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- PDB-1gt7: L-rhamnulose-1-phosphate aldolase from Escherichia coli -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gt7
タイトルL-rhamnulose-1-phosphate aldolase from Escherichia coli
要素RHAMNULOSE-1-PHOSPHATE ALDOLASE
キーワードLYASE / ALDOLASE (LYASE) / CLASS II / ZINC ENZYME / BACTERIAL L- RHAMNOSE METABOLISM / CLEAVAGE OF L-RHAMNULOSE-1-PHOSPHATE TO DIHYDROXYACETONEPHOSPHATE AND L-LACTALDEHYDE
機能・相同性
機能・相同性情報


rhamnulose-1-phosphate aldolase / rhamnulose-1-phosphate aldolase activity / rhamnose catabolic process / pentose catabolic process / aldehyde-lyase activity / metal ion binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Rhamnulose-1-phosphate aldolase / : / L-fuculose-1-phosphate Aldolase / Class II aldolase/adducin N-terminal domain / Class II aldolase/adducin N-terminal / Class II Aldolase and Adducin N-terminal domain / Class II Aldolase and Adducin N-terminal domain / Class II aldolase/adducin N-terminal domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOGLYCOLOHYDROXAMIC ACID / Rhamnulose-1-phosphate aldolase
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Kroemer, M. / Schulz, G.E.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2002
タイトル: The Structure of L-Rhamnulose-1-Phosphate Aldolase (Class II) Solved by Low-Resolution Sir Phasing and 20-Fold Ncs Averaging
著者: Kroemer, M. / Schulz, G.E.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: Structures of L-Fuculose-1-Phosphate Aldolase Mutants Outlining Motions During Catalysis
著者: Joerger, A.C. / Mueller-Dieckmann, C. / Schulz, G.E.
#2: ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 1993
タイトル: Sequencing and Characterization of a Gene Cluster Encoding the Enzymes for L-Rhamnose Metabolism in Escherichia Coli
著者: Moralejo, P. / Egan, S.M. / Hidalgo, E. / Aguilar, J.
履歴
登録2002年1月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月20日Group: Derived calculations / Non-polymer description ...Derived calculations / Non-polymer description / Other / Version format compliance
改定 1.22019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RHAMNULOSE-1-PHOSPHATE ALDOLASE
B: RHAMNULOSE-1-PHOSPHATE ALDOLASE
C: RHAMNULOSE-1-PHOSPHATE ALDOLASE
D: RHAMNULOSE-1-PHOSPHATE ALDOLASE
E: RHAMNULOSE-1-PHOSPHATE ALDOLASE
F: RHAMNULOSE-1-PHOSPHATE ALDOLASE
G: RHAMNULOSE-1-PHOSPHATE ALDOLASE
H: RHAMNULOSE-1-PHOSPHATE ALDOLASE
I: RHAMNULOSE-1-PHOSPHATE ALDOLASE
J: RHAMNULOSE-1-PHOSPHATE ALDOLASE
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L: RHAMNULOSE-1-PHOSPHATE ALDOLASE
M: RHAMNULOSE-1-PHOSPHATE ALDOLASE
N: RHAMNULOSE-1-PHOSPHATE ALDOLASE
O: RHAMNULOSE-1-PHOSPHATE ALDOLASE
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Q: RHAMNULOSE-1-PHOSPHATE ALDOLASE
R: RHAMNULOSE-1-PHOSPHATE ALDOLASE
S: RHAMNULOSE-1-PHOSPHATE ALDOLASE
T: RHAMNULOSE-1-PHOSPHATE ALDOLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)608,21760
ポリマ－603,48820
非ポリマー4,72940
水62,6923480
1
A: RHAMNULOSE-1-PHOSPHATE ALDOLASE
B: RHAMNULOSE-1-PHOSPHATE ALDOLASE
C: RHAMNULOSE-1-PHOSPHATE ALDOLASE
D: RHAMNULOSE-1-PHOSPHATE ALDOLASE
ヘテロ分子

