PDB-1gkz: Branched-chain alpha-ketoacid dehydrogenase kinase (BCK) complxed...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1gkz

タイトル

Branched-chain alpha-ketoacid dehydrogenase kinase (BCK) complxed with ADP

要素

[3-METHYL-2-OXOBUTANOATE DEHYDROGENASE [LIPOAMIDE]] KINASE

キーワード

TRANSFERASE / MITOCHONDRIAL PROTEIN KINASE / POTASSIUM

機能・相同性

機能・相同性情報

[3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase / [3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase activity / Branched-chain amino acid catabolism / valine catabolic process / L-leucine catabolic process / isoleucine catabolic process / pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) kinase activity / oxoglutarate dehydrogenase complex / branched-chain amino acid catabolic process / lipid biosynthetic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Machius, M. / Chuang, J.L. / Wynn, R.M. / Tomchick, D.R. / Chuang, D.T.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2001
タイトル: Structure of Rat Bckd Kinase: Nucleotide-Induced Domain Communication in a Mitochondrial Protein Kinase.
著者: Machius, M. / Chuang, J.L. / Wynn, R.M. / Tomchick, D.R. / Chuang, D.T.

履歴

登録	2001年8月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2001年10月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 2.0	2019年5月15日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Experimental preparation / Other カテゴリ: atom_site / exptl_crystal_grow ...atom_site / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_biol Item: _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 2.1	2024年5月1日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1gkz.cif.gz	85.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1gkz.ent.gz	63 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1gkz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1gkz_validation.pdf.gz	802.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1gkz_full_validation.pdf.gz	817.3 KB	表示
XML形式データ	1gkz_validation.xml.gz	17.1 KB	表示
CIF形式データ	1gkz_validation.cif.gz	23.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gk/1gkz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gk/1gkz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1gjvC 1gkxC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3tz2-d 4e00-d 1gkx-d 4h81-d 4h85-d 1gjv-d 3op0-1 3vad-d 4dzy-d 3tz4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (3) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (3)

登録構造単位

A: [3-METHYL-2-OXOBUTANOATE DEHYDROGENASE [LIPOAMIDE]] KINASE

ヘテロ分子

45.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	128.917, 128.917, 74.105
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	94
Space group name H-M	P4₂2₁2

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	[3-METHYL-2-OXOBUTANOATE DEHYDROGENASE [LIPOAMIDE]] KINASE / BRANCHED-CHAIN ALPHA-KETOACID DEHYDROGENASE KINASE 分子量: 44261.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C-TERMINAL HIS6-TAG / 由来: (組換発現) RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ) / プラスミド: PTRCKINASEHIS6/PGROESL / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): CG-712 / 参照: UniProt: Q00972, EC: 2.7.1.115

#1: タンパク質

[3-METHYL-2-OXOBUTANOATE DEHYDROGENASE [LIPOAMIDE]] KINASE / BRANCHED-CHAIN ALPHA-KETOACID DEHYDROGENASE KINASE

分子量: 44261.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C-TERMINAL HIS6-TAG / 由来: (組換発現)

RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ) / プラスミド: PTRCKINASEHIS6/PGROESL / 発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): CG-712 / 参照: UniProt: Q00972, EC: 2.7.1.115

-
非ポリマー , 6種, 133分子

#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物	ChemComp-XE / XENON / キセノン分子量: 131.293 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Xe
#5: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

配列の詳細	CRYSTALLIZED VERSION CONTAINS A C-TERMINAL HIS6-TAG

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 3.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 64 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: VAPOR DIFFUSION, 20C, EQUAL AMOUNTS OF BCK (20 MG/ML IN 50 MM HEPES, PH 7.5, 1 M SODIUM CHLORIDE, 250 MM POTASSIUM CHLORIDE, 300 MM ARGININE, 20 MM BETA- MERCAPTOETHANOL, 2 MM BENZAMIDINE, 2 ...

結晶化

*PLUS

温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	化学式
1	20 mg/ml	protein	1	drop
2	50 mM	HEPES	1	drop
3	1 M		1	drop	NaCl
4	250 mM		1	drop	KCl
5	300 mM	arginine	1	drop
6	20 mM	beta-mercaptoethanol	1	drop
7	1 mM	benzamidine	1	drop
8	2 mM		1	drop	MgCl2
9	0.5 mM	PMSF	1	drop
10	10 %(v/v)	glycerol	1	drop
12	8 %(w/v)	PEG6000	1	reservoir
13	5 %(v/v)	ethylene glycol	1	reservoir
14	1 M		1	reservoir	NaCl
15	20 mM	beta-mercaptoethanol	1	reservoir
11		Mg-ADP	1	drop

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: SBC-CAT / 検出器: CCD / 日付: 2001年2月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→40.77 Å / Num. obs: 32115 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.3 % / B_iso Wilson estimate: 52.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.032 / Net I/σ(I): 41.7
反射シェル	解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 6 % / R_merge(I) obs: 0.565 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 99.9
反射	PLUS % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 4.5 % / R_merge(I) obs*: 0.044
反射シェル	PLUS 最高解像度: 2.29 Å / 最低解像度: 2.39 Å / % possible obs: 85.3 % / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.606 / Mean I/σ(I) obs*: 1.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CNS	1.1	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
CNS	1	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: BRANCHED-CHAIN ALPHA-KETOACID DEHYDROGENASE KINASE (BCK) COMLEXED WITH ATP-GAMMA-S

解像度: 2.2→40.77 Å / R_factor R_free error: 0.007 / Data cutoff high absF: 775826.86 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: CRYSTAL WAS PRESSURIZED WITH XENON, WHICH IMPROVED DIFFRACTION QUALITY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.268	1427	4.6 %	RANDOM
R_work	0.237	-	-	-
obs	0.237	30799	95.4 %	-

溶媒の処理

溶媒モデル: FLAT MODEL / B_sol: 84.2896 Å² / k_sol: 0.368993 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 59.5 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.53 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.53 Å²	0 Å²
3-	-	-	-5.06 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.37 Å	0.3 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.33 Å	0.29 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→40.77 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2551	0	34	125	2710

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.016
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.9
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	22.8
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	1.29
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	1.64	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	2.73	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	2.3	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	3.39	2.5

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.34 Å / R_factor R_free error: 0.023 / Total num. of bins used: 6

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.327	204	4.4 %
R_work	0.303	4456	-
obs	-	-	88.2 %

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	PROTEIN_REP.PARAM	&_1_TOPOLOGY_INFILE_1
X-RAY DIFFRACTION	2	WATER_REP.PARAM	&_1_TOPOLOGY_INFILE_2
X-RAY DIFFRACTION	3	ION.PARAM	&_1_TOPOLOGY_INFILE_3
X-RAY DIFFRACTION	4	MY_ATP-CAB.PARAM	&_1_TOPOLOGY_INFILE_4

ソフトウェア

*PLUS

名称: CNS / バージョン: 1.1 / 分類: refinement

精密化

*PLUS

R_factor obs: 0.225 / R_factor R_free: 0.285

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.012
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.7
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_deg	22.8
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_deg	1.29

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