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- PDB-1g5h: CRYSTAL STRUCTURE OF THE ACCESSORY SUBUNIT OF MURINE MITOCHONDRIA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1g5h
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE ACCESSORY SUBUNIT OF MURINE MITOCHONDRIAL POLYMERASE GAMMA
要素MITOCHONDRIAL DNA POLYMERASE ACCESSORY SUBUNIT
キーワードDNA BINDING PROTEIN / intermolecular four helix bundle
機能・相同性
機能・相同性情報


Strand-asynchronous mitochondrial DNA replication / gamma DNA polymerase complex / mitochondrial DNA replication / mitochondrial DNA metabolic process / DNA polymerase processivity factor activity / mitochondrial nucleoid / DNA polymerase binding / mitochondrion organization / double-stranded DNA binding / in utero embryonic development ...Strand-asynchronous mitochondrial DNA replication / gamma DNA polymerase complex / mitochondrial DNA replication / mitochondrial DNA metabolic process / DNA polymerase processivity factor activity / mitochondrial nucleoid / DNA polymerase binding / mitochondrion organization / double-stranded DNA binding / in utero embryonic development / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA replication / mitochondrial matrix / DNA repair / mitochondrion / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Glycyl-tRNA synthetase-like core domain / POLG2, C-terminal / Glycyl-tRNA synthetase/DNA polymerase subunit gamma-2 / Anticodon-binding domain / Anticodon-binding / Anticodon binding domain / Anticodon-binding domain superfamily / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) ...Glycyl-tRNA synthetase-like core domain / POLG2, C-terminal / Glycyl-tRNA synthetase/DNA polymerase subunit gamma-2 / Anticodon-binding domain / Anticodon-binding / Anticodon binding domain / Anticodon-binding domain superfamily / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA polymerase subunit gamma-2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Carrodeguas, J.A. / Theis, K. / Bogenhagen, D.F. / Kisker, C.
引用
ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2001
タイトル: Crystal structure and deletion analysis show that the accessory subunit of mammalian DNA polymerase gamma, Pol gamma B, functions as a homodimer.
著者: Carrodeguas, J.A. / Theis, K. / Bogenhagen, D.F. / Kisker, C.
#1: ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2000
タイトル: Protein Sequences Conserved in Prokaryotic Aminoacyl-tRNA Synthetases are Important for the Activity of the Processivity Factor of Human Mitochondrial DNA Polymerase
著者: Carrodeguas, J.A. / Bogenhagen, D.F.
履歴
登録2000年11月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MITOCHONDRIAL DNA POLYMERASE ACCESSORY SUBUNIT
B: MITOCHONDRIAL DNA POLYMERASE ACCESSORY SUBUNIT
C: MITOCHONDRIAL DNA POLYMERASE ACCESSORY SUBUNIT
D: MITOCHONDRIAL DNA POLYMERASE ACCESSORY SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)205,62110
ポリマ－205,3454
非ポリマー2766
水15,709872
1
A: MITOCHONDRIAL DNA POLYMERASE ACCESSORY SUBUNIT
B: MITOCHONDRIAL DNA POLYMERASE ACCESSORY SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,8115
ポリマ－102,6732
非ポリマー1383
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7220 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area34790 Å2
手法PISA
2
C: MITOCHONDRIAL DNA POLYMERASE ACCESSORY SUBUNIT
D: MITOCHONDRIAL DNA POLYMERASE ACCESSORY SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,8115
ポリマ－102,6732
非ポリマー1383
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7710 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area36020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.623, 133.422, 135.038
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
MITOCHONDRIAL DNA POLYMERASE ACCESSORY SUBUNIT


分子量: 51336.285 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: DNA POLYMERASE GAMMA SUBUNIT B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9QZM2
#2: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 872 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.94 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Sodium citrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
詳細: used microseeding
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
17 mg/mlprotein1drop
2300 mM1dropNaCl
320 mMHEPES1drop
40.5 Msodium citrate1reservoir
550 mMHEPES1reservoir

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X251
シンクロトロンNSLS X26C21.1
検出器
タイプID検出器日付
CUSTOM-MADE1CCD2000年7月10日
ADSC QUANTUM 42CCD2000年6月28日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1MADMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→20 Å / Num. all: 127289 / Num. obs: 127238 / % possible obs: 99.96 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 30.741 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 29.6
反射 シェル解像度: 1.95→2.05 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 100
反射
*PLUS
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHAKEモデル構築
SnB位相決定
SOLVE位相決定
SHARP位相決定
REFMAC精密化
MARMADデータ削減
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.95→20 Å / SU B: 4.892 / SU ML: 0.144 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): -1000 / ESU R: 0.413 / ESU R Free: 0.21 / 立体化学のターゲット値: standard refmac5
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.224 2545 2 %RANDOM
Rwork0.183 ---
obs0.183 124642 100 %-
all-124693 --
原子変位パラメータBiso mean: 42.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å20 Å20 Å2
2--0.02 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12891 0 16 872 13779
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0170.021
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it4.7562
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it7.2343.5
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it9.6445
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it13.0768
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg1.7141.951
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0080.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.110.2
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd4.3413
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd18.3215
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC5 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 2 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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