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- PDB-1gk1: Structure-based prediction of modifications in glutarylamidase to... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gk1
タイトルStructure-based prediction of modifications in glutarylamidase to allow single-step enzymatic production of 7-aminocephalosporanic acid from cephalosporin C
要素(CEPHALOSPORIN ACYLASE) x 2
キーワードHYDROLASE / CEPHALOSPORIN ACYLASE / GLUTARYL ACYLASE / CEPHALOSPORIN C / CATALYTIC TRIAD / NTN-HYDROLASE / X-RAZ STRUCTURE
機能・相同性
機能・相同性情報


glutaryl-7-aminocephalosporanic-acid acylase / glutaryl-7-aminocephalosporanic-acid acylase activity / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amides / antibiotic biosynthetic process / periplasmic space / response to antibiotic / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Penicillin Amidohydrolase, domain 1 / Penicillin Amidohydrolase; domain 1 / Penicillin amidase (Acylase) alpha subunit, N-terminal domain / Aminohydrolase, alpha-helical knob region / Penicillin/GL-7-ACA/AHL acylase / Penicillin G acylase, beta-roll domain / Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain, beta-sheet knob region / Penicillin/GL-7-ACA/AHL/aculeacin-A acylase / Penicillin amidase type, domain 1 / Penicillin amidase type, N-terminal domain, B-knob ...Penicillin Amidohydrolase, domain 1 / Penicillin Amidohydrolase; domain 1 / Penicillin amidase (Acylase) alpha subunit, N-terminal domain / Aminohydrolase, alpha-helical knob region / Penicillin/GL-7-ACA/AHL acylase / Penicillin G acylase, beta-roll domain / Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain, beta-sheet knob region / Penicillin/GL-7-ACA/AHL/aculeacin-A acylase / Penicillin amidase type, domain 1 / Penicillin amidase type, N-terminal domain, B-knob / Penicillin amidase type, A-knob / Penicillin amidase / Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain / Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1 / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal / 4-Layer Sandwich / Roll / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cephalosporin acylase / Glutaryl-7-aminocephalosporanic-acid acylase
類似検索 - 構成要素
生物種PSEUDOMONAS SP. (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Fritz-Wolf, K. / Koller, K.P. / Lange, G. / Liesum, A. / Sauber, K. / Schreuder, H. / Aretz, W. / Kabsch, W.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2002
タイトル: Structure-Based Prediction of Modifications in Glutarylamidase to Allow Single-Step Enzymatic Production of 7-Aminocephalosporanic Acid from Cephalosporin C.
著者: Fritz-Wolf, K. / Koller, K.P. / Lange, G. / Liesum, A. / Sauber, K. / Schreuder, H. / Aretz, W. / Kabsch, W.
履歴
登録2001年8月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年1月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年9月7日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22017年6月28日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CEPHALOSPORIN ACYLASE
B: CEPHALOSPORIN ACYLASE
C: CEPHALOSPORIN ACYLASE
D: CEPHALOSPORIN ACYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,7476
ポリマ－150,5634
非ポリマー1842
水11,872659
1
A: CEPHALOSPORIN ACYLASE
B: CEPHALOSPORIN ACYLASE
ヘテロ分子

A: CEPHALOSPORIN ACYLASE
B: CEPHALOSPORIN ACYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,7476
ポリマ－150,5634
非ポリマー1842
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area18450 Å2
ΔGint-142.6 kcal/mol
Surface area61270 Å2
手法PQS
2
C: CEPHALOSPORIN ACYLASE
D: CEPHALOSPORIN ACYLASE
ヘテロ分子

C: CEPHALOSPORIN ACYLASE
D: CEPHALOSPORIN ACYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,7476
ポリマ－150,5634
非ポリマー1842
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area20670 Å2
ΔGint-152.1 kcal/mol
Surface area58890 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)230.290, 70.440, 114.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.48, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 CEPHALOSPORIN ACYLASE / GLUTARYLAMIDASE


分子量: 16941.619 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 36-188 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS SP. (バクテリア) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
参照: UniProt: O86089, UniProt: P07662*PLUS, penicillin amidase
#2: タンパク質 CEPHALOSPORIN ACYLASE / GLUTARYLAMIDASE


分子量: 58339.941 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 199-720 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS SP. (バクテリア) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
参照: UniProt: O86089, UniProt: P07662*PLUS, penicillin amidase
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 659 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細CATALYTICLLY ACTIVE CEPHALOSPORIN ACYLASE IS FORMED BY A TWO-STEP AUTOCATALYTIC PROCESS FROM THE ...CATALYTICLLY ACTIVE CEPHALOSPORIN ACYLASE IS FORMED BY A TWO-STEP AUTOCATALYTIC PROCESS FROM THE INACTIVE INTACT PRECURSOR. IN THE FIRST STEP THE PRECURSOR POLYPEPTIDE CHAIN IS CLEAVED INTO A SHORT (A1-A170) AND A LONG CHAIN (B1-B522). IN THE SECOND STEP THE SPACER PEPTIDE A161-A170 IS REMOVED. THE HETERO-DIMER IS NUMBERED HERE AS RESIDUES A8-A160 AND B1-B522.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 58 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: CRYSTALS GROWN AT 18 C, HANGING DROP PRECIPITATION AGENT: 1.5-2.0 M POTASSIUM PHOSPHATE PH 7.0/9.0
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
120-30 mg/mlprotein1drop
20.5 Mpotassium phosphate1droppH7.5
35 mMdithiothreitol1drop
41.5-2.0 potassium phosphate1reservoirpH7.0-9.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR571 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年2月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→14.63 Å / Num. obs: 67222 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 16.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09
反射 シェル解像度: 2.4→2.5 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.262 / % possible all: 92.7
反射
*PLUS
最低解像度: 15 Å / % possible obs: 93.7 % / Rmerge(I) obs: 0.093
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 92.7 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
XSCALEデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1GK0

1gk0


解像度: 2.4→14.63 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 6897765.46 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.219 3362 5 %RANDOM
Rwork0.18 ---
obs0.18 67222 94.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / ksol: 0.33435 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 19.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.96 Å20 Å20.66 Å2
2--0.88 Å20 Å2
3---0.08 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.3 Å0.24 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.34 Å0.29 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→14.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10650 0 12 659 11321
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.121.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.822
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.022
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.042.5
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.281 549 5 %
Rwork0.247 10425 -
obs--92.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMGOL.TOP
X-RAY DIFFRACTION4GOL.PAR
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 15 Å / Rfactor obs: 0.18 / Rfactor Rwork: 0.18
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg24
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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