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- PDB-1gxg: Non-cognate protein-protein interactions: the NMR structure of th... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gxg
タイトルNon-cognate protein-protein interactions: the NMR structure of the colicin E8 inhibitor protein Im8 and its interaction with the DNase domain of colicin E9
要素COLICIN E8 IMMUNITY PROTEIN
キーワードINHIBITOR / INHIBITOR PROTEIN OF DNASE COLICIN E8 / BACTERIOCIN IMMUNITY / PLASMID
機能・相同性
機能・相同性情報


bacteriocin immunity / toxic substance binding
類似検索 - 分子機能
Colicin E immunity protein / Colicin immunity protein/pyocin immunity protein / Colicin E immunity protein superfamily / Colicin immunity protein / pyocin immunity protein / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Colicin-E8 immunity protein
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
Model type detailsMINIMIZED AVERAGE
データ登録者Le Duff, C.S. / Videler, H. / Boetzel, R. / Czisch, M. / James, R. / Kleanthous, C. / Moore, G.R.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Non-Cognate Protein-Protein Interaction: The NMR Structure of the Colicin E8 Inhibitor Protein Im8 and its Interaction with the DNase Domain of Colicin E9
著者: Le Duff, C.S. / Videler, H. / Boetzel, R. / Czisch, M. / James, R. / Kleanthous, C. / Moore, G.R.
履歴
置き換え2002年4月4日ID: 1IMZ
登録2002年4月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_mr

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: COLICIN E8 IMMUNITY PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,6351
ポリマ－9,6351
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 300THE 30 LOWEST TARGET FUNCTION STRUCTURES FROM DYANA WERE ENERGY MINIMISED IN OPAL; THE 20 LOWEST ENERGY STRUCTURES WERE CHOSEN AS THE FINAL ENSEMBLE
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 COLICIN E8 IMMUNITY PROTEIN / IMME8 / MICROCIN E8 IMMUNITY PROTEIN


分子量: 9634.519 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: IM8 IS THE IMMUNITY PROTEIN OF COLICIN E8 (DNASE) / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P09881

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-EDITED TOCSY-HSQC
1213D 15N-EDITED NOESY-HSQC
1312D 1H-1H TOCSY (80MS)
1412D 1H-1H NOESY(100MS)
NMR実験の詳細Text: NMR STRUCTURE DETERMINED USING 15-LABELLED IM8 PROTEIN. THIS ENTRY REPRESENTS THE LOWEST ENERGY STRUCTURE FROM AN ENSEMBLE OF 20 STRUCTURES (THE ENSEMBLE HAS BEEN DEPOSITED AS ENTRY 1GXH).

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試料調製

詳細内容: 0.01M DTT
試料状態イオン強度: 0.05 M / pH: 6.2 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian UNITYPLUS / 製造業者: Varian / モデル: UNITYPLUS / 磁場強度: 750 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
OPALLUGINBUHL,GUNTERT,BILLETER,WUTHRICH精密化
DYANA構造決定
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT USING A RESTRAINT MOLECULAR DYNAMICS RUN IN VACUO
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: THE 30 LOWEST TARGET FUNCTION STRUCTURES FROM DYANA WERE ENERGY MINIMISED IN OPAL; THE 20 LOWEST ENERGY STRUCTURES WERE CHOSEN AS THE FINAL ENSEMBLE
計算したコンフォーマーの数: 300 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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