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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1gz7 | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of the closed state of lipase 2 from Candida rugosa | |||||||||
![]() | LIPASE 2 | |||||||||
![]() | HYDROLASE / CARBOXYLIC ESTERASE / GLYCOPROTEIN. | |||||||||
機能・相同性 | ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Mancheno, J.M. / Hermoso, J.A. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural Insights Into the Lipase/Esterase Behavior in the Candida Rugosa Lipases Family: Crystal Structure of the Lipase 2 Isoenzyme at 1.97A Resolution 著者: Mancheno, J.M. / Pernas, M.A. / Martinez, M.J. / Ochoa, B. / Rua, M.L. / Hermoso, J.A. #1: ジャーナル: Methods Enzymol. / 年: 1997 タイトル: Cloning, Sequencing, and Expression of Candida Rugosa Lipases 著者: Alberghina, L. / Lotti, M. #2: ジャーナル: Nature / 年: 1989 タイトル: The Codon Cug is Read as Serine in an Asporogenic Yeast Candida Cylindracea 著者: Kawaguchi, Y. / Honda, H. / Taniguchi-Morimura, J. / Iwasaki, S. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 432.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 354.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1trhS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 57509.344 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 4.5 / 詳細: 15% (W/V) PEG 4000, SODIUM ACETATE 0.1M, PH 5.0 | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 291 K / pH: 5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | 検出器: CCD / 日付: 2001年5月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.004 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.97→37.11 Å / Num. obs: 152503 / % possible obs: 94.6 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 17.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 4.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.97→2.08 Å / 冗長度: 1.1 % / Rmerge(I) obs: 0.299 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 76.5 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.97 Å / Num. measured all: 299637 / Rmerge(I) obs: 0.1 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 76.5 % / Rmerge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1TRH 解像度: 1.97→11.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 935285.74 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 詳細: THE ELECTRON DENSITY CORRESPONDING TO RESIDUES 78 AND 79 IS NOT CONSISTENT WITH THE SEQUENCE DESCRIBED FOR LIPASE2 (ARG-HIS), BUT WITH LEU-ASP, PRECISELY THE SEQUENCE DESCRIBED FOR LIPASE 1 AND LIPASE 3.
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 66.0866 Å2 / ksol: 0.42525 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.6 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.97→11.98 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.97→2.09 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 12 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.23 / Rfactor Rwork: 0.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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