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- PDB-1gip: THE NMR STRUCTURE OF DNA DODECAMER DETERMINED IN AQUEOUS DILUTE L... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gip
タイトルTHE NMR STRUCTURE OF DNA DODECAMER DETERMINED IN AQUEOUS DILUTE LIQUID CRYSTALLINE PHASE
要素5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3'
キーワードDNA / B-DNA / DIPOLAR COUPLING / NOE / BASE-BASE ORIENTATIONAL POTENTIAL OF MEAN FORCE / DATABASE TORSION ANGLE POTENTIAL OF MEAN FORCE
機能・相同性DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
手法溶液NMR / SIMULATED ANNEALING IN TORSION ANGLE SPACE USING A SIXTH ORDER PREDICTOR-CORRECTOR METHOD WITH AUTOMATIC TIME STEP SELECTION (C. SCHWIETERS, G.M. CLORE)
データ登録者Clore, G.M. / Kuszewski, J.
引用
ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2001
タイトル: Improving the accuracy of NMR structures of DNA by means of a database potential of mean force describing base-base positional interactions.
著者: Kuszewski, J. / Schwieters, C. / Clore, G.M.
#1: ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2000
タイトル: The NMR Structure of a DNA Dodecamer in an Aqueous Dilute Liquid Crystalline Phase
著者: Tjandra, N. / Tate, S. / Ono, A. / Kainosho, M. / Bax, A.
履歴
登録2001年2月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年8月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3'
B: 5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,3272
ポリマ－7,3272
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)2 / 40THE RESTRAINED REGULARIZED MEAN STRUCTURES
代表モデル

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3'


分子量: 3663.392 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
11113C-HSQC-J-MODULATED
121COSY
13113C-HSQC-F1- COUPLED
14115N-HSQC-F1- COUPLED
1512D NOESY
NMR実験の詳細Text: THE NUMBER OF CALCULATED CONFORMERS IS 20 WITH NOES AND DIPOLAR COUPLINGS AND 20 WITH DIPOLAR COUPLINGS ONLY

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試料調製

詳細内容: 0.5 MM DUPLEX DNA, 40MM SODIUM PHOSPHATE, PH 7.0
試料状態イオン強度: 40 mM / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 308.00 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DMXBrukerDMX6001
Bruker DMXBrukerDMX7502

