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万見
- PDB-1gnd: GUANINE NUCLEOTIDE DISSOCIATION INHIBITOR, ALPHA-ISOFORM -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gnd
タイトルGUANINE NUCLEOTIDE DISSOCIATION INHIBITOR, ALPHA-ISOFORM
要素GUANINE NUCLEOTIDE DISSOCIATION INHIBITOR
キーワードGTPASE ACTIVATION
機能・相同性
機能・相同性情報


RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / Rab GDP-dissociation inhibitor activity / negative regulation of protein targeting to membrane / Rab protein signal transduction / negative regulation of axonogenesis / vesicle-mediated transport / GTPase activator activity / protein transport / Golgi apparatus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Rab GDI protein / Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor; domain 2 / Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor, domain 2 / GDP dissociation inhibitor / GDP dissociation inhibitor / Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor, domain 1 / Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor; domain 1 / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich ...Rab GDI protein / Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor; domain 2 / Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor, domain 2 / GDP dissociation inhibitor / GDP dissociation inhibitor / Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor, domain 1 / Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor; domain 1 / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Rab GDP dissociation inhibitor alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / 解像度: 1.81 Å
データ登録者Schalk, I. / Zeng, K. / Wu, S.-K. / Stura, E.A. / Metteson, J. / Huang, M. / Tandon, A. / Wilson, I.A. / Balch, W.E.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 1996
タイトル: Structure and mutational analysis of Rab GDP-dissociation inhibitor.
著者: Schalk, I. / Zeng, K. / Wu, S.K. / Stura, E.A. / Matteson, J. / Huang, M. / Tandon, A. / Wilson, I.A. / Balch, W.E.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994
タイトル: Crystallization and Preliminary Crystallographic Data for Rab Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor (Rabgdi) from Bovine Brain
著者: Schalk, I.J. / Stura, E.A. / Matteson, J. / Wilson, I.A. / Balch, W.E.
履歴
登録1996年7月10日処理サイト: BNL
改定 1.01997年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GUANINE NUCLEOTIDE DISSOCIATION INHIBITOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,6201
ポリマ－50,6201
非ポリマー00
水7,530418
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)91.800, 43.500, 63.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.50, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 GUANINE NUCLEOTIDE DISSOCIATION INHIBITOR


分子量: 50620.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ALPHA-ISOFORM / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 組織: BRAIN / 遺伝子: BOVGDI / プラスミド: PET-11DHIS / 遺伝子 (発現宿主): BOVGDI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P21856
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 418 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化
*PLUS
pH: 6.25 / 手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
濃度: 1.73 M / 一般名: ammonium salfate

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データ収集

放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1994年12月29日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射Num. obs: 42588 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.1
反射
*PLUS
最高解像度: 1.81 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
XENGENV. 2.1データ削減
X-PLOR3.1位相決定
精密化解像度: 1.81→6 Å / σ(F): 2 /
Rfactor反射数
Rfree0.275 -
Rwork0.198 -
obs0.198 33282
原子変位パラメータBiso mean: 28.2 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.81→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3406 0 418 0 3824
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.66
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection all: 40982 / Rfactor all: 0.211
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg25.2
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.42

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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