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- PDB-1gul: HUMAN GLUTATHIONE TRANSFERASE A4-4 COMPLEX WITH IODOBENZYL GLUTATHIONE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gul
タイトルHUMAN GLUTATHIONE TRANSFERASE A4-4 COMPLEX WITH IODOBENZYL GLUTATHIONE
要素Glutathione S-transferase A4
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / OXIDATIVE STRESS / ALKENAL DEGRADATION / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Glutathione conjugation / glutathione transferase / glutathione transferase activity / glutathione metabolic process / xenobiotic metabolic process / protein homodimerization activity / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glutathione S-transferase, alpha class / : / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, C-terminal-like ...Glutathione S-transferase, alpha class / : / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GAMMA-GLUTAMYL[S-(2-IODOBENZYL)CYSTEINYL]GLYCINE / Glutathione S-transferase A4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Bruns, C.M. / Hubatsch, I. / Ridderstrom, M. / Mannervik, B. / Tainer, J.A.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: Human glutathione transferase A4-4 crystal structures and mutagenesis reveal the basis of high catalytic efficiency with toxic lipid peroxidation products
著者: Bruns, C.M. / Hubatsch, I. / Ridderstrom, M. / Mannervik, B. / Tainer, J.A.
#1: ジャーナル: Biochem.J. / 年: 1998
タイトル: Human Glutathione Transferase A4-4: An Alpha Class Enzyme with High Catalytic Efficiency in the Conjugation of 4-Hydroxynonenal and Other Genotoxic Products of Lipid Peroxidation
著者: Hubatsch, I. / Ridderstrom, M. / Mannervik, B.
履歴
登録1998年6月10日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32021年7月21日Group: Advisory / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: pdbx_validate_polymer_linkage / refine / struct_conn
Item: _refine.ls_percent_reflns_obs / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.02023年6月7日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_2 / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_mod_residue / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_asym / struct_conf / struct_conn / struct_mon_prot_cis / struct_ref / struct_ref_seq / struct_sheet_range / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _entity.type / _entity_name_com.name / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id / _struct_asym.entity_id / _struct_conf.beg_label_asym_id / _struct_conf.end_label_asym_id / _struct_mon_prot_cis.label_asym_id / _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 / _struct_sheet_range.beg_label_asym_id / _struct_sheet_range.end_label_asym_id / _struct_site_gen.label_asym_id
改定 2.12023年9月20日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutathione S-transferase A4
B: Glutathione S-transferase A4
C: Glutathione S-transferase A4
D: Glutathione S-transferase A4
E: Glutathione S-transferase A4
F: Glutathione S-transferase A4
G: Glutathione S-transferase A4
H: Glutathione S-transferase A4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)210,09116
ポリマ－205,9058
非ポリマー4,1878
水3,891216
1
A: Glutathione S-transferase A4
B: Glutathione S-transferase A4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,5234
ポリマ－51,4762
非ポリマー1,0472
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4930 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area18500 Å2
手法PISA
2
C: Glutathione S-transferase A4
D: Glutathione S-transferase A4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,5234
ポリマ－51,4762
非ポリマー1,0472
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4960 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area18490 Å2
手法PISA
3
E: Glutathione S-transferase A4
F: Glutathione S-transferase A4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,5234
ポリマ－51,4762
非ポリマー1,0472
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4980 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area18440 Å2
手法PISA
4
G: Glutathione S-transferase A4
H: Glutathione S-transferase A4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,5234
ポリマ－51,4762
非ポリマー1,0472
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4910 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area18530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)155.300, 156.100, 101.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質
Glutathione S-transferase A4 / E.C.2.5.1.18 / GST class-alpha member 4 / Glutathione S-transferase A4-4


分子量: 25738.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 組織: SUBSTANTIA NIGRA / 遺伝子: GSTA4 / 器官: BRAIN / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: O15217, glutathione transferase
#2: 化合物
ChemComp-IBG / GAMMA-GLUTAMYL[S-(2-IODOBENZYL)CYSTEINYL]GLYCINE


分子量: 523.343 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H22IN3O6S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 216 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 %
結晶化pH: 7
詳細: CRYSTALLIZATION CONDITIONS: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 20% PEG 4000, 100 MM PH 7.0, THEN SOAKED IN 1MM IODOBENZYL GLUTATHIONE
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 %(w/v)PEG60001reservoir
2100 mMHEPES1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.98
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年4月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→160 Å / Num. obs: 75834 / % possible obs: 86 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.7 % / Rsym value: 0.11 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 3.9 % / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Rsym value: 0.41 / % possible all: 99.8
反射
*PLUS
最低解像度: 9999 Å / Num. obs: 58800 / Rmerge(I) obs: 0.11

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
TNT5E精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1GSE

1gse


解像度: 2.7→160 Å / Isotropic thermal model: TNT BCORREL V1.0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: TNT PROTGEO
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26 3294 5 %RANDOM
Rwork0.248 ---
obs0.25 58800 86 %-
溶媒の処理溶媒モデル: BABINET SCALING / Bsol: 565.9 Å2 / ksol: 1.02 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→160 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14440 0 0 216 14656
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.01918470.8
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.7724781.5
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d15.510950.5
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct0
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.021501
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.0162564
X-RAY DIFFRACTIONt_it5.9718352
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0.036310
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / バージョン: 5E / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 2 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.25 / Rfactor Rfree: 0.26
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.8
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.52.77
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_planar_d10.021
X-RAY DIFFRACTIONt_plane_restr40.016
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_deg0.515.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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