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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1goh | |||||||||
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タイトル | NOVEL THIOETHER BOND REVEALED BY A 1.7 ANGSTROMS CRYSTAL STRUCTURE OF GALACTOSE OXIDASE | |||||||||
![]() | GALACTOSE OXIDASE | |||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE(OXYGEN(A)) | |||||||||
機能・相同性 | ![]() galactose oxidase / galactose oxidase activity / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() | |||||||||
![]() | Ito, N. / Phillips, S.E.V. / Knowles, P.F. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Novel thioether bond revealed by a 1.7 A crystal structure of galactose oxidase. 著者: Ito, N. / Phillips, S.E. / Stevens, C. / Ogel, Z.B. / McPherson, M.J. / Keen, J.N. / Yadav, K.D. / Knowles, P.F. #1: ![]() タイトル: The Crystal Structure of a Free Radical Enzyme, Galactose Oxidase 著者: Ito, N. / Phillips, S.E.V. / Yadav, K.K.S. / Knowles, P.F. #2: ![]() タイトル: Galactose Oxidase of Dactylium Dendroides: Gene Cloning and Sequence Analysis 著者: McPherson, M.J. / Ogel, Z.B. / Stevens, C. / Yadav, K.D.S. / Keen, J.M. / Knowles, P.F. | |||||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET THE SHEET PRESENTED AS *S9* ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY A SEVEN-STRANDED BETA-BARREL. ...SHEET THE SHEET PRESENTED AS *S9* ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY A SEVEN-STRANDED BETA-BARREL. THIS IS REPRESENTED BY AN EIGHT-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. DOMAIN 3 (RESIDUES 553 - 639) HAS A VERY COMPLICATED HYDROGEN BONDING NETWORK WHICH IS DIFFICULT TO DESCRIBE. IN THE SHEET RECORDS BELOW, THIS IS SIMPLIFIED BY REGARDING SEVERAL PAIRS OF BETA-STRANDS AS ONE. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 136.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 107.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 416.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 431.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 28.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 40.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO 52 / 2: CIS PROLINE - PRO 163 / 3: CIS PROLINE - PRO 350 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 68578.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 参照: UniProt: Q01745, UniProt: P0CS93*PLUS, galactose oxidase |
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#2: 化合物 | ChemComp-NA / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
由来についての詳細 | THERE IS SOME UNCERTAINT |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.76 % | |||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 手法: unknown | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
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解析
ソフトウェア | 名称: PROLSQ / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 2.2→10 Å / σ(F): 0 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→10 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 10 Å / Num. reflection all: 27365 / σ(F): 0 / Rfactor all: 0.156 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |