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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1gs0 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the catalytic fragment of murine poly(ADP-ribose) polymerase-2 | ||||||
要素 | POLY (ADP-RIBOSE) POLYMERASE-2 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / CATALYTIC FRAGMENT / POLYMERASE TRANSFERASE / NUCLEAR PROTEIN / DNA-BINDING | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / HDR through MMEJ (alt-NHEJ) / POLB-Dependent Long Patch Base Excision Repair / : / DNA Damage Recognition in GG-NER / Dual Incision in GG-NER / Formation of Incision Complex in GG-NER / positive regulation of cell growth involved in cardiac muscle cell development / NAD DNA ADP-ribosyltransferase activity / DNA ADP-ribosylation ...: / HDR through MMEJ (alt-NHEJ) / POLB-Dependent Long Patch Base Excision Repair / : / DNA Damage Recognition in GG-NER / Dual Incision in GG-NER / Formation of Incision Complex in GG-NER / positive regulation of cell growth involved in cardiac muscle cell development / NAD DNA ADP-ribosyltransferase activity / DNA ADP-ribosylation / NAD+ ADP-ribosyltransferase / protein poly-ADP-ribosylation / NAD+-protein ADP-ribosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / NAD+-protein poly-ADP-ribosyltransferase activity / extrinsic apoptotic signaling pathway / base-excision repair / double-strand break repair / DNA repair / nucleolus / DNA binding / nucleoplasm / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Oliver, A.W. / Roe, S.M. / Pearl, L.H. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2004 タイトル: Crystal Structure of the Catalytic Fragment of Murine Poly(Adp-Ribose) Polymerase-2 著者: Oliver, A.W. / Ame, J.C. / Roe, S.M. / Good, V. / De Murcia, G. / Pearl, L.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1gs0.cif.gz | 145.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1gs0.ent.gz | 114.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1gs0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1gs0_validation.pdf.gz | 435.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1gs0_full_validation.pdf.gz | 456.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1gs0_validation.xml.gz | 28.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1gs0_validation.cif.gz | 38.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gs/1gs0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gs/1gs0 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1efyS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39697.707 Da / 分子数: 2 / 断片: CATALYTIC FRAGMENT, RESIDUES 207-557 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) 発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: O88554, NAD+ ADP-ribosyltransferase #2: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | INVOLVED IN THE RESPONSE TO DNA DAMAGE. | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 8 / 詳細: 100 MM TRIS-HCL PH 8.0, 9% PEG 8000 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9792 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2001年9月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→30 Å / Num. obs: 206775 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 85 Å2 / Rsym value: 0.085 / Net I/σ(I): 4.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 4.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Rsym value: 0.255 / % possible all: 100 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 30 Å / Num. obs: 25407 / Rmerge(I) obs: 0.073 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.9 % / Rmerge(I) obs: 0.255 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1EFY 解像度: 2.8→29.95 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 727909.41 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 詳細: THE LOOP CONTAINING RESIDUES 325 - 330 WAS NOT MODELLED DUE TO POOR ELECTRON DENSITY
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 37.9173 Å2 / ksol: 0.3115 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 65.4 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→29.95 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.031 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.8 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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