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- PDB-1gdh: CRYSTAL STRUCTURE OF A NAD-DEPENDENT D-GLYCERATE DEHYDROGENASE AT... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gdh
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A NAD-DEPENDENT D-GLYCERATE DEHYDROGENASE AT 2.4 ANGSTROMS RESOLUTION
要素D-GLYCERATE DEHYDROGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE(CHOH (D)-NAD(P)+ (A))
機能・相同性
機能・相同性情報


glycerate dehydrogenase / hydroxypyruvate reductase (NADH) activity / NAD binding
類似検索 - 分子機能
D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases signature 2. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases NAD-binding signature. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases signature 3. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site 1 / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD binding domain / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain ...D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases signature 2. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases NAD-binding signature. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases signature 3. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site 1 / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD binding domain / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Glycerate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Hyphomicrobium methylovorum (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Goldberg, J.D. / Yoshida, T. / Brick, P.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994
タイトル: Crystal structure of a NAD-dependent D-glycerate dehydrogenase at 2.4 A resolution.
著者: Goldberg, J.D. / Yoshida, T. / Brick, P.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1992
タイトル: Crystallization and Preliminary Diffraction Studies of Hydroxypyruvate Reductase (D-Glycerate Dehydrogenase) from Hyphomicrobium Methylovorum
著者: Goldberg, J.D. / Brick, P. / Yoshida, T. / Mitsunaga, T. / Oshiro, T. / Shimao, M. / Izumi, Y.
履歴
登録1993年9月22日処理サイト: BNL
改定 1.01994年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D-GLYCERATE DEHYDROGENASE
B: D-GLYCERATE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,0614
ポリマ－69,8692
非ポリマー1922
水3,549197
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6580 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area24420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.410, 60.530, 66.290
Angle α, β, γ (deg.)102.30, 113.73, 102.73
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO A 270 / 2: CIS PROLINE - PRO B 270
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.35079, -0.49109, 0.79736), (-0.48281, -0.82442, -0.29535), (0.8024, -0.28136, -0.5263)
ベクター: 17.05181, 72.93915, 15.54483)

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要素

#1: タンパク質 D-GLYCERATE DEHYDROGENASE


分子量: 34934.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Hyphomicrobium methylovorum (バクテリア)
参照: UniProt: P36234, glycerate dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 197 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.8 %
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Goldberg, J.D., (1992) J.Mol.Biol., 225, 909.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mMpotassium phosphate1drop
20.1 mMdithiothreitol1drop
318 mg/mlprotein1drop
445 %satammonium sulfate1drop
545 %satammonium sulfate1reservoir

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / Num. obs: 24903 / % possible obs: 80.8 % / Num. measured all: 41961 / Rmerge(I) obs: 0.048

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化Rfactor Rwork: 0.189 / Rfactor obs: 0.189 / 最高解像度: 2.4 Å
詳細: ONLY PARTIAL DNA SEQUENCE INFORMATION IS AVAILABLE. THE DNA SEQUENCE CORRESPONDING TO THE 130 N-TERMINAL RESIDUES IS KNOWN. FOR THE REMAINDER OF THE POLYPEPTIDE, SIDE-CHAIN IDENTITIES HAVE ...詳細: ONLY PARTIAL DNA SEQUENCE INFORMATION IS AVAILABLE. THE DNA SEQUENCE CORRESPONDING TO THE 130 N-TERMINAL RESIDUES IS KNOWN. FOR THE REMAINDER OF THE POLYPEPTIDE, SIDE-CHAIN IDENTITIES HAVE BEEN INTERPRETED DIRECTLY FROM ELECTRON DENSITY MAPS. THE POSSIBILITY OF THERE BEING ADDITIONAL RESIDUES AT THE C-TERMINUS IS NOT DISCOUNTED.
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4829 0 10 197 5036
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.48
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
精密化
*PLUS
最低解像度: 10 Å / Num. reflection obs: 24553 / Rfactor obs: 0.194 / Rfactor Rwork: 0.194
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_angle_deg / Dev ideal: 1.57

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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