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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1gnk | ||||||
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タイトル | GLNK, A SIGNAL PROTEIN FROM E. COLI | ||||||
![]() | PROTEIN (GLNK) | ||||||
![]() | SIGNALING PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() positive regulation of nitrogen utilization / regulation of nitrogen utilization / enzyme regulator activity / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Xu, Y. / Cheah, E. / Carr, P.D. / Vanheeswijk, W.C. / Westerhoff, H.V. / Vasudevan, S.G. / Ollis, D.L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: GlnK, a PII-homologue: structure reveals ATP binding site and indicates how the T-loops may be involved in molecular recognition. 著者: Xu, Y. / Cheah, E. / Carr, P.D. / van Heeswijk, W.C. / Westerhoff, H.V. / Vasudevan, S.G. / Ollis, D.L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 53.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 38.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 434.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 437.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 15.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.32092, -0.53527, -0.78134), ベクター: |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12276.192 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.5 / 詳細: 30% MPD, 0.2M CH3COONH4, 0.1M CACODYLATE, PH 6.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Macpherson, K.H.R., (1998) Acta Crystallog. sect., D54, 996. | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年11月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→25 Å / Num. obs: 14384 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.047 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / Rmerge(I) obs: 0.182 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 97474 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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原子変位パラメータ | Biso mean: 24 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→6 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / Total num. of bins used: 10
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Xplor file | Serial no: 3 / Param file: PARHCSDX.PRO / Topol file: TOPHCSDX.PRO | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 6 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 10 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 24 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.276 / % reflection Rfree: 6.3 % / Rfactor Rwork: 0.242 |