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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1gvm | ||||||
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タイトル | CHOLINE BINDING DOMAIN OF THE MAJOR AUTOLYSIN (C-LYTA) FROM STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE | ||||||
![]() | AUTOLYSIN | ||||||
![]() | CHOLINE-BINDING DOMAIN / CELL WALL ATTACHMENT | ||||||
機能・相同性 | ![]() N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase / establishment of competence for transformation / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase activity / sporulation resulting in formation of a cellular spore / peptidoglycan catabolic process / cell wall organization / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Fernandez-Tornero, C. / Lopez, R. / Garcia, E. / Gimenez-Gallego, G. / Romero, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Two New Crystal Forms of the Choline-Binding Domain of the Major Pneumococcal Autolysin: Insights Into the Dynamics of the Active Dimeric 著者: Fernandez-Tornero, C. / Garcia, E. / Lopez, R. / Gimenez-Gallego, G. / Romero, A. #1: ![]() タイトル: A Novel Solenoid Fold in the Cell Wall Anchoring Domain of the Pneumococcal Virulence Factorlyta 著者: Fernandez-Tornero, C. / Lopez, R. / Garcia, E. / Gimenez-Gallego, G. / Romero, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 172.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 139.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15876.638 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() プラスミド: PCE17 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-CHT / #3: 化合物 | ChemComp-DDQ / | #4: 化合物 | ChemComp-TRS / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | ALA D 194, DISORDERED SIDE-CHAIN IN PDB ENTRY. THE FIRST THREE RESIDUES OF EACH CHAIN (GLY185, ...ALA D 194, DISORDERED | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.4 詳細: 30% PEG 4000, 0.2 M NA-ACETATE, 0.1 M AMMONIUM-ACETATE, PH 6.4, 0.15 M CHOLINE-CL, 0.4 MM DDAO. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 295 K / pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年9月15日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→33 Å / Num. obs: 23628 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): 8 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 63.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 4.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.28 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 98.7 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 33 Å / Num. measured all: 74838 / Rmerge(I) obs: 0.09 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.8 Å / % possible obs: 98.7 % / Rmerge(I) obs: 0.28 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1HCX 解像度: 2.8→8 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 740335.24 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 47.0206 Å2 / ksol: 0.436606 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 39.9 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.021 / Total num. of bins used: 6
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.8 Å / % reflection Rfree: 8 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS 最低解像度: 2.95 Å |