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万見
- PDB-1gpr: REFINED CRYSTAL STRUCTURE OF IIA DOMAIN OF THE GLUCOSE PERMEASE O... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gpr
タイトルREFINED CRYSTAL STRUCTURE OF IIA DOMAIN OF THE GLUCOSE PERMEASE OF BACILLUS SUBTILIS AT 1.9 ANGSTROMS RESOLUTION
要素GLUCOSE PERMEASE
キーワードPHOSPHOTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-Npi-phosphohistidine-D-glucose phosphotransferase / protein-Npi-phosphohistidine-sugar phosphotransferase / protein-phosphocysteine-sugar phosphotransferase activity / protein-N(PI)-phosphohistidine-sugar phosphotransferase activity / D-glucose transmembrane transporter activity / D-glucose transmembrane transport / phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system / kinase activity / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phosphotransferase system, maltose/glucose-specific subfamily IIC component / PTS system glucose-specific IIBC component / : / Phosphotransferase system, IIB component, type 1 / Phosphotransferase system, EIIC component, type 1 / Phosphotransferase system EIIB, cysteine phosphorylation site / Glucose permease domain IIB / phosphotransferase system, EIIB / PTS EIIB domains cysteine phosphorylation site signature. / PTS_EIIB type-1 domain profile. ...Phosphotransferase system, maltose/glucose-specific subfamily IIC component / PTS system glucose-specific IIBC component / : / Phosphotransferase system, IIB component, type 1 / Phosphotransferase system, EIIC component, type 1 / Phosphotransferase system EIIB, cysteine phosphorylation site / Glucose permease domain IIB / phosphotransferase system, EIIB / PTS EIIB domains cysteine phosphorylation site signature. / PTS_EIIB type-1 domain profile. / PTS_EIIC type-1 domain profile. / : / PTS EIIA domains phosphorylation site signature 1. / Phosphotransferase system, sugar-specific permease EIIA type 1 / phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system, EIIA 1 / PTS_EIIA type-1 domain profile. / Phosphotransferase system, EIIC / Phosphotransferase system, EIIC / Glucose Permease (Domain IIA) / Glucose Permease (Domain IIA) / Duplicated hybrid motif / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PTS system glucose-specific EIICBA component / Protein-N(Pi)-phosphohistidine-sugar phosphotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Liao, D.-I. / Herzberg, O.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1992
タイトル: An atomic model for protein-protein phosphoryl group transfer.
著者: Herzberg, O.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1991
タイトル: Structure of the Iia Domain of the Glucose Permease of Bacillus Subtilis at 2.2 Angstroms Resolution
著者: Liao, D.-I. / Kapadia, G. / Reddy, P. / Saier Junior, M.H. / Reizer, J. / Herzberg, O.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991
タイトル: Crystallization of the Iia Domain of the Glucose Permease of Bacillus Subtilis
著者: Kapadia, G. / Chen, C.C.H. / Reddy, P. / Saier Junior, M.H. / Reizer, J. / Herzberg, O.
#3: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1991
タイトル: Three-Dimensional Structure of the Escherichia Coli Phosphocarrier Protein IIIGlc
著者: Worthylake, D. / Meadow, N.D. / Roseman, S. / Liao, D.-I. / Herzberg, O. / Remington, S.J.
履歴
登録1991年9月25日処理サイト: BNL
改定 1.01993年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GLUCOSE PERMEASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,3971
ポリマ－17,3971
非ポリマー00
水1,802100
1
A: GLUCOSE PERMEASE

A: GLUCOSE PERMEASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7942
ポリマ－34,7942
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556x,-y,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)74.220, 54.940, 66.960
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1008-

HOH

21A-1033-

HOH

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要素

#1: タンパク質 GLUCOSE PERMEASE


分子量: 17396.787 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌)
参照: UniProt: P20166, UniProt: Q59250*PLUS, protein-Npi-phosphohistidine-sugar phosphotransferase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THE BACILLUS SUBTILIS GLUCOSE PERMEASE (ENZYME II) CONSISTS OF THREE DOMAINS IIA, IIB, AND IIC, ...THE BACILLUS SUBTILIS GLUCOSE PERMEASE (ENZYME II) CONSISTS OF THREE DOMAINS IIA, IIB, AND IIC, RESIDING ON A SINGLE POLYPEPTIDE CHAIN, WITH THE ORDER IICBA. THE RECOMBINANT IIA DOMAIN (162 AMINO ACID RESIDUES) IS A SOLUBLE PROTEIN. SEQUENTIAL NUMBERING OF THIS RECOMBINANT PROTEIN IS USED HERE. SECONDARY STRUCTURE ASSIGNMENT IS ACCORDING TO KABSCH AND SANDER (BIOPOLYMERS 22, 2577-2637, 1983) EXCEPT RESIDUES GLU 12 - SER 17 CLEARLY ADOPT A BETA STRAND CONFORMATION, BUT ARE NOT INVOLVED IN HYDROGEN BONDING WITH OTHER STRANDS, AND THUS ARE NOT IDENTIFIED BY THE DSSP PROGRAM. BRIDGES OF SINGLE RESIDUES ARE NOT INCLUDED IN THE ASSIGNMENT.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.26 %
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: Stock, J.B.,(1990) Nature, 344, 395.

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

ソフトウェア名称: TNT / 分類: 精密化
精密化Rfactor obs: 0.156 / 最高解像度: 1.9 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 1.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1191 0 0 100 1291
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.021
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg3.4
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_it
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.156 / Rfactor Rwork: 0.155
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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