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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1gax | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF THERMUS THERMOPHILUS VALYL-TRNA SYNTHETASE COMPLEXED WITH TRNA(VAL) AND VALYL-ADENYLATE ANALOGUE | ||||||
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![]() | LIGASE/RNA / protein-RNA complex / Rossmann fold / coiled coil / tRNA / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI / Structural Genomics / LIGASE-RNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() valine-tRNA ligase / valine-tRNA ligase activity / valyl-tRNA aminoacylation / aminoacyl-tRNA editing activity / ATP binding / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Fukai, S. / Nureki, O. / Sekine, S. / Shimada, A. / Tao, J. / Vassylyev, D.G. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural basis for double-sieve discrimination of L-valine from L-isoleucine and L-threonine by the complex of tRNA(Val) and valyl-tRNA synthetase. 著者: Fukai, S. / Nureki, O. / Sekine, S. / Shimada, A. / Tao, J. / Vassylyev, D.G. / Yokoyama, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 441.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 351.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 565.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 710.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 56.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 84.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 24174.455 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: sequence from Thermus thermophilus #2: タンパク質 | 分子量: 98914.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() プラスミド: PK7 / 発現宿主: ![]() ![]() #3: 化合物 | ChemComp-ZN / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: ammonium sulfate, sodium cacodylate, magnesium sulfate, 1,8-diaminooctane, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 90 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年4月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.708 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→30 Å / Num. all: 151446 / Num. obs: 151446 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 9.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.89→2.94 Å / Rmerge(I) obs: 0.328 / Num. unique all: 6672 / % possible all: 85.6 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 551728 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 85.6 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.9→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→30 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rfree: 0.272 / Rfactor Rwork: 0.245 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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