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NIH VERSION OF XPLOR (AVAILABLE TO ACADEMIC USERS BY ANONYMOUS FTP AT PORTAL.NIDDK.NIH.GOV IN pub/clore/xplor_nih)CLORE, SCHWIETERS AND KUSZEWSKI. ADAPTED FROM XPLOR 3.841 by BRUNGER ET AL.精密化
NMRPIPE 1.71999.039.11.31構造決定
XwinNMR2.4構造決定
PIPP/CAPP4.2.8構造決定
精密化手法: SIMULATED ANNEALING IN TORSION ANGLE SPACE USING A SIXTH ORDER PREDICTOR-CORRECTOR METHOD WITH AUTOMATIC TIME STEP SELECTION (C. SCHWIETERS, G.M. CLORE)
ソフトェア番号: 1
詳細: THE STRUCTURE IS BASED ON A TOTAL OF 162 NOE, 48 DISTANCES FOR WATSON-CRICK HYDROGEN BONDS, AND 137 DIHEDRAL 137 TORSION ANGLE RESTRAINTS, 198 CH AND 10 NH ONE-BOND DIPOLAR COUPLING ...詳細: THE STRUCTURE IS BASED ON A TOTAL OF 162 NOE, 48 DISTANCES FOR WATSON-CRICK HYDROGEN BONDS, AND 137 DIHEDRAL 137 TORSION ANGLE RESTRAINTS, 198 CH AND 10 NH ONE-BOND DIPOLAR COUPLING RESTRAINTS, AND 200 APPROXIMATE PROTON-PROTON DIPOLAR COUPLINGS. THE EXPERIMENTAL RESTRAINTS ARE THE SAME AS THOSE LISTED IN 1DUF. THE NON-BONDED CONTACTS ARE REPRESENTED BY A QUARTIC VAN DER WAALS REPULSION TERM AND A BASE-BASE POSITIONING DATABASE POTENTIAL OF MEAN FORCE. ALSO INCLUDED IS A TORSION ANGLE DATABASE POTENTIAL OF MEAN FORCE. IN THIS ENTRY THE SECOND TO LAST COLUMN REPRESENTS THE AVERAGE RMS DIFFERENCE BETWEEN THE INDIVIDUAL SIMULATED ANNEALING STRUCTURES AND THE MEAN COORDINATE POSITIONS. MODEL 1 IS CALCULATED WITH NOE-DERIVED INTERPROTON DISTANCE RESTRAINTS, DIPOLAR COUPLING RESTRAINTS AND TORSION ANGLE RESTRAINTS. MODEL 2 IS CALCULATED WITH DIPOLAR COUPLING AND TORSION ANGLE RESTRAINTS. NO NOE-DERIVED INTERPROTON DISTANCE RESTRAINTS WERE EMPLOYED. STRUCTURAL STATISTICS: ---------------------------------------------------------- RESTRAINTS MODEL 1 MODEL 2 (# MODEL 1/# MODEL 2) (NOE + DIPOLARS) (DIPOLARS ONLY) ---------------------------------------------------------- RMS DEVIATIONS FROM EXPERIMENTAL RESTRAINTS INTERPROTON DISTANCES (A) 0.065 0.114 (162/0) TORSION ANGLES (DEG) 0 0 (137/137) ALL DIPOLAR COUPLINGS (HZ) 2.8 2.6 (408/408) RMS DEVIATIONS AND DIPOLAR COUPLING R-FACTORS FOR DIFFERENT CLASSES OF DIPOLAR COUPLINGS C-H RIBOSE (HZ/%) (94/94)* 2.27 (11.4%) 2.27 (11.4%) C-H RIBOSE (HZ/%) (64/64)** 5.62 (28.1%) 5.24 (26.2%) C-H BASE (HZ/%) (24/24)* 2.78 (13.9%) 2.81 (14.1%) C-H BASE (HZ/%) (12/12)** 1.89 (9.26%) 2.01 (10.0%) C-H METHYL (HZ/%) (4/4)* 0.98 (4.9%) 0.79 (4.0%) N-H IMINO (HZ/%) (10/10)* 1.56 (15.9%) 1.50 (15.2%) H-H ABSOLUTE VALUE (HZ) (126/126) 1.26 1.25 H-H SIGN KNOWN (HZ) (74/74) 0.93 0.88 RMS DEVIATIONS FROM IDEALIZED COVALENT GEOMETRY BONDS (A) 0.003 0.003 ANGLES (DEG) 0.897 0.925 IMPROPER TORSIONS (DEG) 0.296 0.106 ---------------------------------------------------------- * MEASURED WITH AN ACCURACY OF +/- 2 HZ ** MEASURED WITH AN ACCURACY OF +/- 4 HZ DIPOLAR COUPLING R-FACTOR = RATIO RMS DEVIATION BETWEEN OBSERVED AND CALCULATED VALUES AND EXPECTED RMS DEVIATION IF VECTORS ARE RANDOMLY DISTRIBUTED. THE LATTER IS GIVEN BY {2DA**2[4 + 3H**2]/5}1/2 WHERE DA IS THE MAGNITUDE OF THE AXIAL COMPONENT OF THE ALIGNMENT TENSOR AND H IS THE RHOMBICITY. (ONLY APPLIES TO FIXED LENGTH VECTORS). THE VALUES OF DA(CH), DA(NH) AND H ARE -16 HZ, -7.7 HZ AND 0.26, RESPECTIVELY.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: THE RESTRAINED REGULARIZED MEAN STRUCTURES
計算したコンフォーマーの数: 40 / 登録したコンフォーマーの数: 2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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