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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ghi | ||||||
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タイトル | STRUCTURE OF BETA-LACTAMASE GLU166ASP:ASN170GLN MUTANT | ||||||
![]() | BETA-LACTAMASE | ||||||
![]() | HYDROLASE / ANTIBIOTIC RESISTANCE / BETA-LACTAM HYDROLYSIS | ||||||
機能・相同性 | ![]() beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Chen, C.C.H. / Herzberg, O. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structures of the acyl-enzyme complexes of the Staphylococcus aureus beta-lactamase mutant Glu166Asp:Asn170Gln with benzylpenicillin and cephaloridine. 著者: Chen, C.C. / Herzberg, O. #1: ![]() タイトル: An Engineered Staphylococcus Aureus Pc1 Beta-Lactamase that Hydrolyses Third-Generation Cephalosporins 著者: Zawadzke, L.E. / Smith, T.J. / Herzberg, O. #2: ![]() タイトル: Refined Crystal Structure of Beta-Lactamase from Staphylococcus Aureus Pc1 at 2.0 著者: Herzberg, O. #3: ![]() タイトル: Bacterial Resistance to Beta-Lactam Antibiotics. Crystal Structure of Beta-Lactamase from Staphylococcus Aureus Pc1 at 2.5 A Resolution 著者: Herzberg, O. / Moult, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 66 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 47.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 430.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 434.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 18.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28974.410 Da / 分子数: 1 / 変異: E166D, N170Q / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: PC1 / 遺伝子: BLAZ / プラスミド: PTS32 / 遺伝子 (発現宿主): BLAZ / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-CO3 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 65 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 8 / 詳細: pH 8.00 | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: drop consists of equal amounts of protein and reservoir solutions | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→20 Å / Num. obs: 15531 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.114 / Net I/σ(I): 11.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.44 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.441 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 87.1 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 87.1 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: OTHER 開始モデル: 3BLM 解像度: 2.3→8 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→8 Å
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拘束条件 |
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