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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1gtw | ||||||
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タイトル | crystal structure of C/EBPbeta bZip homodimer bound to a DNA fragment from the tom-1A promoter | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / TRANSCRIPTION FACTOR / C/EBP / HYPOTHETICAL PROTEIN / TRANSCRIPTION-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 granuloma formation / regulation of odontoblast differentiation / positive regulation of sodium-dependent phosphate transport / CHOP-C/EBP complex / C/EBP complex / positive regulation of biomineral tissue development / myeloid cell development / integrated stress response signaling / T-helper 1 cell activation / hepatocyte proliferation ...granuloma formation / regulation of odontoblast differentiation / positive regulation of sodium-dependent phosphate transport / CHOP-C/EBP complex / C/EBP complex / positive regulation of biomineral tissue development / myeloid cell development / integrated stress response signaling / T-helper 1 cell activation / hepatocyte proliferation / Response of EIF2AK1 (HRI) to heme deficiency / ATF4 activates genes in response to endoplasmic reticulum stress / regulation of osteoclast differentiation / mammary gland epithelial cell differentiation / condensed chromosome, centromeric region / regulation of dendritic cell differentiation / regulation of interleukin-6 production / mammary gland epithelial cell proliferation / histone acetyltransferase binding / positive regulation of interleukin-4 production / regulation of cell differentiation / ubiquitin-like protein ligase binding / Response of EIF2AK4 (GCN2) to amino acid deficiency / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / Transcriptional Regulation by VENTX / embryonic placenta development / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / positive regulation of fat cell differentiation / positive regulation of osteoblast differentiation / brown fat cell differentiation / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / ovarian follicle development / negative regulation of T cell proliferation / response to endoplasmic reticulum stress / acute-phase response / liver regeneration / cellular response to amino acid stimulus / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / neuron differentiation / kinase binding / chromatin DNA binding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / histone deacetylase binding / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / nuclear matrix / positive regulation of inflammatory response / Transcriptional regulation of granulopoiesis / RNA polymerase II transcription regulator complex / sequence-specific double-stranded DNA binding / positive regulation of cold-induced thermogenesis / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / negative regulation of neuron apoptotic process / response to lipopolysaccharide / transcription by RNA polymerase II / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / defense response to bacterium / inflammatory response / immune response / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å | ||||||
データ登録者 | Tahirov, T.H. / Ogata, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Structural Basis for Flexible Base Recognition by C/Ebpbeta 著者: Tahirov, T.H. / Inoue-Bungo, T. / Sato, K. / Sasaki, M. / Ogata, K. #1: ジャーナル: Cell (Cambridge,Mass.) / 年: 2002 タイトル: Mechanism of C-Myb-C/Ebpbeta Cooperation from Separated Sites on a Promoter 著者: Tahirov, T.H. / Sato, K. / Ichikawa-Iwata, E. / Sasaki, M. / Inoue-Bungo, T. / Shiina, M. / Kimura, K. / Takata, S. / Fujikawa, A. / Morii, H. / Kumasaka, T. / Yamamoto, M. / Ishii, S. / Ogata, K. #2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001 タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Analysis of the C/Ebpbeta C-Terminal Region in Complex with DNA 著者: Tahirov, T.H. / Inoue-Bungo, T. / Sasaki, M. / Fujikawa, A. / Kimura, K. / Sato, K. / Adachi, S. / Kamiyaogata, K. #3: ジャーナル: Cell (Cambridge,Mass.) / 年: 2001 タイトル: Structural Analyses of DNA Recognition by the Aml1/ Runx-1 Runt Domain and its Allosteric Control by Cbfbeta 著者: Tahirov, T.H. / Inoue-Bungo, T. / Morii, H. / Fujikawa, A. / Sasaki, M. / Kimura, K. / Shiina, M. / Sato, K. / Kumasaka, T. / Yamamoto, M. / Ishii, S. / Ogata, K. #4: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001 タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Analyses of Quaternary, Ternary and Binary Protein-DNA Complexes with Involvement of Aml1/Runx-1/Cbfalpha Runt Domain, Cbfbeta and the C/Ebpbeta bZIP Region 著者: Tahirov, T.H. / Inoue, T. / Sasaki, M. / Shiina, M. / Kimura, K. / Sato, K. / Kumasaka, T. / Yamamoto, M. / Kamiya, N. / Ogata, K. #5: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001 タイトル: Crystals of Ternary Protein-DNA Complexes Composed of DNA-Binding Domains C-Myb or V-Myb, C/Ebpalpha or C/Ebpbeta and Tom-1A Promoter Fragment 著者: Tahirov, T.H. / Inoue, T. / Sasaki, M. / Shiina, M. / Kimura, K. / Sato, K. / Kumasaka, T. / Yamamoto, M. / Kamiya, N. / Ogata, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1gtw.cif.gz | 67.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1gtw.ent.gz | 47.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1gtw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1gtw_validation.pdf.gz | 431.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1gtw_full_validation.pdf.gz | 433.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1gtw_validation.xml.gz | 12 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1gtw_validation.cif.gz | 17.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gt/1gtw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gt/1gtw | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | DIMER OF TETRAMER CONTAINING TWO PROTEIN CHAINS AND TWO DNA CHAINS |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9381.868 Da / 分子数: 2 / 断片: BZIP DOMAIN, RESIDUES 259-336 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PAR2156 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P17676 #2: DNA鎖 | | 分子量: 4898.190 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: TOM-1A PROMOTER #3: DNA鎖 | | 分子量: 4898.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: TOM-1A PROMOTER #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 66 % |
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結晶化 | pH: 6.5 詳細: 0.2 M POTASSIUM CHLORIDE, 0.1 M MAGNESIUM ACETATE, 10.0% W/V PEG 8000, 0.05 M SODIUM CACODYLATE CACODYLATE BUFFER PH 6.5, PROTEIN-DNA COMPLEX SOLUTION CONTAINS 0.01 M DTT AND 0.005 M NAN3, ...詳細: 0.2 M POTASSIUM CHLORIDE, 0.1 M MAGNESIUM ACETATE, 10.0% W/V PEG 8000, 0.05 M SODIUM CACODYLATE CACODYLATE BUFFER PH 6.5, PROTEIN-DNA COMPLEX SOLUTION CONTAINS 0.01 M DTT AND 0.005 M NAN3, PROTEIN:DNA RATIO IS 1:1.2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44B2 / 波長: 0.6 |
検出器 | タイプ: RIGAKU IMAGE PLATE RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年12月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.6 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→20 Å / Num. obs: 44759 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.008 % / Biso Wilson estimate: 34.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 21.0506 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 2.43 % / Rmerge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 1.343 / % possible all: 82.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1H8A 解像度: 1.85→19.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 327560.56 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 25 Å2 / ksol: 0.348766 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 42.9 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→19.87 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.85→1.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.026 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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