[日本語] English
万見
- PDB-1gwg: Tri-iodide derivative of apoferritin -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gwg
タイトルTri-iodide derivative of apoferritin
要素FERRITIN LIGHT CHAIN
キーワードFERRITIN / IRON STORAGE / MULTIGENE FAMILY / ACETYLATION
機能・相同性
機能・相同性情報


: / intracellular sequestering of iron ion / ferric iron binding / ferrous iron binding / iron ion transport / iron ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ferritin iron-binding regions signature 1. / Ferritin iron-binding regions signature 2. / Ferritin, conserved site / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain ...Ferritin iron-binding regions signature 1. / Ferritin iron-binding regions signature 2. / Ferritin, conserved site / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / IODIDE ION / Ferritin light chain
類似検索 - 構成要素
生物種EQUUS CABALLUS (ウマ)
手法X線回折 / OTHER / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Evans, G. / Bricogne, G.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2002
タイトル: Triiodide Derivatization and Combinatorial Counter-Ion Replacement: Two Methods for Enhancing Phasing Signal Using Laboratory Cu Kalpha X-Ray Equipment
著者: Evans, G. / Bricogne, G.
履歴
登録2002年3月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年6月28日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.42024年5月8日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: FERRITIN LIGHT CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,23912
ポリマ－19,8721
非ポリマー1,36711
水2,738152
1
A: FERRITIN LIGHT CHAIN
ヘテロ分子
x 24


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)509,745288
ポリマ－476,93824
非ポリマー32,807264
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
crystal symmetry operation15_555y,-x,z1
crystal symmetry operation16_555-y,x,z1
crystal symmetry operation22_555z,-y,x1
crystal symmetry operation20_555x,-z,y1
crystal symmetry operation18_555-x,z,y1
crystal symmetry operation23_555-z,y,x1
crystal symmetry operation21_555z,y,-x1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation17_555x,z,-y1
crystal symmetry operation6_555z,-x,-y1
crystal symmetry operation12_555-y,-z,x1
crystal symmetry operation13_555y,x,-z1
crystal symmetry operation7_555-z,-x,y1
crystal symmetry operation11_555y,-z,-x1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
crystal symmetry operation10_555-y,z,-x1
crystal symmetry operation8_555-z,x,-y1
crystal symmetry operation19_555-x,-z,-y1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation24_555-z,-y,-x1
crystal symmetry operation14_555-y,-x,-z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)181.190, 181.190, 181.190
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number209
Space group name H-MF432
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1178-

CD

21A-1179-

CD

31A-1181-

IOD

41A-2040-

HOH

51A-2125-

HOH

61A-2126-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 FERRITIN LIGHT CHAIN / FERRITIN L SUBUNIT / FERRITIN


分子量: 19872.428 Da / 分子数: 1 / 断片: L-CHAIN RESIDUES 1-174 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) EQUUS CABALLUS (ウマ) / 器官: SPLEEN / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P02791
#2: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 化合物 ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 152 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 62 %
結晶化pH: 5.3
詳細: 40MG/ML PROTEIN; 8MM CDSO4, 1M AMMONIUM SULPHATE, 0.01M NAN3., pH 5.30
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110-40 mg/mlprotein1drop
20.1 M1dropNaCl
37-12 mM1reservoirCdSO4
41 Mammonium sulfate1reservoir
53 mM1reservoirNaN3

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ELLIOTT GX-13 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MAR scanner 180 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年8月15日 / 詳細: SUPPER MIRRORS
放射モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.01→22.14 Å / Num. obs: 406056 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): 6 / 冗長度: 9.1 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 2.01→2.12 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.321 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 98.8
反射
*PLUS
% possible obs: 98.9 %
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 93 % / 冗長度: 6.2 %

-
解析

ソフトウェア
名称分類
BUSTER-TNT精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: OTHER / 解像度: 2.01→22.14 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT CORRECTION APPLIED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.208 872 5 %RANDOM
Rwork0.167 ---
obs0.169 17264 99.8 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.01→22.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1354 0 11 152 1517
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 17272 / Rfactor obs: 0.169 / Rfactor Rfree: 0.205 / Rfactor Rwork: 0.18
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.019
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.283

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る