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万見
- PDB-2mf3: SGTX-Sf1a -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mf3
タイトルSGTX-Sf1a
要素U2-segestritoxin-Sf1a
キーワードTOXIN / Spider / ICK / Disulfide / Non-uniform sampling / Maximum entropy / Insecticidal / Heteronuclear
機能・相同性
機能・相同性情報


sodium channel regulator activity / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Omega-AgatoxinV - #60 / SFI toxin / : / SFI toxin family / Omega-AgatoxinV / Few Secondary Structures / Irregular
類似検索 - ドメイン・相同性
Mu-segestritoxin-Sf1a
類似検索 - 構成要素
生物種Segestria florentina (クモ)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Mobli, M. / Bende, N.S. / King, G.F.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2015
タイトル: The insecticidal spider toxin SFI1 is a knottin peptide that blocks the pore of insect voltage-gated sodium channels via a large beta-hairpin loop.
著者: Bende, N.S. / Dziemborowicz, S. / Herzig, V. / Ramanujam, V. / Brown, G.W. / Bosmans, F. / Nicholson, G.M. / King, G.F. / Mobli, M.
履歴
登録2013年10月4日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年1月14日Group: Database references
改定 1.22015年3月18日Group: Database references
改定 1.32023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: U2-segestritoxin-Sf1a


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,0741
ポリマ－5,0741
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド U2-segestritoxin-Sf1a / U2-SGTX-Sf1a / F5.6 / Toxin SFI 1


分子量: 5073.920 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Segestria florentina (クモ) / 解説: HIS-MBP-TEV CLEAVAGE-S-TOXIN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P61095
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: Solution structure of the insecticidal spider toxin Sf1a from Segestria florentina.
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D CBCA(CO)NH
1313D HBHA(CO)NH
1413D HN(CA)CB
1513D 1H-15N NOESY
1613D 1H-13C NOESY aliphatic
1713D 1H-13C NOESY aromatic
1814D HC(CO)NH
1912D (HB)CB(CGCC)H(ar)
11013D HNCO
NMR実験の詳細Text: Scalar dimensions acquired using NUS and processed using Maximum Entropy reconstruction. NOE dimensions acquired using linear sampling and processed using Linear prediction/DFT.

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試料調製

詳細内容: 0.42 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] SF1A, 5 % [U-100% 2H] D2O, 20 mM Sodium citrate, 95% H2O/5% D2O
溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.42 mMSF1A-1[U-99% 13C; U-99% 15N]1
5 %D2O-2[U-100% 2H]1
20 mMSodium citrate-31
試料状態イオン強度: 20 / pH: 3.5 / 圧: ambient / 温度: 313 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 900 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Rownald_NMR_Toolkitv3Jeffrey C. Hoch解析
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
TopSpin3Bruker Biospincollection
TALOS+Cornilescu, Delaglio and Bax構造決定
XEASYBartels et al.chemical shift assignment
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1 / 詳細: 15000 steps
NMR constraintsNOE constraints total: 564 / NOE intraresidue total count: 147 / NOE long range total count: 134 / NOE medium range total count: 58 / NOE sequential total count: 225
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum lower distance constraint violation: 0 Å / Maximum upper distance constraint violation: 0 Å
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0 Å / Distance rms dev error: 0 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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