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- PDB-1g72: CATALYTIC MECHANISM OF QUINOPROTEIN METHANOL DEHYDROGENASE: A THE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1g72
タイトルCATALYTIC MECHANISM OF QUINOPROTEIN METHANOL DEHYDROGENASE: A THEORETICAL AND X-RAY CRYSTALLOGRAPHIC INVESTIGATION
要素
  • METHANOL DEHYDROGENASE HEAVY SUBUNIT
  • METHANOL DEHYDROGENASE LIGHT SUBUNIT
キーワードOXIDOREDUCTASE / Quinoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


alcohol dehydrogenase (cytochrome c(L)) activity / methanol dehydrogenase (cytochrome c) / methanol oxidation / methanol metabolic process / alcohol dehydrogenase (NAD+) activity / outer membrane-bounded periplasmic space / calcium ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Methanol Dehydrogenase; Chain B / Methanol dehydrogenase, beta subunit / Methanol dehydrogenase, beta subunit / Methanol dehydrogenase, beta subunit superfamily / Methanol dehydrogenase beta subunit / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / Quinoprotein dehydrogenase, conserved site / Bacterial quinoprotein dehydrogenases signature 2. / PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family / Pyrrolo-quinoline quinone repeat ...Methanol Dehydrogenase; Chain B / Methanol dehydrogenase, beta subunit / Methanol dehydrogenase, beta subunit / Methanol dehydrogenase, beta subunit superfamily / Methanol dehydrogenase beta subunit / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / Quinoprotein dehydrogenase, conserved site / Bacterial quinoprotein dehydrogenases signature 2. / PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family / Pyrrolo-quinoline quinone repeat / PQQ-like domain / 8 Propeller / Methanol Dehydrogenase; Chain A / Pyrrolo-quinoline quinone beta-propeller repeat / beta-propeller repeat / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / Few Secondary Structures / Irregular / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRROLOQUINOLINE QUINONE / Methanol dehydrogenase [cytochrome c] subunit 1 / Methanol dehydrogenase [cytochrome c] subunit 2
類似検索 - 構成要素
生物種Methylophilus methylotrophus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Zheng, Y. / Xia, Z. / Chen, Z. / Bruice, T.C. / Mathews, F.S.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2001
タイトル: Catalytic mechanism of quinoprotein methanol dehydrogenase: A theoretical and x-ray crystallographic investigation.
著者: Zheng, Y.J. / Xia, Z.x. / Chen, Z.w. / Mathews, F.S. / Bruice, T.C.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996
タイトル: DETERMINATION OF THE GENE SEQUENCE AND THE THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE AT 2.4 ANGSTROMS RESOLUTION OF METHANOL DEHYDROGENASE FROM METHYLOPHILUS W3A1
著者: Xia, Z. / Dai, W. / ZHANG, Y. / WHITE, S.A. / BOYD, G.D. / Mathews, F.S.
履歴
登録2000年11月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2001年1月24日ID: 1B2N
改定 1.02001年1月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: METHANOL DEHYDROGENASE HEAVY SUBUNIT
B: METHANOL DEHYDROGENASE LIGHT SUBUNIT
C: METHANOL DEHYDROGENASE HEAVY SUBUNIT
D: METHANOL DEHYDROGENASE LIGHT SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,6888
ポリマ－140,9474
非ポリマー7414
水11,061614
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11040 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area39200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.115, 69.744, 109.838
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.29, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細METHANOL DEHYDROGENASE IS AN A2B2 TETRAMER. THE ASYMMETRIC UNIT CONTAINS THE TETRAMER, TWO PYRROLOQUINOLINE QUINONE COFACTORS (PQQ) AND 2 CALCIUM IONS. A NON-CRYSTALLOGRAPHIC TWO-FOLD AXIS RELATES THE TWO HALVES.

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要素

#1: タンパク質 METHANOL DEHYDROGENASE HEAVY SUBUNIT / MDH LARGE ALPHA SUBUNIT


分子量: 62702.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methylophilus methylotrophus (バクテリア)
株: W3A1 / 参照: UniProt: P38539, EC: 1.1.99.8
#2: タンパク質 METHANOL DEHYDROGENASE LIGHT SUBUNIT / MDH SMALL ALPHA SUBUNIT


分子量: 7770.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methylophilus methylotrophus (バクテリア)
株: W3A1 / 参照: UniProt: P38540, EC: 1.1.99.8
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-PQQ / PYRROLOQUINOLINE QUINONE / ピロロキノリンキノン


分子量: 330.206 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H6N2O8
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 614 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.79 %
結晶化温度: 295 K / 手法: directly mixing / pH: 8.2
詳細: PEG 8000, tris-HCl, Methanol, pH 8.2, Directly mixing, temperature 295.0K
結晶化
*PLUS
pH: 9.2 / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: Oubrie, A., (1999) J.Mol.Biol., 289, 319.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
15 mg/mlprotein1drop
20.1 mMPQQ1drop
38 %(w/v)PEG60001drop
450 mMTris-glycine1drop
520-23 %(w/v)PEG60001reservoir
6120 mM1reservoirNaCl
73 mM1reservoirCaCl2
850 mMTris-glycine1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6B / 波長: 1 Å
検出器タイプ: WEISSENBERG / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1995年11月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→40 Å / Num. all: 109884 / Num. obs: 108348 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 13.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 15.5
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.81 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 10453 / % possible all: 95.6

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MERLOT位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4AAH

4aah


解像度: 1.9→100 Å / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1898 10173 -RANDOM
Rwork0.1605 ---
obs0.1605 101579 92.5 %-
all-109847 --
原子変位パラメータBiso mean: 25.5 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.23 Å0.2 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.25 Å0.23 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→100 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9710 0 50 614 10374
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.78
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.97 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.304 842 -
Rwork0.281 --
obs-8621 75 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg25.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.78
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / Rfactor Rfree: 0.304 / Rfactor Rwork: 0.281

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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