEG 6000, 0.4 - 0.6 M MGCL2, 50 MM TRIS-HCL PH 8, 3.3 MG/ML PROTEIN. ...詳細: CRYSTALLIZED ANAEROBICALLY USING LIQUID-LIQUID DIFFUSION TECHNIQUE. FINAL CONCENTRATIONS AFTER EQUILIBRATION WERE: 7% (W/V) PEG 6000, 0.4 - 0.6 M MGCL2, 50 MM TRIS-HCL PH 8, 3.3 MG/ML PROTEIN., pH 8.0, temperature 100K PRIOR TO DATA COLLECTION THE CRYSTAL WAS TRANSIENTLY SOAKED IN CRYOPROTECTANT (MOTHER LIQUOR WITH 25% ETHYLENE GLYCOL) CONTAINING 2 MM SODIUM DITHIONITE (A REDUCTANT).
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 17 ℃ / pH: 8 / 手法: liquid diffusion
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
17 %(w/v)PEG600011
20.4-0.6 M11MgCl2
350 mMTris-HCl11
43.3 mg/mlprotein12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.91
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年7月1日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 265023 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 14.83 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 22.4
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / Rmerge(I) obs: 0.227 / Mean I/σ(I) obs: 3.82 / % possible all: 84.7
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 84.7 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1MIN

1min
PDB 未公開エントリ


解像度: 1.6→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: TOWARDS THE END OF REFINEMENT ALL RESTRAINTS WITHIN THE HETEROGENS HCA, CFM, AND CLF WERE EXPLICITLY TURNED OFF. IN ADDITION, THE BONDS BETWEEN THESE HETEROGENS AND THE PROTEIN (SEE ...詳細: TOWARDS THE END OF REFINEMENT ALL RESTRAINTS WITHIN THE HETEROGENS HCA, CFM, AND CLF WERE EXPLICITLY TURNED OFF. IN ADDITION, THE BONDS BETWEEN THESE HETEROGENS AND THE PROTEIN (SEE CONNECTIVITY SECTION) WERE NOT RESTRAINED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.197 13327 5 %RANDOM
Rwork0.155 ---
obs-265023 98 %-
原子変位パラメータBiso mean: 17.71 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15552 0 204 2809 18565
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0130.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0280.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0330.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.6683
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.0655
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it3.0566
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it3.7738
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.02710.04
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1350.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1710.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2650.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.1050.3
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor5.27
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor1315
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor34.520
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.155
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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