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- PDB-1gz7: Crystal structure of the closed state of lipase 2 from Candida rugosa -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gz7
タイトルCrystal structure of the closed state of lipase 2 from Candida rugosa
要素LIPASE 2
キーワードHYDROLASE / CARBOXYLIC ESTERASE / GLYCOPROTEIN.
機能・相同性
機能・相同性情報


triacylglycerol lipase / triacylglycerol lipase activity / lipid catabolic process
類似検索 - 分子機能
: / Carboxylesterase type B, active site / Carboxylesterases type-B serine active site. / Carboxylesterase type B, conserved site / Carboxylesterases type-B signature 2. / Carboxylesterase, type B / Carboxylesterase family / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold ...: / Carboxylesterase type B, active site / Carboxylesterases type-B serine active site. / Carboxylesterase type B, conserved site / Carboxylesterases type-B signature 2. / Carboxylesterase, type B / Carboxylesterase family / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種CANDIDA RUGOSA (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.97 Å
データ登録者Mancheno, J.M. / Hermoso, J.A.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: Structural Insights Into the Lipase/Esterase Behavior in the Candida Rugosa Lipases Family: Crystal Structure of the Lipase 2 Isoenzyme at 1.97A Resolution
著者: Mancheno, J.M. / Pernas, M.A. / Martinez, M.J. / Ochoa, B. / Rua, M.L. / Hermoso, J.A.
#1: ジャーナル: Methods Enzymol. / 年: 1997
タイトル: Cloning, Sequencing, and Expression of Candida Rugosa Lipases
著者: Alberghina, L. / Lotti, M.
#2: ジャーナル: Nature / 年: 1989
タイトル: The Codon Cug is Read as Serine in an Asporogenic Yeast Candida Cylindracea
著者: Kawaguchi, Y. / Honda, H. / Taniguchi-Morimura, J. / Iwasaki, S.
履歴
登録2002年5月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年10月19日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_symm_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _database_PDB_caveat.text / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _pdbx_validate_symm_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LIPASE 2
B: LIPASE 2
C: LIPASE 2
D: LIPASE 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)232,47216
ポリマ－230,0374
非ポリマー2,43412
水26,5001471
1
A: LIPASE 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,1184
ポリマ－57,5091
非ポリマー6093
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: LIPASE 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,1184
ポリマ－57,5091
非ポリマー6093
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: LIPASE 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,1184
ポリマ－57,5091
非ポリマー6093
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: LIPASE 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,1184
ポリマ－57,5091
非ポリマー6093
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.150, 91.140, 108.460
Angle α, β, γ (deg.)90.78, 106.31, 86.91
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
LIPASE 2


分子量: 57509.344 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) CANDIDA RUGOSA (菌類) / 参照: UniProt: P32946, triacylglycerol lipase
#2: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1471 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化pH: 4.5 / 詳細: 15% (W/V) PEG 4000, SODIUM ACETATE 0.1M, PH 5.0
結晶化
*PLUS
温度: 291 K / pH: 5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
115 %(w/v)PEG40001reservoir
20.1 Msodium acetate1reservoirpH5.0
37-8 mg/mlprotein1drop

-
データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 1.004
検出器検出器: CCD / 日付: 2001年5月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.004 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.97→37.11 Å / Num. obs: 152503 / % possible obs: 94.6 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 17.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 4.6
反射 シェル解像度: 1.97→2.08 Å / 冗長度: 1.1 % / Rmerge(I) obs: 0.299 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 76.5
反射
*PLUS
最高解像度: 1.97 Å / Num. measured all: 299637 / Rmerge(I) obs: 0.1
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 76.5 % / Rmerge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 2.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1TRH

1trh


解像度: 1.97→11.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 935285.74 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: THE ELECTRON DENSITY CORRESPONDING TO RESIDUES 78 AND 79 IS NOT CONSISTENT WITH THE SEQUENCE DESCRIBED FOR LIPASE2 (ARG-HIS), BUT WITH LEU-ASP, PRECISELY THE SEQUENCE DESCRIBED FOR LIPASE 1 AND LIPASE 3.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.236 7672 5.1 %RANDOM
Rwork0.2 ---
obs0.2 151824 94.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 66.0866 Å2 / ksol: 0.42525 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 27.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.91 Å28.08 Å2-8.09 Å2
2---2.09 Å20.57 Å2
3---0.18 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.28 Å0.24 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.34 Å0.32 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.97→11.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16212 0 160 1471 17843
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.97→2.09 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.331 1074 5.1 %
Rwork0.315 19977 -
obs--78.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMCRY_XPLOR_TOP.TXT
X-RAY DIFFRACTION3CARBOHYDRATE.PARAM
X-RAY DIFFRACTION4CRY_XPLOR_PAR.TXT
精密化
*PLUS
最低解像度: 12 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.23 / Rfactor Rwork: 0.2
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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