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- PDB-1gk5: Solution Structure the mEGF/TGFalpha44-50 chimeric growth factor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gk5
タイトルSolution Structure the mEGF/TGFalpha44-50 chimeric growth factor
要素Pro-epidermal growth factor,Protransforming growth factor alpha
キーワードGROWTH FACTOR / EGF GROWTH FACTOR / CHIMERIC
機能・相同性
機能・相同性情報


Signaling by ERBB4 / EGFR interacts with phospholipase C-gamma / ERBB2 Activates PTK6 Signaling / Signaling by EGFR / PI3K events in ERBB2 signaling / SHC1 events in ERBB2 signaling / GRB2 events in EGFR signaling / SHC1 events in EGFR signaling / Signaling by ERBB2 / GAB1 signalosome ...Signaling by ERBB4 / EGFR interacts with phospholipase C-gamma / ERBB2 Activates PTK6 Signaling / Signaling by EGFR / PI3K events in ERBB2 signaling / SHC1 events in ERBB2 signaling / GRB2 events in EGFR signaling / SHC1 events in EGFR signaling / Signaling by ERBB2 / GAB1 signalosome / ERBB2 Regulates Cell Motility / NOTCH3 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / Downregulation of ERBB2 signaling / EGFR downregulation / positive regulation of hyaluronan biosynthetic process / negative regulation of secretion / negative regulation of cholesterol efflux / hepatocyte proliferation / Extra-nuclear estrogen signaling / regulation of protein transport / RAF/MAP kinase cascade / PIP3 activates AKT signaling / positive regulation of epithelial tube formation / positive regulation of cerebellar granule cell precursor proliferation / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / regulation of protein localization to cell surface / positive regulation of protein localization to early endosome / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / Platelet degranulation / cerebellar granule cell precursor proliferation / Clathrin-mediated endocytosis / regulation of calcium ion import / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activator activity / Cargo concentration in the ER / positive regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / COPII-mediated vesicle transport / epidermal growth factor receptor binding / Inhibition of Signaling by Overexpressed EGFR / EGFR interacts with phospholipase C-gamma / regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / positive regulation of DNA binding / ERBB2-EGFR signaling pathway / branching morphogenesis of an epithelial tube / Signaling by EGFR / positive regulation of cell division / positive regulation of receptor internalization / positive regulation of phosphorylation / mammary gland alveolus development / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / GAB1 signalosome / ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of endothelial cell proliferation / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / GRB2 events in EGFR signaling / SHC1 events in EGFR signaling / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of endothelial cell migration / positive regulation of mitotic nuclear division / guanyl-nucleotide exchange factor activity / epithelial cell proliferation / positive regulation of epithelial cell proliferation / growth factor activity / EGFR downregulation / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / ER to Golgi transport vesicle membrane / epidermal growth factor receptor signaling pathway / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / PIP3 activates AKT signaling / Clathrin-mediated endocytosis / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / RAF/MAP kinase cascade / cytoplasmic vesicle / angiogenesis / basolateral plasma membrane / Estrogen-dependent gene expression / Extra-nuclear estrogen signaling / cell surface receptor signaling pathway / cell population proliferation / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of MAPK cascade / intracellular signal transduction / receptor ligand activity / positive regulation of cell population proliferation / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / endoplasmic reticulum membrane / positive regulation of DNA-templated transcription / perinuclear region of cytoplasm / cell surface / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Pro-epidermal growth factor / : / Low-density lipoprotein receptor repeat class B / LDL-receptor class B (LDLRB) repeat profile. / LDLR class B repeat / Low-density lipoprotein-receptor YWTD domain / : / Calcium-binding EGF domain / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / Laminin ...Pro-epidermal growth factor / : / Low-density lipoprotein receptor repeat class B / LDL-receptor class B (LDLRB) repeat profile. / LDLR class B repeat / Low-density lipoprotein-receptor YWTD domain / : / Calcium-binding EGF domain / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / Laminin / Laminin / Coagulation Factor Xa inhibitory site / EGF-like domain / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Pro-epidermal growth factor / Protransforming growth factor alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / TORSION ANGLE DYNAMICS WITH SIMULATED ANNEALING
データ登録者Chamberlin, S.G. / Brennan, L. / Puddicombe, S.M. / Davies, D.E. / Turner, D.L.
引用
ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 2001
タイトル: Solution Structure of the Megf/Tgfalpha44-50 Chimeric Growth Factor.
著者: Chamberlin, S. / Brennan, L. / Puddicombe, S. / Davies, D. / Turner, D.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1996
タイトル: The Interaction of an Epidermal Growth Factor/ Transforming Growth Factor Alpha Tail Chimera with the Human Epidermal Growth Factor Receptor Reveals Unexpected Complexities
著者: Puddicombe, S.M. / Wood, L. / Chamberlin, S.G. / Davies, D.E.
履歴
登録2001年8月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年8月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年3月28日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_src_gen / entity_src_nat / struct_ref
Item: _entity.details / _entity.pdbx_description ..._entity.details / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_fragment / _entity.src_method / _entity_name_com.name / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code
改定 1.42024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pro-epidermal growth factor,Protransforming growth factor alpha


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,2581
ポリマ－5,2581
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 50LEAST RESTRAINT VIOLATION
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Pro-epidermal growth factor,Protransforming growth factor alpha / EGF


分子量: 5257.785 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 977-1018,UNP residues 83-89 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: THE PROTEIN IS A CHIMERA OF EPIDERMAL GROWTH FACTOR RESIDUES 977-1018 AND HUMAN TRANSFORMING GROWTH FACTOR ALPHA RESIDUES 83-89,THE PROTEIN IS A CHIMERA OF EPIDERMAL GROWTH FACTOR RESIDUES ...詳細: THE PROTEIN IS A CHIMERA OF EPIDERMAL GROWTH FACTOR RESIDUES 977-1018 AND HUMAN TRANSFORMING GROWTH FACTOR ALPHA RESIDUES 83-89,THE PROTEIN IS A CHIMERA OF EPIDERMAL GROWTH FACTOR RESIDUES 977-1018 AND HUMAN TRANSFORMING GROWTH FACTOR ALPHA RESIDUES 83-89
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: Egf, TGFA / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P01132, UniProt: P01135
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験タイプ: 2D-1H-NOESY 2D-1H-TOCSY 2D-1H-COSY

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試料調製

試料状態pH: 3 / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian VXR500 / 製造業者: Varian / モデル: VXR500 / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
INDYANABRENNAN L, TURNER DL, MESSIAS AM, TEODORO ML, LEGALL J, SANTOS H, XAVIER AX.精密化
INDYANA構造決定
精密化手法: TORSION ANGLE DYNAMICS WITH SIMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATION
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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