PDB-1gm6: 3-D STRUCTURE OF A SALIVARY LIPOCALIN FROM BOAR

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1gm6

タイトル

3-D STRUCTURE OF A SALIVARY LIPOCALIN FROM BOAR

要素

SALIVARY LIPOCALIN

キーワード

ODORANT-BINDING PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

odorant binding / small molecule binding / extracellular space
類似検索 - 分子機能

生物種

SUS SCROFA (ブタ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.13 Å

データ登録者

Spinelli, S. / Vincent, F. / Pelosi, P. / Tegoni, M. / Cambillau, C.

引用

ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 2002
タイトル: Boar Salivary Lipocalin. Three-Dimensional X-Ray Structure and Androsterol/Androstenone Docking Simulations.
著者: Spinelli, S. / Vincent, F. / Pelosi, P. / Tegoni, M. / Cambillau, C.

履歴

登録	2001年9月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2002年5月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年9月7日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.2	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.3	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1gm6.cif.gz	48.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1gm6.ent.gz	34.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1gm6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1gm6_validation.pdf.gz	458.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1gm6_full_validation.pdf.gz	467.2 KB	表示
XML形式データ	1gm6_validation.xml.gz	11.4 KB	表示
CIF形式データ	1gm6_validation.cif.gz	14.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gm/1gm6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gm/1gm6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1ew3S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1b8e-d 2q2m-d 4ory-3 2wwp-2 4orx-1 5x7y-3 5lkf-d 4orw-2 4os0-2 6ghh-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (5) #78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: SALIVARY LIPOCALIN

ヘテロ分子

20.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.112, 70.112, 71.750
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質

SALIVARY LIPOCALIN / SAL

分子量: 19941.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: FROM MATURE MALE PIG / 由来: (天然)

SUS SCROFA (ブタ) / 器官: SUBMAXILLARY GLANDS / 組織: GLAND / 参照: UniProt: P81608

#2: 化合物

ChemComp-CD / CADMIUM ION

分子量: 112.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd

#3: 化合物

ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル

分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃

#4: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.37 %

結晶化

pH: 5.5 / 詳細: 1.95M AS, 0.1M NACI PH 5.5, 0.2M K/NA TARTRATE

結晶化

*PLUS

手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細	化学式
1	1.95 M	ammonium sulfate	1	reservoir
2	0.1 M	sodium citrate	1	reservoir	pH5.5
3	0.2 M	potassium/sodium tartrate	1	reservoir
4	3 mg/ml	protein	1	drop
5	10 mM		1	drop		CdCl2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.98
検出器	日付: 2001年1月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→28 Å / Num. obs: 10884 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / B_iso Wilson estimate: 26.9 Å² / R_merge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 7.3
反射シェル	解像度: 2.1→2.15 Å / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.12 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 99.6
反射	PLUS 最低解像度*: 28.8 Å
反射シェル	PLUS % possible obs: 99.6 % / R_merge(I) obs: 0.295 / Mean I/σ(I) obs*: 2.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CNS	1	精密化
DENZO		データ削減
SCALA		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1EW3

1ew3

解像度: 2.13→14.53 Å / R_factor R_free error: 0.009 / Data cutoff high absF: 3430825.24 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.282	1063	10.5 %	RANDOM
R_work	0.254	-	-	-
obs	0.254	10107	96.8 %	-

溶媒の処理

溶媒モデル: FLAT MODEL / k_sol: 0.360633 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.1 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.74 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.74 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.48 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.38 Å	0.36 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.37 Å	0.37 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.13→14.53 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1284	0	21	112	1417

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.011
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.7
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	27
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	0.96
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	1.38	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	2.12	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	1.97	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	2.92	2.5

LS精密化シェル

解像度: 2.13→2.26 Å / R_factor R_free error: 0.03 / Total num. of bins used: 6

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.371	157	9.7 %
R_work	0.327	1457	-
obs	-	-	95.2 %

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	PROTEIN_REP.PARAM	PROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION	2	CARBOHYDRATE.PARAM	WATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION	3	LIG_PAR.PAR	LIG_TOP.TOP
X-RAY DIFFRACTION	4	WATER_REP.PARAM	CARBOHYDRATE.TOP

精密化

*PLUS

最低解像度: 15 Å / R_factor obs: 0.252 / R_factor R_free: 0.283 / R_factor R_work: 0.252

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.4
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_deg	27
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_deg	1.11

LS精密化シェル

*PLUS

R_factor obs: 0.327

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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