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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1gov | ||||||
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タイトル | RIBONUCLEASE BI(G SPECIFIC ENDONUCLEASE) COMPLEXED WITH SULFATE IONS | ||||||
![]() | RIBONUCLEASE | ||||||
![]() | HYDROLASE / ENDORIBONUCLEASE / NUCLEASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / RNA endonuclease activity / RNA binding / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Polyakov, K.M. / Lebedev, A.A. / Pavlovsky, A.G. / Sanishvili, R.G. / Dodson, G.G. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The Structure of Substrate-Free Microbial Ribonuclease Binase and of its Complexes with 3'Gmp and Sulfate Ions 著者: Polyakov, K.M. / Lebedev, A.A. / Okorokov, A.L. / Panov, K.I. / Schulga, A.A. / Pavlovsky, A.G. / Karpeisky, M.Y.A. / Dodson, G.G. #1: ジャーナル: Trends Biochem.Sci. / 年: 1990 タイトル: Comparison of Active Sites of Some Microbial Ribonucleases: Structural Basis for Guanylic Specificity 著者: Sevcik, J. / Sanishvili, R.G. / Pavlovsky, A.G. / Polyakov, K.M. #2: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1983 タイトル: Three-Dimensional Structure of Ribonuclese from Balillus Intermedius 7P at 3A Resolution 著者: Pavlovsky, A.G. / Vagin, A.A. / Vainshtein, B.K. / Chepurnova, N.K. / Karpeisky, M.Y. #3: ![]() タイトル: The Structural and Sequence Homology of Family of Microbial Ribonucleases 著者: Hill, C. / Dodson, G. / Heinemann, U. / Saenger, W. / Mitsui, Y. / Nakamura, K. / Borisov, S. / Tischenko, G. / Polyakov, K. / Pavlovsky, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 59.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 44.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 435.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 437.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 17.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12974.492 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 詳細: RIBONUCLEASE BI(G SPECIFIC ENDONUCLEASE) COMPLEXED WITH SULFATE IONS 由来: (天然) ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.75 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7 / 詳細: pH 7.00 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 287 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→10 Å / Num. obs: 18100 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 2 % |
反射 | *PLUS 最低解像度: 55.7 Å / Num. obs: 18301 / % possible obs: 99.8 % / Num. measured all: 18301 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 2.05 Å / % possible obs: 97.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→10 Å
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拘束条件 |
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