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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1gul | |||||||||
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タイトル | HUMAN GLUTATHIONE TRANSFERASE A4-4 COMPLEX WITH IODOBENZYL GLUTATHIONE | |||||||||
![]() | Glutathione S-transferase A4 | |||||||||
![]() | TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / OXIDATIVE STRESS / ALKENAL DEGRADATION / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR COMPLEX | |||||||||
機能・相同性 | ![]() Glutathione conjugation / glutathione transferase / glutathione transferase activity / glutathione metabolic process / xenobiotic metabolic process / protein homodimerization activity / identical protein binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Bruns, C.M. / Hubatsch, I. / Ridderstrom, M. / Mannervik, B. / Tainer, J.A. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Human glutathione transferase A4-4 crystal structures and mutagenesis reveal the basis of high catalytic efficiency with toxic lipid peroxidation products 著者: Bruns, C.M. / Hubatsch, I. / Ridderstrom, M. / Mannervik, B. / Tainer, J.A. #1: ![]() タイトル: Human Glutathione Transferase A4-4: An Alpha Class Enzyme with High Catalytic Efficiency in the Conjugation of 4-Hydroxynonenal and Other Genotoxic Products of Lipid Peroxidation 著者: Hubatsch, I. / Ridderstrom, M. / Mannervik, B. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 359.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 295.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25738.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-IBG / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 % | |||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7 詳細: CRYSTALLIZATION CONDITIONS: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 20% PEG 4000, 100 MM PH 7.0, THEN SOAKED IN 1MM IODOBENZYL GLUTATHIONE | |||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 77 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年4月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→160 Å / Num. obs: 75834 / % possible obs: 86 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.7 % / Rsym value: 0.11 / Net I/σ(I): 12.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 3.9 % / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Rsym value: 0.41 / % possible all: 99.8 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 9999 Å / Num. obs: 58800 / Rmerge(I) obs: 0.11 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1GSE 解像度: 2.7→160 Å / Isotropic thermal model: TNT BCORREL V1.0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: TNT PROTGEO
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: BABINET SCALING / Bsol: 565.9 Å2 / ksol: 1.02 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→160 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: TNT / バージョン: 5E / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 2 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.25 / Rfactor Rfree: 0.26 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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