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- PDB-1g5i: CRYSTAL STRUCTURE OF THE ACCESSORY SUBUNIT OF MURINE MITOCHONDRIA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1g5i
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE ACCESSORY SUBUNIT OF MURINE MITOCHONDRIAL POLYMERASE GAMMA
要素MITOCHONDRIAL DNA POLYMERASE ACCESSORY SUBUNIT
キーワードDNA BINDING PROTEIN / intermolecular four helix bundle
機能・相同性
機能・相同性情報


gamma DNA polymerase complex / mitochondrial DNA replication / mitochondrial DNA metabolic process / DNA polymerase processivity factor activity / mitochondrial nucleoid / DNA polymerase binding / mitochondrion organization / double-stranded DNA binding / in utero embryonic development / DNA replication ...gamma DNA polymerase complex / mitochondrial DNA replication / mitochondrial DNA metabolic process / DNA polymerase processivity factor activity / mitochondrial nucleoid / DNA polymerase binding / mitochondrion organization / double-stranded DNA binding / in utero embryonic development / DNA replication / DNA-directed DNA polymerase activity / mitochondrial matrix / DNA repair / mitochondrion / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glycyl-tRNA synthetase-like core domain / POLG2, C-terminal / Glycyl-tRNA synthetase/DNA polymerase subunit gamma-2 / Anticodon-binding domain / Anticodon-binding / Anticodon binding domain / Anticodon-binding domain superfamily / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) ...Glycyl-tRNA synthetase-like core domain / POLG2, C-terminal / Glycyl-tRNA synthetase/DNA polymerase subunit gamma-2 / Anticodon-binding domain / Anticodon-binding / Anticodon binding domain / Anticodon-binding domain superfamily / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA polymerase subunit gamma-2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Carrodeguas, J.A. / Theis, K. / Bogenhagen, D.F. / Kisker, C.
引用
ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2001
タイトル: Crystal structure and deletion analysis show that the accessory subunit of mammalian DNA polymerase gamma, Pol gamma B, functions as a homodimer.
著者: Carrodeguas, J.A. / Theis, K. / Bogenhagen, D.F. / Kisker, C.
#1: ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2000
タイトル: Protein Sequences Conserved in Prokaryotic Aminoacyl-tRNA Synthetases are Important for the Activity of the Processivity Factor of Human Mitochondrial DNA Polymerase
著者: Carrodeguas, J.A. / Bogenhagen, D.F.
履歴
登録2000年11月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MITOCHONDRIAL DNA POLYMERASE ACCESSORY SUBUNIT
B: MITOCHONDRIAL DNA POLYMERASE ACCESSORY SUBUNIT
C: MITOCHONDRIAL DNA POLYMERASE ACCESSORY SUBUNIT
D: MITOCHONDRIAL DNA POLYMERASE ACCESSORY SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)204,49610
ポリマ－204,2204
非ポリマー2766
水15,889882
1
A: MITOCHONDRIAL DNA POLYMERASE ACCESSORY SUBUNIT
B: MITOCHONDRIAL DNA POLYMERASE ACCESSORY SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,2485
ポリマ－102,1102
非ポリマー1383
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7270 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area34710 Å2
手法PISA
2
C: MITOCHONDRIAL DNA POLYMERASE ACCESSORY SUBUNIT
D: MITOCHONDRIAL DNA POLYMERASE ACCESSORY SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,2485
ポリマ－102,1102
非ポリマー1383
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7630 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area35950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.743, 134.010, 135.144
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
MITOCHONDRIAL DNA POLYMERASE ACCESSORY SUBUNIT


分子量: 51054.914 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: DNA POLYMERASE GAMMA SUBUNIT B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9QZM2
#2: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 882 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.63 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Sodium citrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
詳細: used microseeding
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
17 mg/mlprotein1drop
2300 mM1dropNaCl
320 mMHEPES1drop
40.5 Msodium citrate1reservoir
550 mMHEPES1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X26C / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年6月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→47.14 Å / Num. all: 81301 / Num. obs: 81301 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 39.853 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 21.5
反射 シェル解像度: 2.15→2.25 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 2.96 / % possible all: 93
反射
*PLUS
% possible obs: 98 %
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 93 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLOR精密化
MARMADデータ削減
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB entry 1G5H

1g5h


解像度: 2.3→20 Å / SU B: 9.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): -1000 / ESU R Free: 0.32
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.233 1614 2 %RANDOM
Rwork0.189 ---
all0.189 79240 --
obs0.189 79240 96.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 40.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12876 0 16 882 13774
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.35
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it2.779
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it4.313
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it6.31
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it8.909
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 2 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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