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万見
- PDB-1ghh: SOLUTION STRUCTURE OF DINI -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ghh
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF DINI
要素DNA-DAMAGE-INDUCIBLE PROTEIN I
キーワードPROTEIN BINDING / bicelle / DinI / dipolar coupling / liquid crystal / Pf1 / RecA
機能・相同性
機能・相同性情報


SOS response / DNA repair / enzyme binding
類似検索 - 分子機能
DinI-like / DNA damage-inducible protein DinI-like / DinI-like superfamily / DinI-like family / Protein Binding, DinI Protein; Chain A / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA damage-inducible protein I
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法溶液NMR / simulated annealing, molecular dynamics in Cartesian space
データ登録者Ramirez, B.E. / Voloshin, O.N. / Camerini-Otero, R.D. / Bax, A.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2000
タイトル: Solution structure of DinI provides insight into its mode of RecA inactivation.
著者: Ramirez, B.E. / Voloshin, O.N. / Camerini-Otero, R.D. / Bax, A.
履歴
登録2000年12月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2001年1月10日ID: 1F0A
改定 1.02001年1月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-DAMAGE-INDUCIBLE PROTEIN I


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,9581
ポリマ－8,9581
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 30structures with the lowest energy
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 DNA-DAMAGE-INDUCIBLE PROTEIN I / DINI


分子量: 8957.937 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: PET21A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ABR1

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1213D 13C-separated NOESY
1322D NOESY
141HNCG
151HN(CO)CG
263IPAP 15N HSQC
273HNCO
283(HA)CA(CO)NH
NMR実験の詳細Text: This structure was determined using two sets of dipolar coupling restraints. One set was recorded in a bicelle liquid crystal solution; the other set was recorded in a phage liquid crystal ...Text: This structure was determined using two sets of dipolar coupling restraints. One set was recorded in a bicelle liquid crystal solution; the other set was recorded in a phage liquid crystal solution. See citation 1 for details on solution conditions. A total of 127 N-H, 135 CA-HA, 138 CA-CO, 61 N-CO, and 64 CO-HN dipolar restraints were used in the structure calculation. Additional restraints included 592 intraresidue, 278 short range, 104 medium range, and 140 long range NOE restraints as well as 76 phi, 51 psi, and 21 chi1 dihedral restraints. A conformational database was employed in the simulated annealing calculation. No radius of gyration term was employed in the simulated annealing calculation.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容
10.6 mM DinI U-13C,15N, 20 mM phosphate buffer, 100 mM NaCl; pH 6.6; 95% H2O, 5% D2O
20.6 mM DinI U-13C,15N, 20 mM phosphate buffer, 100 mM NaCl; pH 6.6; 99% D2O, 1% H2O
30.6 mM DinI U-13C,15N, 20 mM phosphate buffer, 100 mM NaCl; pH 6.6; BICELLE OR PHAGE LIQUID CRYSTAL, 95% H2O, 5% D2O
試料状態
Conditions-IDpH圧 (kPa)温度 (K)
16.6AMBIENT 298.0 K
26.6AMBIENT 298.0 K
36.6AMBIENT 302.0 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DMXBrukerDMX5001
Bruker DMXBrukerDMX6002
Bruker DRXBrukerDRX8003

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDelaglio解析
PIPPGarrettデータ解析
X-PLORBrunger精密化
X-PLORBrunger構造決定
精密化手法: simulated annealing, molecular dynamics in Cartesian space
ソフトェア番号: 1
詳細: Structures were calculated in a three stage process. In the first stage, folds were calculated from a fully-extended chain based only on torsion and NOE restraints. In the second stage, the ...詳細: Structures were calculated in a three stage process. In the first stage, folds were calculated from a fully-extended chain based only on torsion and NOE restraints. In the second stage, the ten best structures of stage 1 were used as starting structures in a simulated annealing calculation that included dipolar restraints measured in bicelles. In the last stage, the ten lowest energy structures of Stage 2 were used as starting structures in a simulated annealing calculation that also included dipolar restraints measured in a phage liquid crystal.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 30 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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