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- PDB-1gvs: Structure of pentaerythritol tetranitrate reductase and complexed... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gvs
タイトルStructure of pentaerythritol tetranitrate reductase and complexed with picric acid
要素PENTAERYTHRITOL TETRANITRATE REDUCTASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / FLAVOENZYME / EXPLOSIVE DEGRADATION / STEROID BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


FMN binding / oxidoreductase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
Oxidoreductase Oye-like / NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase, N-terminal / NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / PICRIC ACID / Pentaerythritol tetranitrate reductase
類似検索 - 構成要素
生物種ENTEROBACTER CLOACAE (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.38 Å
データ登録者Barna, T. / Moody, P.C.E.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: Kinetic and Structural Basis of Reactivity of Pentaerythritol Tetranitrate Reductase with Nadph,2-Cyclohexenone Nitroesters and Nitroaromatic Explosives
著者: Khan, H. / Harris, R. / Barna, T. / Craig, D. / Bruce, N. / Munro, A. / Moody, P.C.E. / Scrutton, N.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: Crystal Structure of Pentaerythritol Tetranitrate Reductase: "Flipped" Binding Geometries for Steroid Substrates in Different Redox States of the Enzyme
著者: Barna, T.M. / Khan, H. / Bruce, N.C. / Barsukov, I. / Scrutton, N.S. / Moody, P.C.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1998
タイトル: Crystallization and Preliminary Diffraction Studies of Pentaerythritol Tetranitrate Reductase from Enterobacter Cloacae Pb2.
著者: Moody, P.C.E. / Shikotra, N. / French, C.E. / Bruce, N.C. / Scrutton, N.S.
履歴
登録2002年2月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年4月25日Group: Derived calculations / Non-polymer description ...Derived calculations / Non-polymer description / Other / Structure summary
改定 1.22013年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.32017年3月29日Group: Structure summary
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PENTAERYTHRITOL TETRANITRATE REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,0893
ポリマ－39,4041
非ポリマー6852
水10,215567
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.963, 69.094, 89.024
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 PENTAERYTHRITOL TETRANITRATE REDUCTASE


分子量: 39404.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: 2,4,6 TRINITROPHENOL IS BOUND IN THE ACTIVE SITE
由来: (組換発現) ENTEROBACTER CLOACAE (バクテリア)
解説: NCBI U68759. RECOMBINANT / プラスミド: PONR1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P71278
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 化合物 ChemComp-TNF / PICRIC ACID / 2,4,6-TRINITROPHENOL


分子量: 229.104 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H3N3O7
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 567 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.67 %
結晶化pH: 6.2 / 詳細: pH 6.20
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Barna, T.M., (2001) J. Mol. Biol., 310, 433. / pH: 6.2
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
125 %(w/v)PEG30001reservoir
20.1 Mcacodylic acid1reservoirpH6.2
317 %(v/v)isopropanol1reservoir
40.1 M1reservoirNaCl
50.1 Msodium acetate1reservoir
60.05 Msodium thiocyanate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1998年1月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.38→50 Å / Num. obs: 68596 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 11.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.038 / Net I/σ(I): 32.7
反射 シェル解像度: 1.38→1.47 Å / % possible all: 79
反射
*PLUS
最高解像度: 1.55 Å / Num. obs: 48899 / % possible obs: 95.8 % / Num. measured all: 231227 / Rmerge(I) obs: 0.032

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS0.5精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1H50

1h50


解像度: 1.38→50 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2 3351 4.9 %RANDOM
Rwork0.175 ---
obs0.175 68596 96.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 12.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.73 Å20 Å20 Å2
2--1.13 Å20 Å2
3----0.41 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.14 Å0.18 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.1 Å0.13 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.38→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2768 0 47 567 3382
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.88
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.231.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it0.412
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it0.42
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it0.612.5
LS精密化 シェル解像度: 1.38→1.47 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.211 502 5.3 %
Rwork0.212 8980 -
obs--79 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2FMN.PARWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ACE.PARDNP.TOP
X-RAY DIFFRACTION4WATER_REP.PARAMFMN.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.55 Å / Rfactor Rfree: 0.225 / Rfactor Rwork: 0.19
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.88

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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