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万見
- PDB-1gu2: Crystal structure of oxidized cytochrome c'' from Methylophilus m... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gu2
タイトルCrystal structure of oxidized cytochrome c'' from Methylophilus methylotrophus
要素CYTOCHROME C''
キーワードOXIDOREDUCTASE(CYTOCHROME) / OXIDOREDUCTASE / ELECTRON TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


electron transfer activity / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Protein of unknown function DUF1924, Cytochrome c-type protein SHP-like / Domain of unknown function (DUF1924) / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / Cytochrome c''
類似検索 - 構成要素
生物種METHYLOPHILUS METHYLOTROPHUS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.19 Å
データ登録者Enguita, F.J. / Pohl, E. / Rodrigues, A. / Santos, H. / Carrondo, M.A.
引用ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 2006
タイトル: Structural Evidence for a Proton Transfer Pathway Coupled with Haem Reduction of Cytochrome C" from Methylophilus Methylotrophus.
著者: Enguita, F.J. / Pohl, E. / Turner, D.L. / Santos, H. / Carrondo, M.A.
履歴
登録2002年1月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月22日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: refine / struct_conn
Item: _refine.pdbx_ls_cross_valid_method / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.22019年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYTOCHROME C''
B: CYTOCHROME C''
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,6364
ポリマ－27,3992
非ポリマー1,2372
水6,431357
1
A: CYTOCHROME C''
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3182
ポリマ－13,6991
非ポリマー6191
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: CYTOCHROME C''
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3182
ポリマ－13,6991
非ポリマー6191
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)58.537, 74.115, 78.388
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 CYTOCHROME C''


分子量: 13699.490 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) METHYLOPHILUS METHYLOTROPHUS (バクテリア)
株: W3A1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9RQB9
#2: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 357 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 0.43 %
結晶化pH: 7 / 詳細: pH 7.00
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
12.5 Mammonium sulfate1reservoir
220 %glycerol1reservoir
32.5 mM1reservoirCdCl2
4100 mMTris aminomethane maleate1reservoirpH7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.8492
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年9月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8492 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.19→25 Å / Num. obs: 109062 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル解像度: 1.19→1.26 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 1.95 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL-97精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.19→50 Å / Num. parameters: 21379 / Num. restraintsaints: 25807 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.186 -5 %RANDOM
all0.1483 100920 --
obs--92.2 %-
Refine analyzeNum. disordered residues: 6 / Occupancy sum hydrogen: 1887 / Occupancy sum non hydrogen: 2354
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.19→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1911 0 86 357 2354
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.032
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0.012
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0275
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.076
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.08
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.071
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.004
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.056
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.103
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 25 Å / Num. reflection obs: 109062 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.167 / Rfactor Rwork: 0.1304
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_deg1.235
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.19 Å / 最低解像度: 1.26 Å / Rfactor Rfree: 0.243 / Rfactor Rwork: 0.2021

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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