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万見
- PDB-1glp: 1.8 ANGSTROMS MOLECULAR STRUCTURE OF MOUSE LIVER CLASS PI GLUTATH... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1glp
タイトル1.8 ANGSTROMS MOLECULAR STRUCTURE OF MOUSE LIVER CLASS PI GLUTATHIONE S-TRANSFERASE COMPLEXED WITH S-(P-NITROBENZYL)GLUTATHIONE AND OTHER INHIBITORS
要素GLUTATHIONE S-TRANSFERASE YFYF
キーワードTRANSFERASE(GLUTATHIONE)
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of neutrophil aggregation / Paracetamol ADME / Glutathione conjugation / Detoxification of Reactive Oxygen Species / negative regulation of leukocyte proliferation / common myeloid progenitor cell proliferation / cellular response to cell-matrix adhesion / hepoxilin biosynthetic process / glutathione derivative biosynthetic process / response to L-ascorbic acid ...negative regulation of neutrophil aggregation / Paracetamol ADME / Glutathione conjugation / Detoxification of Reactive Oxygen Species / negative regulation of leukocyte proliferation / common myeloid progenitor cell proliferation / cellular response to cell-matrix adhesion / hepoxilin biosynthetic process / glutathione derivative biosynthetic process / response to L-ascorbic acid / negative regulation of monocyte chemotactic protein-1 production / JUN kinase binding / oligodendrocyte development / negative regulation of stress-activated MAPK cascade / negative regulation of JNK cascade / prostaglandin metabolic process / cellular response to glucocorticoid stimulus / negative regulation of interleukin-1 beta production / regulation of stress-activated MAPK cascade / negative regulation of acute inflammatory response / glutathione transferase / glutathione transferase activity / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / negative regulation of tumor necrosis factor production / animal organ regeneration / response to amino acid / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / negative regulation of fibroblast proliferation / positive regulation of superoxide anion generation / Neutrophil degranulation / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / glutathione metabolic process / xenobiotic metabolic process / cellular response to epidermal growth factor stimulus / response to reactive oxygen species / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / response to nutrient levels / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / response to toxic substance / cellular response to insulin stimulus / response to estradiol / cellular response to lipopolysaccharide / response to ethanol / inflammatory response / negative regulation of apoptotic process / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / mitochondrion / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glutathione S-transferase, Pi class / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / : / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. ...Glutathione S-transferase, Pi class / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / : / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GLUTATHIONE SULFONIC ACID / Glutathione S-transferase P 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Garcia-Saez, I. / Coll, M.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994
タイトル: Molecular structure at 1.8 A of mouse liver class pi glutathione S-transferase complexed with S-(p-nitrobenzyl)glutathione and other inhibitors.
著者: Garcia-Saez, I. / Parraga, A. / Phillips, M.F. / Mantle, T.J. / Coll, M.
#1: ジャーナル: Embo J. / 年: 1991
タイトル: The Three-Dimensional Structure of Class Pi Glutathione S-Transferase in Complex with Glutathione Sulfonate at 2.3 Angstroms Resolution
著者: Reinemer, P. / Dirr, H.W. / Ladenstein, R. / Schaffer, J. / Gallay, O. / Huber, R.
履歴
登録1994年3月7日処理サイト: BNL
改定 1.01994年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Advisory / Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年2月7日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE YFYF
B: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE YFYF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7194
ポリマ－47,0082
非ポリマー7112
水3,279182
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4020 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area17910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.100, 77.600, 57.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO A 2 / 2: CIS PROLINE - PRO A 53 / 3: CIS PROLINE - PRO B 2 / 4: CIS PROLINE - PRO B 53

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要素

#1: タンパク質 GLUTATHIONE S-TRANSFERASE YFYF


分子量: 23503.965 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P19157, glutathione transferase
#2: 化合物 ChemComp-GTS / GLUTATHIONE SULFONIC ACID


分子量: 355.322 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N3O9S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 182 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.38 %
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
115 mg/mlenzyme1drop
210 mMMES1drop
318 mMglutathione sulphonic acid1drop
450 mMMES1drop
50.02 %1dropNaN3
620 %PEG60001drop
750 mMimidazole1drop
80.3 Msodium/phosphate phosphate1reservoir

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 50 Å / Num. obs: 28654 / Num. measured all: 102401 / Rmerge(I) obs: 79 / Rmerge F obs: 0.086
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 2 Å / % possible obs: 64 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 1.9→8 Å / σ(F): 2 /
Rfactor反射数
Rwork0.172 -
obs0.172 28890
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3308 0 46 182 3536
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.66
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.172 / Rfactor Rwork: 0.172
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 2.66

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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