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万見
- PDB-1gcj: N-TERMINAL FRAGMENT OF IMPORTIN-BETA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gcj
タイトルN-TERMINAL FRAGMENT OF IMPORTIN-BETA
要素IMPORTIN BETA
キーワードTRANSPORT PROTEIN / HEAT REPEAT MOTIF / NUCLEAR PORE-TARGETING COMPLEX COMPONENT / nuclear import factor
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of cholesterol biosynthesis by SREBP (SREBF) / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Apoptosis induced DNA fragmentation / Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation / RNA import into nucleus / Interferon alpha/beta signaling / mitotic chromosome movement towards spindle pole / endoplasmic reticulum tubular network / astral microtubule organization / establishment of mitotic spindle localization ...Regulation of cholesterol biosynthesis by SREBP (SREBF) / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Apoptosis induced DNA fragmentation / Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation / RNA import into nucleus / Interferon alpha/beta signaling / mitotic chromosome movement towards spindle pole / endoplasmic reticulum tubular network / astral microtubule organization / establishment of mitotic spindle localization / NLS-dependent protein nuclear import complex / importin-alpha family protein binding / NLS-bearing protein import into nucleus / ribosomal protein import into nucleus / nuclear import signal receptor activity / mitotic metaphase chromosome alignment / Maturation of hRSV A proteins / mitotic spindle assembly / Neutrophil degranulation / Hsp90 protein binding / small GTPase binding / cytoplasmic stress granule / protein import into nucleus / nuclear membrane / protein domain specific binding / protein-containing complex / nucleoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Importin beta family / HEAT-like repeat / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain profile. / Importin-beta, N-terminal domain / HEAT repeat profile. / HEAT, type 2 / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo ...Importin beta family / HEAT-like repeat / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain profile. / Importin-beta, N-terminal domain / HEAT repeat profile. / HEAT, type 2 / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Importin subunit beta-1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Lee, S.J. / Imamoto, N. / Sakai, H. / Nakagawa, A. / Kose, S. / Koike, M. / Yamamoto, M. / Kumasaka, T. / Yoneda, Y. / Tsukihara, T.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: The adoption of a twisted structure of importin-beta is essential for the protein-protein interaction required for nuclear transport.
著者: Lee, S.J. / Imamoto, N. / Sakai, H. / Nakagawa, A. / Kose, S. / Koike, M. / Yamamoto, M. / Kumasaka, T. / Yoneda, Y. / Tsukihara, T.
履歴
登録2000年7月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02000年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: IMPORTIN BETA
B: IMPORTIN BETA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,7572
ポリマ－103,7572
非ポリマー00
水3,801211
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2900 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area41640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.830, 103.780, 126.940
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological assembly is a monomer constructed from chain A or chain B.

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要素

#1: タンパク質 IMPORTIN BETA


分子量: 51878.734 Da / 分子数: 2 / 断片: N-TERMINAL DOMAIN (1-449 RESIDUES)
変異: MET1MSE, MET146MSE,MET181MSE,MET219MSE,MET245MSE,MET252MSE,MET256MSE,MET268MSE,MET291MSE,MET353MSE,MET388MSE,MET410MSE,MET417MSE,
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: C57BL6 / 組織: THYMUS / プラスミド: PGEX-2T / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P70168
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 211 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: cacodylate,PEG4000,glycerol, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7
詳細: drop consists of equal amounts of protein and reservoir solutions
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
140 mg/mlprotein1drop
225 mMphosphate1drop
35 mM2-mercaptoethanol1drop
410 %(v/v)glycerol1drop
550 mMcacodylic acid1reservoir
615 %(w/v)PEG40001reservoir
720 %glycerol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 0.9793
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年2月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→57.33 Å / Num. obs: 33562 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.1 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.293 / % possible all: 99.9
反射
*PLUS
Num. measured all: 271717
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.9 % / Mean I/σ(I) obs: 4.6

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解析

ソフトウェア
名称分類
MLPHARE位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.6→39.18 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27 1670 5 %RANDOM
Rwork0.215 ---
obs-33101 97.9 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→39.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7178 0 0 211 7389
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.115

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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