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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1gge | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF CATALASE HPII FROM ESCHERICHIA COLI, NATIVE STRUCTURE AT 1.9 A RESOLUTION. | ||||||
![]() | PROTEIN (CATALASE HPII) | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / BETA BARREL / ALPHA HELICAL DOMAIN / FLAVODOXIN LIKE DOMAIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() catalase / hyperosmotic response / catalase activity / hydrogen peroxide catabolic process / response to oxidative stress / iron ion binding / DNA damage response / heme binding / identical protein binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
Model details | THE STRUCTURE CONTAINS OXIDIZED FORM OF PROTOPORFIRIN IX, WHICH IS CALLED HEM-D, AND COVALENT BOND ...THE STRUCTURE CONTAINS OXIDIZED FORM OF PROTOPORFIRIN IX, WHICH IS CALLED HEM-D, AND COVALENT BOND BETWEEN HIS392-TYR415. | ||||||
![]() | Melik-Adamyan, W.R. / Bravo, J. / Carpena, X. / Switala, J. / Mate, M.J. / Fita, I. / Loewen, P.C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Substrate flow in catalases deduced from the crystal structures of active site variants of HPII from Escherichia coli. 著者: Melik-Adamyan, W. / Bravo, J. / Carpena, X. / Switala, J. / Mate, M.J. / Fita, I. / Loewen, P.C. #1: ![]() タイトル: Crystal Structure of Catalase HpII from Escherichia Coli 著者: Bravo, J. / Verdaguer, N. / Tormo, J. / Betzel, C. / Switala, J. / Loewen, P.C. / Fita, I. #2: ![]() タイトル: Structure of the Heme D of Penicillium Vitale and Escherichia Coli Catalases 著者: Murshudov, G.N. / Grebenko, A.I. / Barynin, V. / Dauter, Z. / Wilson, K.S. / Vainshtein, B.K. / Melik-Adamyan, W.R. / Bravo, J. / Ferran, J.M. / Ferrer, J.C. / Switala, J. / Loewen, P.C. / Fita, I. #3: ![]() タイトル: Structure of Catalase HpII from Escherichia Coli at 1.9 A Resolution 著者: Bravo, J. / Mate, M.J. / Schneider, T. / Switala, J. / Wilson, K.S. / Loewen, P.C. / Fita, I. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 634.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 516.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 133.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 200.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 84271.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-HDD / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.96 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: PEG 3350, LiCl, Tris-HCl, pH 9.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297.0K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K |
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検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年1月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.89→17.96 Å / Num. obs: 214389 / % possible obs: 97.7 % / Biso Wilson estimate: 19.1 Å2 |
反射 シェル | 解像度: 1.89→1.94 Å / % possible all: 88.4 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.89 Å / 最低解像度: 17.96 Å / Rmerge(I) obs: 0.089 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 88.4 % / Num. unique obs: 16094 / Rmerge(I) obs: 0.269 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.89→87.6 Å 詳細: REFMAC, WEIGHT MATRIX 0.2. X-Plor was also used for refinement.
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.89→87.6 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 18 Å / Rfactor obs: 0.166 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.89 Å / 最低解像度: 1.94 Å / Rfactor Rfree: 0.232 / Rfactor obs: 0.189 |