+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1gt4 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Complex of Bovine Odorant Binding Protein with undecanal | ||||||
要素 | ODORANT-BINDING PROTEIN | ||||||
キーワード | ODORANT-BINDING PROTEIN / LIPOCALIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 odorant binding / response to stimulus / small molecule binding / sensory perception of smell / extracellular space 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | BOS TAURUS (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Vincent, F. / Ramoni, R. / Spinelli, S. / Grolli, S. / Conti, V. / Cambillau, C. / Tegoni, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 2004 タイトル: Crystal Structures of Bovine Odorant-Binding Protein in Complex with Odorant Molecules. 著者: Vincent, F. / Ramoni, R. / Spinelli, S. / Grolli, S. / Tegoni, M. / Cambillau, C. | ||||||
履歴 |
| ||||||
Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 10-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 11-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1gt4.cif.gz | 78.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1gt4.ent.gz | 59.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1gt4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1gt4_validation.pdf.gz | 419.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 1gt4_full_validation.pdf.gz | 432.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1gt4_validation.xml.gz | 11.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1gt4_validation.cif.gz | 15.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gt/1gt4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gt/1gt4 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18528.381 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: UNDECANAL AS LIGAND / 由来: (天然) BOS TAURUS (ウシ) / 器官: NOSE / 組織: RESPIRATORY EPITHELIUM / 参照: UniProt: P07435 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.7 % | ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | pH: 4.2 / 詳細: pH 4.20 | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 5.4 / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年9月15日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: OSMIC MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.03→13 Å / Num. obs: 17946 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.062 |
反射 シェル | 解像度: 2.03→2.06 Å / Rmerge(I) obs: 0.32 / % possible all: 97.2 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.06 Å / 最低解像度: 13 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.076 |
反射 シェル | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.33 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1OBP 解像度: 2.1→10 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→10 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.15 Å / Total num. of bins used: 20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 9.5 Å / Num. reflection obs: 16687 / Rfactor Rfree: 0.256 / Rfactor Rwork: 0.221 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|