A: RHAMNULOSE-1-PHOSPHATE ALDOLASE
B: RHAMNULOSE-1-PHOSPHATE ALDOLASE
C: RHAMNULOSE-1-PHOSPHATE ALDOLASE
D: RHAMNULOSE-1-PHOSPHATE ALDOLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)243,28724
ポリマ－241,3958
非ポリマー1,89216
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z+2/31
手法PQS
2
E: RHAMNULOSE-1-PHOSPHATE ALDOLASE
F: RHAMNULOSE-1-PHOSPHATE ALDOLASE
G: RHAMNULOSE-1-PHOSPHATE ALDOLASE
H: RHAMNULOSE-1-PHOSPHATE ALDOLASE
ヘテロ分子

Q: RHAMNULOSE-1-PHOSPHATE ALDOLASE
R: RHAMNULOSE-1-PHOSPHATE ALDOLASE
S: RHAMNULOSE-1-PHOSPHATE ALDOLASE
T: RHAMNULOSE-1-PHOSPHATE ALDOLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)243,28724
ポリマ－241,3958
非ポリマー1,89216
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
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手法PQS
3
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ヘテロ分子

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ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
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水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
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O: RHAMNULOSE-1-PHOSPHATE ALDOLASE
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ヘテロ分子

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J: RHAMNULOSE-1-PHOSPHATE ALDOLASE
K: RHAMNULOSE-1-PHOSPHATE ALDOLASE
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ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
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タイプ名称対称操作数
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ヘテロ分子

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F: RHAMNULOSE-1-PHOSPHATE ALDOLASE
G: RHAMNULOSE-1-PHOSPHATE ALDOLASE
H: RHAMNULOSE-1-PHOSPHATE ALDOLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)243,28724
ポリマ－241,3958
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水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z+2/31
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)225.760, 225.760, 285.645
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.00728, 0.99923, 0.03847), (-0.98919, 0.00156, 0.1466), (0.14643, -0.03912, 0.98845)-73.2682, 4.95113, 6.55085
3given(-0.98225, 0.00894, 0.18735), (0.0112, -0.99429, 0.10614), (0.18723, 0.10635, 0.97654)-68.8147, 78.41696, 2.31355
4given(0.0104, -0.98842, 0.15139), (0.99908, 0.00399, -0.0426), (0.0415, 0.15169, 0.98756)4.17451, 73.59242, -4.48996
5given(-0.79023, -0.00815, 0.61276), (-0.00959, -0.99962, -0.02567), (0.61274, -0.02616, 0.78985)-84.36285, 163.48059, 31.17487
6given(0.0892, -0.813, 0.5754), (0.98563, -0.01116, -0.16857), (0.14347, 0.58216, 0.80031)-22.74884, 158.88541, -8.77978
7given(0.8903, 0.06604, 0.45056), (-0.00557, 0.99093, -0.13423), (-0.45534, 0.117, 0.8826)-29.31088, 85.82259, -11.27663
8given(0.01073, 0.87616, 0.4819), (-0.99991, 0.00581, 0.01171), (0.00746, -0.48198, 0.87615)-90.84985, 90.04077, 27.72077
9given(0.02672, -0.99957, 0.01209), (0.87699, 0.01763, -0.48018), (0.47976, 0.02343, 0.87709)90.64722, 91.28036, 17.28046
10given(0.9912, 0.02425, -0.13012), (-0.07949, 0.89514, -0.43864), (0.10584, 0.44513, 0.88919)83.6416, 24.09704, -12.13899
11given(-0.03464, 0.99522, -0.09129), (-0.94978, -0.06121, -0.30686), (-0.31098, 0.07607, 0.94737)10.59214, 31.6264, -12.03255
12given(-0.99805, -0.02752, 0.05603), (0.00695, -0.94102, -0.33827), (0.06203, -0.33722, 0.93938)17.23679, 98.21745, 16.69319
13given(0.89573, -0.01697, -0.44426), (0.07096, 0.99192, 0.10519), (0.43889, -0.12575, 0.8897)21.52765, -80.72582, 32.93923
14given(-0.03543, 0.91259, -0.40733), (-0.96548, 0.07399, 0.24975), (0.25806, 0.40212, 0.87847)-46.84107, -80.43912, 5.97286
15given(-0.96291, -0.0195, -0.26912), (-0.04254, -0.97395, 0.22276), (-0.26646, 0.22594, 0.93699)-42.46217, -7.80133, -5.21833
16given(-0.02643, -0.95233, -0.30393), (0.99582, -0.05167, 0.0753), (-0.08741, -0.30067, 0.94972)26.14126, -8.07467, 21.53089
17given(0.08642, 0.98728, 0.13346), (-0.80821, -0.00885, 0.58882), (0.58251, -0.15875, 0.79717)-152.5056, -12.27797, 46.81649
18given(-0.95648, 0.08246, 0.27992), (0.08855, -0.83199, 0.54767), (0.27805, 0.54863, 0.78848)-153.08629, 50.91986, 8.55401
19given(-0.04838, -0.96556, 0.25563), (0.90263, 0.06732, 0.42512), (-0.42769, 0.2513, 0.86829)-81.05338, 43.67205, -4.00046
20given(0.99238, -0.06161, 0.10672), (0.00583, 0.88855, 0.45874), (-0.12309, -0.45462, 0.88214)-80.37141, -18.95387, 33.82193
詳細THE PROTEIN IS ACTIVE AS TETRAMER

