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万見
- PDB-1gox: REFINED STRUCTURE OF SPINACH GLYCOLATE OXIDASE AT 2 ANGSTROMS RES... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gox
タイトルREFINED STRUCTURE OF SPINACH GLYCOLATE OXIDASE AT 2 ANGSTROMS RESOLUTION
要素(S)-2-HYDROXY-ACID OXIDASE, PEROXISOMAL
キーワードOXIDOREDUCTASE (OXYGEN(A))
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidative photosynthetic carbon pathway / (S)-2-hydroxy-acid oxidase / (S)-2-hydroxy-acid oxidase activity / response to other organism / peroxisome / FMN binding
類似検索 - 分子機能
Alpha-hydroxy acid dehydrogenase, FMN-dependent / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase, active site / FMN hydroxy acid dehydrogenase domain / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenases active site. / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase domain profile. / FMN-dependent dehydrogenase / FMN-dependent dehydrogenase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel ...Alpha-hydroxy acid dehydrogenase, FMN-dependent / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase, active site / FMN hydroxy acid dehydrogenase domain / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenases active site. / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase domain profile. / FMN-dependent dehydrogenase / FMN-dependent dehydrogenase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Glycolate oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
手法X線回折 / 解像度: 2 Å
データ登録者Lindqvist, Y.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1989
タイトル: Refined structure of spinach glycolate oxidase at 2 A resolution.
著者: Lindqvist, Y.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1989
タイトル: The Active Site of Spinach Glycolate Oxidase
著者: Lindqvist, Y. / Branden, C.-I.
#2: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1988
タイトル: Primary Structure of Glycolate Oxidase from Spinach
著者: Cederlund, E. / Lindqvist, Y. / Soderlund, G. / Branden, C.-I. / Jornvall, H.
#3: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1985
タイトル: Structure of Glycolate Oxidase from Spinach
著者: Lindqvist, Y. / Branden, C.-I.
#4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1980
タイトル: Structure of Glycolate Oxidase from Spinach at a Resolution of 5.5 Angstroms
著者: Lindqvist, Y. / Branden, C.-I.
#5: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1979
タイトル: Preliminary Crystallographic Data for Glycolate Oxidase from Spinach
著者: Lindqvist, Y. / Branden, C.-I.
履歴
登録1989年6月14日処理サイト: BNL
改定 1.01989年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700SHEET THE SHEET PRESENTED AS *BAR* ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN EIGHT-STRANDED BETA-BARREL. ...SHEET THE SHEET PRESENTED AS *BAR* ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN EIGHT-STRANDED BETA-BARREL. THIS IS REPRESENTED BY A NINE-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: (S)-2-HYDROXY-ACID OXIDASE, PEROXISOMAL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,8162
ポリマ－40,3601
非ポリマー4561
水5,368298
1
A: (S)-2-HYDROXY-ACID OXIDASE, PEROXISOMAL
ヘテロ分子

A: (S)-2-HYDROXY-ACID OXIDASE, PEROXISOMAL
ヘテロ分子

A: (S)-2-HYDROXY-ACID OXIDASE, PEROXISOMAL
ヘテロ分子

A: (S)-2-HYDROXY-ACID OXIDASE, PEROXISOMAL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)163,2648
ポリマ－161,4384
非ポリマー1,8254
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
Buried area16210 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area46750 Å2
手法PISA, PQS
2
A: (S)-2-HYDROXY-ACID OXIDASE, PEROXISOMAL
ヘテロ分子
x 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)326,52716
ポリマ－322,8768
非ポリマー3,6518
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
crystal symmetry operation5_655-x+1,y,-z1
crystal symmetry operation6_565x,-y+1,-z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z1
Buried area36260 Å2
ΔGint-182 kcal/mol
Surface area89660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)148.100, 148.100, 135.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-668-

HOH

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要素

#1: タンパク質 (S)-2-HYDROXY-ACID OXIDASE, PEROXISOMAL


分子量: 40359.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
参照: UniProt: P05414, EC: 1.1.3.1
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 298 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.19 %
結晶化
*PLUS
pH: 8.3 / 手法: microdialysis
詳細: referred to 'Lindqvist, Y.', (1979) J.Biol.Chem., 254, 7403-7404
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
120 mg/mlprotein11
20.05 MTris-HCl11
35 %(v/v)tertiary butanol12
40.25 mg/mlFMN12
50.05 MTris-HCl12

-
データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2 Å / % possible obs: 70 %

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解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / 分類: 精密化
精密化Rfactor obs: 0.189 / 最高解像度: 2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2699 0 31 298 3028
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0150.03
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0430.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0460.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.3121
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it1.4521.5
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it0.8131
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it1.5211.5
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0110.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1730.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1940.5
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.20.5
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd0.2230.5
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor23
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor19.515
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor27.420
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: PROLSQ / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 5.5 Å / Num. reflection all: 32888 / Rfactor all: 0.189
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 27.1 Å2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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