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- PDB-1gnh: HUMAN C-REACTIVE PROTEIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gnh
タイトルHUMAN C-REACTIVE PROTEIN
要素C-REACTIVE PROTEIN
キーワードACUTE-PHASE PROTEIN / PENTRAXIN / ACUTE-PHASE REACTANT
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of interleukin-8 production / opsonization / complement component C1q complex binding / low-density lipoprotein particle binding / choline binding / vasoconstriction / negative regulation of mononuclear cell proliferation / Classical antibody-mediated complement activation / low-density lipoprotein particle receptor binding / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation ...regulation of interleukin-8 production / opsonization / complement component C1q complex binding / low-density lipoprotein particle binding / choline binding / vasoconstriction / negative regulation of mononuclear cell proliferation / Classical antibody-mediated complement activation / low-density lipoprotein particle receptor binding / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / negative regulation of lipid storage / positive regulation of superoxide anion generation / acute-phase response / defense response to Gram-positive bacterium / inflammatory response / innate immune response / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / extracellular space / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / Pentaxin, conserved site / Pentraxin domain signature. / Pentaxin family / Pentraxin / C-reactive protein / pentaxin family / Pentraxin-related / Pentraxin (PTX) domain profile. / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls ...: / Pentaxin, conserved site / Pentraxin domain signature. / Pentaxin family / Pentraxin / C-reactive protein / pentaxin family / Pentraxin-related / Pentraxin (PTX) domain profile. / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
C-reactive protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3 Å
データ登録者Shrive, A.K. / Cheetham, G.M.T. / Holden, D. / Myles, D.A. / Turnell, W.G. / Volanakis, J.E. / Pepys, M.B. / Bloomer, A.C. / Greenhough, T.J.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1996
タイトル: Three dimensional structure of human C-reactive protein.
著者: Shrive, A.K. / Cheetham, G.M. / Holden, D. / Myles, D.A. / Turnell, W.G. / Volanakis, J.E. / Pepys, M.B. / Bloomer, A.C. / Greenhough, T.J.
履歴
登録1996年3月1日処理サイト: BNL
改定 1.01997年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C-REACTIVE PROTEIN
B: C-REACTIVE PROTEIN
C: C-REACTIVE PROTEIN
D: C-REACTIVE PROTEIN
E: C-REACTIVE PROTEIN
F: C-REACTIVE PROTEIN
G: C-REACTIVE PROTEIN
H: C-REACTIVE PROTEIN
I: C-REACTIVE PROTEIN
J: C-REACTIVE PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)231,32226
ポリマ－230,68010
非ポリマー64116
水00
1
A: C-REACTIVE PROTEIN
B: C-REACTIVE PROTEIN
C: C-REACTIVE PROTEIN
D: C-REACTIVE PROTEIN
E: C-REACTIVE PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,66113
ポリマ－115,3405
非ポリマー3218
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
F: C-REACTIVE PROTEIN
G: C-REACTIVE PROTEIN
H: C-REACTIVE PROTEIN
I: C-REACTIVE PROTEIN
J: C-REACTIVE PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,66113
ポリマ－115,3405
非ポリマー3218
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)101.060, 154.250, 242.930
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
C-REACTIVE PROTEIN / HUMAN CRP HCRP


分子量: 23068.039 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P02741
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
構成要素の詳細THE SIDE CHAIN OF ASN 61 IN PROTOMERS C AND I (THE PROTOMERS WHERE THE 140 - 150 LOOP FROM D, J, ...THE SIDE CHAIN OF ASN 61 IN PROTOMERS C AND I (THE PROTOMERS WHERE THE 140 - 150 LOOP FROM D, J, RESPECTIVELY, CHELATES TO THE CALCIUM IONS) APPEARS TO ADOPT A DIFFERENT ROTAMER (CHI2+180) THAN THAT IN THE OTHER 6 CALCIUM BOUND PROTOMERS. THE SIDE CHAIN OF GLU 147 ALSO ADOPTS DIFFERENT, BUT CONSISTENT, CONFORMATIONS IN THE VARIOUS CALCIUM BOUND PROTOMERS DEPENDING ON CRYSTAL CONTACTS.
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細THE SECOND CALCIUM ION (502) IN PROTOMERS A AND B HAS A VERY LOW OCCUPANCY AND DOES NOT REFINE WELL. ...THE SECOND CALCIUM ION (502) IN PROTOMERS A AND B HAS A VERY LOW OCCUPANCY AND DOES NOT REFINE WELL. THUS A 502 AND B 502 HAVE BEEN PLACED, FOLLOWING FULL STRUCTURAL REFINEMENT, ACCORDING TO THE ELECTRON DENSITY PRESENT IN 2FO-FC MAPS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 65 %
結晶化
*PLUS
温度: 40 ℃ / 手法: gel
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mMTris11
20.14 M11NaCl
32 mM11CaCl2
410 mMTris12
50.14 M12NaCl
610 mMTris13
70.14 M13NaCl
82 mM13CaCl2
928 mg/mlCRP13

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.901
検出器タイプ: FILM / 検出器: FILM / 日付: 1988年3月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.901 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→20 Å / Num. obs: 57243 / % possible obs: 74 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.138
反射
*PLUS
Num. measured all: 108430

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
CCP4データ収集
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
CCP4データ削減
X-PLOR3.1位相決定
精密化解像度: 3→12 Å / σ(F): 3
詳細: RESIDUES 142 - 145 IN CHAINS D AND J ARE NOT TIED DOWN. LOOP 140-150 IN PROTOMER J (NO CALCIUM) IS LOOSELY ASSOCIATED WITH MAIN BODY OF PROTEIN. IT FORMS SYMMETRY CONTACT TO PROTOMER I WITH ...詳細: RESIDUES 142 - 145 IN CHAINS D AND J ARE NOT TIED DOWN. LOOP 140-150 IN PROTOMER J (NO CALCIUM) IS LOOSELY ASSOCIATED WITH MAIN BODY OF PROTEIN. IT FORMS SYMMETRY CONTACT TO PROTOMER I WITH GLU 147 J CHELATING TO CALCIUM IONS IN PROTOMER I. LOOP 140-150 IN PROTOMER D (NO CALCIUM) IS LOOSELY ASSOCIATED WITH MAIN BODY OF PROTEIN. IT FORMS SYMMETRY CONTACT TO PROTOMER C WITH GLU 147 D CHELATING TO CALCIUM IONS IN PROTOMER C. THE UNCERTAINTY IN RESIDUES 142 - 145 IN CHAINS D AND J RESULTS IN 2.4 A CLOSE NON-BONDED CONTACTS D 142 - D 143 AND J 142 - J 143. RESIDUE LEU 43 IN CHAINS D AND J FALLS IN A GENEROUSLY ALLOWED POSITION ON THE RAMACHANDRAN PLOT. THIS MINOR UNCERTAINTY IN THIS REGION IN PROTOMERS D AND J RESULTS IN TWO 2.6 A NON-BONDED CONTACTS IN EACH PROTOMER (D 42 - D 43, D 44 - D 45 , J 42 - J 43, J 44 - J 45).
Rfactor反射数%反射
Rfree0.273 -5 %
Rwork0.239 --
obs0.239 39996 74 %
原子変位パラメータBiso mean: 25.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16320 0 16 0 16336
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.587
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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