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要素

#1: タンパク質
RHAMNULOSE-1-PHOSPHATE ALDOLASE


分子量: 30174.404 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / プラスミド: PKK223-3 (GEN RHAD) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM105 / 参照: UniProt: P32169, rhamnulose-1-phosphate aldolase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-PGH / PHOSPHOGLYCOLOHYDROXAMIC ACID


分子量: 171.046 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6NO6P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3480 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 65 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: HANGING DROP CONTAINED 5 MG/ML PROTEIN, 5 MM PGH, 0.9 M SODIUM FORMATE, 5 MM MERCAPTOETHANOL, 0.5 MM ZNCL2 AND 0.1 M SODIUM ACETATE (PH 4.6). RESERVOIR CONTAINED 1.8 M SODIUM FORMATE, 5 MM ...詳細: HANGING DROP CONTAINED 5 MG/ML PROTEIN, 5 MM PGH, 0.9 M SODIUM FORMATE, 5 MM MERCAPTOETHANOL, 0.5 MM ZNCL2 AND 0.1 M SODIUM ACETATE (PH 4.6). RESERVOIR CONTAINED 1.8 M SODIUM FORMATE, 5 MM MERCAPTOETHANOL AND 0.1 M SODIUM ACETATE (PH 4.6)
結晶化
*PLUS
温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
15 mg/mlprotein1drop
25 mMphosphoglycolohydroxamate1drop
30.9 Msodium formate1drop
45 mMbeta-mercaptoethanol1drop
50.5 mM1dropZnCl2
60.1 Msodium acetate1droppH4.6
71.8 Msodium formate1reservoir
85 mMbeta-mercaptoethanol1reservoir
90.1 Msodium acetate1reservoirpH4.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.907
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.907 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→45 Å / Num. obs: 207606 / % possible obs: 90.7 % / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.367 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 89.8
反射
*PLUS
最低解像度: 45 Å / % possible obs: 91 % / Num. measured all: 611276
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 2.8 Å / % possible obs: 90 % / Rmerge(I) obs: 0.37

-
解析

ソフトウェア
名称分類
直接法モデル構築
SCALAデータスケーリング
SCALEIT位相決定
MLPHARE位相決定
GETAX位相決定
直接法位相決定
REFMAC精密化
精密化構造決定の手法: 単一同系置換 / 解像度: 2.7→44 Å / SU B: 11.6 / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.31
詳細: THE TWENTYFOLD NON-CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY WAS ALWAYS TIGHTLY RESTRAINED ARRANGING THE TWENTY PROTEIN CHAINS IN ONE NCS GROUP, AND THE TWENTY ZN IONS, PGH MOLECULES AND WATER MOLECULE ...詳細: THE TWENTYFOLD NON-CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY WAS ALWAYS TIGHTLY RESTRAINED ARRANGING THE TWENTY PROTEIN CHAINS IN ONE NCS GROUP, AND THE TWENTY ZN IONS, PGH MOLECULES AND WATER MOLECULE CHAINS AS A SECOND NCS GROUP. THE GEOMETRY AND VDW DISTANCES OF SOME SURFACE RESIDUES WERE THEREFORE DISTURBED DUE TO CLASHES IN CRYSTAL CONTACTS THAT DO NOT FOLLOW THE OVERALL NON-CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.235 1036 0.5 %RANDOM
Rwork0.233 ---
obs-207386 90.3 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数42480 0 220 3480 46180
精密化
*PLUS
最低解像度: 44 Å / Rfactor obs: 0.233
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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