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- PDB-1gvm: CHOLINE BINDING DOMAIN OF THE MAJOR AUTOLYSIN (C-LYTA) FROM STREP... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gvm
タイトルCHOLINE BINDING DOMAIN OF THE MAJOR AUTOLYSIN (C-LYTA) FROM STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE
要素AUTOLYSIN
キーワードCHOLINE-BINDING DOMAIN / CELL WALL ATTACHMENT
機能・相同性
機能・相同性情報


N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase / establishment of competence for transformation / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase activity / sporulation resulting in formation of a cellular spore / peptidoglycan catabolic process / cell wall organization / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Cholin Binding / left handed beta-beta-3-solenoid / Ami_2 / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase domain / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase/PGRP domain superfamily / Choline-binding repeat / Putative cell wall binding repeat / Cell wall/choline-binding repeat / Cell wall-binding repeat profile. ...Cholin Binding / left handed beta-beta-3-solenoid / Ami_2 / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase domain / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase/PGRP domain superfamily / Choline-binding repeat / Putative cell wall binding repeat / Cell wall/choline-binding repeat / Cell wall-binding repeat profile. / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CHOLINE ION / DECYLAMINE-N,N-DIMETHYL-N-OXIDE / Autolysin
類似検索 - 構成要素
生物種STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Fernandez-Tornero, C. / Lopez, R. / Garcia, E. / Gimenez-Gallego, G. / Romero, A.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: Two New Crystal Forms of the Choline-Binding Domain of the Major Pneumococcal Autolysin: Insights Into the Dynamics of the Active Dimeric
著者: Fernandez-Tornero, C. / Garcia, E. / Lopez, R. / Gimenez-Gallego, G. / Romero, A.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2001
タイトル: A Novel Solenoid Fold in the Cell Wall Anchoring Domain of the Pneumococcal Virulence Factorlyta
著者: Fernandez-Tornero, C. / Lopez, R. / Garcia, E. / Gimenez-Gallego, G. / Romero, A.
履歴
登録2002年2月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年8月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AUTOLYSIN
B: AUTOLYSIN
C: AUTOLYSIN
D: AUTOLYSIN
E: AUTOLYSIN
F: AUTOLYSIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,66728
ポリマ－95,2606
非ポリマー2,40722
水1,42379
1
A: AUTOLYSIN
B: AUTOLYSIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,58710
ポリマ－31,7532
非ポリマー8338
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
C: AUTOLYSIN
D: AUTOLYSIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,4829
ポリマ－31,7532
非ポリマー7297
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
E: AUTOLYSIN
F: AUTOLYSIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,5989
ポリマ－31,7532
非ポリマー8447
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)56.717, 85.390, 204.136
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.54, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.99957, -0.01022, -0.02753), (-0.01794, 0.95479, 0.29676), (0.02325, 0.29712, -0.95456)29.17724, -1.03858, 6.48181
2given(0.35487, 0.88639, -0.2973), (0.88348, -0.42196, -0.20349), (-0.30582, -0.19044, -0.93285)21.75259, -10.66553, 67.84927
3given(-0.41713, 0.77704, 0.47139), (-0.87492, -0.48371, 0.02314), (0.24599, -0.40277, 0.88162)29.90285, 14.57103, 52.50802
4given(-0.50289, 0.86387, 0.02885), (-0.84371, -0.49786, 0.20075), (0.18778, 0.07661, 0.97922)51.17114, 33.0355, 65.55295
5given(0.30394, 0.93954, 0.15776), (0.92603, -0.25245, -0.28059), (-0.2238, 0.23137, -0.94678)37.76469, 6.25918, 80.43757

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要素

#1: タンパク質
AUTOLYSIN / MAJOR AUTOLYSIN / N-ACETYLMURAMOYL-L-ALANINE AMIDASE / MUREIN HYDROLASE / MUCOPEPTIDE ...MAJOR AUTOLYSIN / N-ACETYLMURAMOYL-L-ALANINE AMIDASE / MUREIN HYDROLASE / MUCOPEPTIDE AMINOHYDROLASE / CELL WALL HYDROLASE


分子量: 15876.638 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE (肺炎レンサ球菌)
プラスミド: PCE17 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): RB791 / 参照: UniProt: P06653, N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase
#2: 化合物
ChemComp-CHT / CHOLINE ION / コリン


分子量: 104.171 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H14NO
#3: 化合物 ChemComp-DDQ / DECYLAMINE-N,N-DIMETHYL-N-OXIDE / デシルジメチルアミンオキシド


分子量: 201.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H27NO
#4: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細ALA D 194, DISORDERED SIDE-CHAIN IN PDB ENTRY. THE FIRST THREE RESIDUES OF EACH CHAIN (GLY185, ...ALA D 194, DISORDERED SIDE-CHAIN IN PDB ENTRY. THE FIRST THREE RESIDUES OF EACH CHAIN (GLY185, GLY186, ILE187) ARE ARTIFACTS FROM THE CLONING PROCEDURE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 %
結晶化pH: 6.4
詳細: 30% PEG 4000, 0.2 M NA-ACETATE, 0.1 M AMMONIUM-ACETATE, PH 6.4, 0.15 M CHOLINE-CL, 0.4 MM DDAO.
結晶化
*PLUS
温度: 295 K / pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
110 mg/mlprotein1drop
250 mMTris-HCl1droppH6.5
3100 mM1dropNaCl
4150 mMcholine chloride1drop
530 %(w/v)PEG40001reservoir
60.2 Mammonium acetate1reservoir
70.1 Msodium citrate1reservoirpH6.4
80.4 mMDDAO1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年9月15日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→33 Å / Num. obs: 23628 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): 8 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 63.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 4.5
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.28 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 98.7
反射
*PLUS
最低解像度: 33 Å / Num. measured all: 74838 / Rmerge(I) obs: 0.09
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / % possible obs: 98.7 % / Rmerge(I) obs: 0.28

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1HCX

1hcx


解像度: 2.8→8 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 740335.24 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.294 1790 8 %RANDOM
Rwork0.226 ---
obs0.226 22605 98.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 47.0206 Å2 / ksol: 0.436606 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 39.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.57 Å20 Å21.27 Å2
2--7.59 Å20 Å2
3----6.02 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.48 Å0.35 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.52 Å0.42 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6410 0 162 79 6651
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.75
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.411.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.32
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.692
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.572.5
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.021 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.367 301 8 %
Rwork0.322 3461 -
obs--99 %
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / % reflection Rfree: 8 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.28
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg24.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.75
LS精密化 シェル
*PLUS
最低解像度: 2.95 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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