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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1g60 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Methyltransferase MboIIa (Moraxella bovis) | ||||||
要素 | Adenine-specific Methyltransferase MboIIA | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / STRUCTURAL GENOMICS / MORAXELLA BOVIS / DNA METHYLATION / S-ADENOSYLMETHIONINE / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 N-methyltransferase activity / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) activity / DNA restriction-modification system / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Moraxella bovis (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.74 Å | ||||||
データ登録者 | Osipiuk, J. / Walsh, M.A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2003 タイトル: Crystal structure of MboIIA methyltransferase. 著者: Osipiuk, J. / Walsh, M.A. / Joachimiak, A. #1: ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 1991 タイトル: Cloning and Characterization of the MboII Restriction-modification System 著者: Bocklage, H. / Heeger, K. / Muller-Hill, B. | ||||||
履歴 |
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Remark 999 | SEQUENCE DNA SEQUENCING OF THE CLONES SHOWED THERE IS A ALANINE CODON FOR RESIDUE 51 AND A ARGININE ...SEQUENCE DNA SEQUENCING OF THE CLONES SHOWED THERE IS A ALANINE CODON FOR RESIDUE 51 AND A ARGININE CODON FOR RESIDUE 111. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1g60.cif.gz | 118.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1g60.ent.gz | 91.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1g60.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1g60_validation.pdf.gz | 903.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1g60_full_validation.pdf.gz | 917.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1g60_validation.xml.gz | 24.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1g60_validation.cif.gz | 34.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g6/1g60 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g6/1g60 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30192.391 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Moraxella bovis (バクテリア) / プラスミド: PET24A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)PLYSS 参照: UniProt: P23192, site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.29 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.4 詳細: 4% PEG monomethyl ether 5000, 50 mM potassium chloride, 50 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 50 mM bicine, pH 8.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 277 K / pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.00599 Å |
検出器 | タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 1999年8月29日 |
放射 | モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.00599 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.74→28.79 Å / Num. obs: 60668 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.72 % / Biso Wilson estimate: 22 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 12.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.74→1.77 Å / 冗長度: 3.63 % / Rmerge(I) obs: 0.339 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 2974 / % possible all: 99.4 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 30 Å / Num. obs: 60068 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.4 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.74→29.75 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 27.7 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.74→29.75 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.74→1.826 Å /
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 30 Å / Rfactor obs: 0.198 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |